สนธิสัญญาอังกฤษ-ฮอลันดา ค.ศ. 1824 ฮอลันดายกเมืองมะละกาซึ่งเป็นฐานการปกครองหลักของตนเองในแหลมมลายูให้แก่อังกฤษ ทำให้ฮอลันดาสิ้นอิทธิพลไปจากแหลมมลายูและอังกฤษสามารถเข้ามาขยายอำนาจในดินแดนแหลมมลายูได้อย่างเต็มที่ ใน ค.ศ. 1826 บริษัทอินเดียตะวันออกของอังกฤษซึ่งมีอำนาจปกครองอาณานิคมในแหลมมลายูรวบรวมเมืองต่าง ๆ ของอังกฤษประกอบด้วยเกาะปีนัง เขตโพรวินซ์เวลซ์เลย์จากไทรบุรี เมืองมะละกาจากฮอลันดา และเกาะสิงคโปร์ซึ่งได้มาจากรัฐสุลต่านยะโฮร์ รวมกันกลายเป็นอาณานิคมช่องแคบ (Strait Settlements) เป็นจุดเริ่มต้นของอาณานิคมของอังกฤษในแหลมมลายู หรือเรียกว่ามลายาของอังกฤษ (British Malaya) ซึ่งจะพัฒนาไปเป็นประเทศมาเลเซียในที่สุด ในระยะแรกอาณานิคมของอังกฤษมีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่เมืองจอร์จทาวน์บนเกาะปีนัง แต่ต่อใน ค.ศ. 1832 ย้ายศูนย์การปกครองไปยังสิงคโปร์ อังกฤษสนใจแร่ดีบุกซึ่งพบมากทางภาคตะวันตกของแหลมมลายู ซึ่งอังกฤษต้องการแร่ดีบุกเพื่อป้อนให้แก่การปฏิวัติอุตสาหกรรม อังกฤษจ้างชาวจีนฮกเกี้ยนและชาวจีนแต้จิ๋วเข้ามาเป็นแรงงานขุดเหมืองแร่ดีบุก ทำให้ชาวจีนเข้ามาตั้งถิ่นฐานตามแหล่งขุดเหมืองดีบุกเป็นจำนวนมาก

เมืองกัวลาลัมเปอร์ (Kuala Lampur) เป็นเมืองในรัฐเซอลาโงร์ซึ่งเติบโตขึ้นจากอุตสาหกรรมการขุดแร่ดีบุกภายใต้การปกครองของอังกฤษ

เนื่องจากในเวลานั้นสถานการณ์ทางการเมืองในแหลมมลายูโดยรวมขาดเสถียรภาพแบ่งออกเป็นรัฐต่าง ๆ มีความขัดแย้งทางการเมืองบ่อยครั้ง อังกฤษจึงอาศัยโอกาสเข้าแทรกแซงทางการเมืองในรัฐมลายูต่าง ๆ ใน ค.ศ. 1861 เกิดความขัดแย้งระหว่างสมาคมอั่งยี่ชาวจีนสองกลุ่มในรัฐสุลต่านเปรักเกี่ยวกับสิทธิ์การขุดดีบุก และความขัดแย้งระหว่างรายาในการแย่งชิงตำแหน่งสุลต่านแห่งเปรัก นำไปสู่สงครามลารุต (Larut Wars) ในรัฐเปรัก สงครามกินเวลายืดเยื้อสิบสามปีสร้างความเสียหายแก่อุตสาหกรรมดีบุก อังกฤษจึงเข้าไกล่เกลี่ยยุติข้อพิพาทใน ค.ศ. 1874 นำไปสู่สนธิสัญญาปังโกร์ (Pangkor Treaty of 1874) ซึ่งอังกฤษยกรายาอับดุลเลาะฮ์ขึ้นเป็นสุลต่านแห่งเปรักภายใต้เงื่อนไขว่าอังกฤษส่ง “ผู้กำกับดูแลราชการ” (Resident) เข้าควบคุมการปกครองของรัฐเปรัก รวมทั้งรัฐเปรักยกดินแดนดิงดิง (Dingding) และเกาะปังโกร์ (Pangkor) ให้แก่อังกฤษ สนธิสัญญาปังโกร์มีความสำคัญเนื่องจากเป็นครั้งแรกที่อังกฤษส่งตัวแทนเข้าควบคุมรัฐมลายูทำให้รัฐเปรักสูญเสียอำนาจอธิปไตยให้แก่อังกฤษเป็นรัฐแรก ต่อมาในรัฐเซอลาโงร์มีแคว้นกลัง (Klang) ซึ่งเป็นดินแดนที่อุดมสมบูรณ์ไปด้วยแร่ดีบุกมีชาวมลายูและชาวจีนอพยพเข้ามาตั้งรกรากจำนวนมากนำไปสู่การเกิดเมืองกัวลาลัมเปอร์ (Kuala Lampur) ซึ่งเป็นเมืองที่เติบโตขึ้นจากการขุดแร่ดีบุก ใน ค.ศ. 1867 เกิดความขัดแย้งแย่งชิงตำแหน่งผู้ครองแคว้นกลังซึ่งได้รับผลประโยชน์จากการขุดดีบุกจำนวนมหาศาล นำไปสู่สงครามกลัง (Klang War) หรือสงครามกลางเมืองเซอลาโงร์ (Selangor Civil War) อังกฤษเข้าแทรกแซงจนสงครามยุติลงใน ค.ศ. 1874 และรัฐสุลต่านเซอลาโงร์เสียอำนาจอธิปไตยให้แก่อังกฤษเป็นรัฐที่สอง โดยอังกฤษส่งผู้กำกับราชการเข้ามาในรัฐเซอลาโงร์ ความขัดแย้งระหว่างดาโต๊ะสองคนในเมืองสุไหงอูจง (Sungai Ujong) ในเรื่องการขุดดีบุกทำใหอังกฤษเข้าควบคุมรัฐเนอเกอรีเซิมบีลันเป็นรัฐที่สาม

กาปิตันจีนหยิปอาหล่อย (Yap Ah Loy) ชาวจีนกวางตุ้งผู้พัฒนาเมืองกัวลาลัมเปอร์

อุตสาหกรรมแร่ดีบุกทำให้มีชาวจีนอพยพมาอาศัยอยู่ในมาเลเซียจำนวนมากโดยเฉพาะที่เกาะปีนัง เมืองกัวลาลัมเปอร์ และเมืองสิงคโปร์ ส่งผลให้ในปัจจุบันเมืองเหล่านี้มีประชากรชาวจีนโพ้นทะเลจำนวนมาก การเข้ามาของชาวจีนทำให้เกิดสมาคมอังยี่ขึ้น สุลต่านมลายูรัฐต่าง ๆ และทางการอาณานิคมอังกฤษจึงแต่งตั้งหัวหน้าชาวจีนขึ้นดำรงตำแหน่งเป็นกาปิตันจีน (Kapitan Cina) เพื่อควบคุมดูแลชาวจีนในสังกัด ซึ่งกาปิตีนจีนเหล่านี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาเมืองต่าง ๆ ให้เจริญได้แก่ กาปีตันจีนโกะเลย์ฮวน (Koh Lay Huan ภาษาฮกเกี้ยน: 辜禮歡 Ko͘ Lé-hoan) ซึ่งอพยพมาจากเมืองจีนมาอยู่ที่นครศรีธรรมราชจากนั้นมาพัฒนาเกาะปีนัง และกาปีตันจีนหยิบอาหล่อย (Yap Ah Loy ภาษากวางตุ้ง: 葉亞來 ่jip6 aa3 loi4) ผู้พัฒนาเมืองกัวลาลัมเปอร์

ในรัฐปะหังเสนาบดีตำแหน่งเบินดาฮาราของยะโฮร์ได้ตั้งตนขึ้นเป็นอิสระโดยขึ้นกับสุลต่านแห่งยะโฮร์ในพิธีการเท่านั้น ต่อมาเบินดาฮาราแห่งปะหังตั้งตนขึ้นเป็นรายาเบินดาฮารา (Raja Bendahara) ใน ค.ศ. 1857 เกิดสงครามกลางเมืองปะหัง (Pahang Civil War) เป็นการแย่งชิงตำแหน่งรายาเบินดาฮาราผู้ปกครองรัฐปะหังระหว่างหวันอาหมัด (Wan Ahmad) ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากกรุงเทพฯ และตุนมาฮาดีร์ (Tun Mahathir) ซึ่งได้รับการสนับสนุนจากอังกฤษและรัฐยะโฮร์ แม้ว่าฝ่ายตุนมาฮาดีร์จะพ่ายแพ้และหวันอาหมัดได้ตำแหน่งรายาเบินดาฮาราไปครอบครอง แต่ฝ่ายอังกฤษก็ยอมรับหวันอาหมัดในฐานะเจ้าครองเมืองปะหัง ใน ค.ศ. 1881 รายาเบินดาฮาราหวันอาหมัดตั้งตนขึ้นเป็นสุลต่านอาหมัดอัลมูอัซซัมชาฮ์ (Ahmad Al-Mu’azzam Shah) แห่งรัฐสุลต่านปะหัง และใน ค.ศ. 1888 สุลต่านอาหมัดอัลมูอัซซัมฯยินยอมยกอำนาจอธิปไตยให้แก่อังกฤษเป็นรัฐที่สี่โดยอังกฤษส่งผู้กำกับราชการเข้ามาควบคุม

อาณานิคมมลายาของอังกฤษ (British Malaya) ประกอบด้วยสามส่วนได้แก่ สีแดง: อาณานิคมช่องแคบ (Straits Settlements) มีศูนย์กลางที่สิงคโปร์ ประกอบด้วยปีนัง โพรวินซ์เวลส์เลย์ ดิงดิง เมืองมะละกา และเกาะสิงคโปร์ สีเหลือง: สหพันธรัฐมลายู (Federated Malay States) มีศูนย์กลางที่กัวลาลัมเปอร์ ประกอบด้วยเปรัก เซอลาโงร์ เนอเกอรีเซิมบีลัน และปะหัง สีน้ำเงิน: รัฐที่ไม่ได้อยู่ในสมาพันธ์ (Unfederated Malay States) ประกอบด้วยไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู ปะลิส และยะโฮร์

ใน ค.ศ. 1895 อังกฤษจัดตั้งสหพันธรัฐมลายู (Federation of Malay States) เพื่อรวบรวมการปกครองของรัฐทั้งสี่ภายใต้อำนาจของอังกฤษประกอบด้วยรัฐเปรัก รัฐเซอลาโงร์ รัฐเนอเกอรีเซมบีลัน และรัฐปะหัง เข้าเป็นหนึ่งเดียวกันโดยมีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่เมืองกัวลาลัมเปอร์ ผู้นำสุลต่านและยัมตวนของรัฐทั้งสี่ยังคงดำรงตำแหน่งไว้เช่นเดิมในทางพิธีการมีการจัดตั้งสภาผู้ปกครอง (Council of Rulers) หรือสภาดูร์บาร์ (Durbar) ประกอบด้วยผู้นำของรัฐทั้งสี่ แต่ในทางปฏิบัติอำนาจการปกครองที่แท้จริงอยู่ที่ทางการอาณานิคมอังกฤษ ใน ค.ศ. 1909 รัชกาลสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว สนธิสัญญาระหว่างสยามและอังกฤษ (Anglo-Siamese Treaty of 1909) รัฐมลายูทั้งสี่ได้แก่ไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู และปะลิส เข้ามาอยู่ในอิทธิพลของอังกฤษ อังกฤษจึงส่งผู้กำกับราชการเข้าไปยังรัฐใหม่ทั้งสี่นี้ และใน ค.ศ. 1914 รัฐยะโฮร์ยินยอมรับผู้กำกับราชการของอังกฤษเป็นรัฐสุดท้าย ทำให้อังกฤษมีอำนาจปกครองเหนือตลอดแหลมมลายู ทำให้รัฐต่าง ๆ ในมลายาแบ่งเป็นสองกลุ่มได้แก่ กลุ่มรัฐในสมาพันธรัฐ (Federated States) ประกอบด้วยเปรัก เซอลาโงร์ เนอเกอรีเซมบิลัน และปะหัง เป็นกลุ่มที่อังกฤษมีอำนาจปกครองอย่างแท้จริงโดยประมุขของรัฐมีหน้าที่ทางพิธีการเท่านั้น และกลุ่มรัฐที่ไม่ได้ร่วมสมาพันธ์ (Unfederated States) ประกอบด้วยไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู ปะลิส และยะโฮร์ ซึ่งอังกฤษเพียงแต่ส่งผู้กำกับราชการเข้าดูแลไม่เข้มงวดเท่ารัฐในสมาพันธ์ฯสุลต่านยังมีอำนาจปกครองอยู่บ้าง