สภานิติบัญญัติของสาธารณรัฐเซาท์ซูดานอนุมัติรัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราวเมื่อวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2554[22] ใช้เป็นกฎหมายสูงสุดในการปกครองรัฐ โดยยกเลิกรัฐธรรมนูญฉบับชั่วคราวเมื่อปี พ.ศ. 2548[23] รัฐธรรมนูญฉบับดังกล่าวจัดตั้งระบบการปกครองแบบระบบประธานาธิบดี ซึ่งมีประธานาธิบดีเป็นประมุขแห่งรัฐ ประมุขแห่งรัฐบาล และผู้บัญชาการทหารสูงสุด จอห์น กาแรง ผู้ก่อตั้งกองทัพปลดปล่อยประชาชนซูดาน (SPLA/M) เป็นประธานาธิบดีคนแรกของรัฐบาลปกครองตนเองจนกระทั่งถึงแก่อสัญกรรมในวันที่ 30 กรกฎาคม พ.ศ. 2548 ซัลวา กีร์ มายาร์ดิต มือขวาของเขา สาบานตนเข้ารับตำแหน่งรองประธานาธิบดีคนแรกของซูดานและประธานาธิบดีรัฐบาลเซาท์ซูดานเมื่อวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2548 อำนาจนิติบัญญัติตกเป็นของรัฐบาลและสภานิติบัญญัติเซาท์ซูดานที่เป็นแบบสภาเดียว รัฐธรรมนูญยังได้กำหนดให้ฝ่ายตุลาการทำหน้าที่เป็นอิสระ โดยมีองค์กรสูงสุดคือศาลสูงสุด

เอกสารกลาโหมว่าด้วยกระบวนการป้องกันริเริ่มขึ้นในปี พ.ศ. 2550 โดยรัฐมนตรีว่าการกิจการ SPLA โดมีนีก ดิม เดง และมีการจัดทำร่างขึ้นในปี พ.ศ. 2551 เอกสารดังกล่าวประกาศว่าซุดานใต้จะดำรงไว้ซึ่งกองทัพบก กองทัพอากาศและกองทัพแม่น้ำ (riverine forces)[24][25]