เครื่องแต่งกายของนินจานั้นก็คงเป็นการสวมชุดดำทั้งชุด โพกหน้าปิดปากด้วยผ้าสีดำเช่นกัน ซึ่งนั่นอาจเป็นภาพที่เห็นได้ทั่วไปตามสื่อต่าง ๆ ซึ่งแท้ที่จริงแล้วไม่มีหลักฐานใด ๆ ชี้ชัดว่าเครื่องแต่งกายของนินจานั้นเป็นเช่นไร แต่โดยหลักการแล้ว พวกเขาก็คงต้องใส่ชุดที่สามารถอำพรางตัวได้ เนื้อผ้าน้ำหนักเบา เพื่อการทำงานที่ง่ายและสะดวก และในเมื่อส่วนใหญ่นินจาทำงานในเวลากลางคืน เพราะฉะนั้นเสื้อผ้าสีดำก็น่าจะเป็นอะไรที่เหมาะสมกับพวกเขาที่สุดแล้ว ซึ่งส่วนใหญ่ที่เห็นก็จะไล่ลงมาตั้งแต่หมวกคลุมศีรษะ ผ้าปิดปาก ชุดสีดำไล่ยาวลงไปถึงด้านล่าง