มีหลายคนยังคงบอกว่า นินจายังคงมีตัวตนอยู่ โดยทำงานหน่วยข่าวกรองของประเทศญี่ปุ่น แต่เท็จจริงประการใดยังไม่มีใครรู้แน่ชัด ส่วนสำนักนินจาหรือหมู่บ้านนินจาอิงะก็กลายไปเป็นสถานที่ท่องเที่ยวไปแล้ว แต่ถ้าหากพูดถึงวิชานินจิตสึที่เป็นวิชาดั้งเดิมของนินจาก็ยังมีอยู่ โดย “สำนักบูจินกัน” ที่ประเทศญี่ปุ่นยังมีการสืบทอดและเปิดสอนกับบุคคลทั่วไปที่สนใจศาสตร์แห่งนินจาอย่างแท้จริง โดยคุณมาซากิ ฮัตสึมิ เป็นผู้สืบทอดรุ่นที่ 34 มากไปกว่านั้นผู้ฝึกสอนของสำนักนี้ก็เป็นผู้สอนให้กับกองทหารและตำรวจทั่วโลก (นาวิกโยธินสหรัฐอเมริกาก็มีหลักสูตรการเรียนบางส่วนที่ได้รับจากสำนักบูจินกันด้วย) ซึ่งส่วนในประเทศไทยก็มีโรงฝึกบูจินกันที่เปิดสอนศิลปะการต่อสู้ของญี่ปุ่นแบบจริงจังกันอยู่