เซาท์ซูดานเป็นที่รู้จักกันว่าเป็นหนึ่งในประเทศที่มีตัวชี้วัดสุขภาพบางด้านเลวร้ายที่สุดในโลก[48][49][50] อัตราการเสียชีวิตของเด็กอายุไม่ถึงห้าปีอยู่ที่ 112 คน ต่อ 1,000 คน ขณะที่มีอัตราการเสียชีวิตของมารดาขณะคลอดบุตรสูงที่สุดในโลกที่ 2,053.9 คน ต่อ 100,000 คน[50] ในปี พ.ศ. 2547 มีศัลยแพทย์เพียงสามคนเท่านั้นที่อยู่ในเซาท์ซูดาน โดยมีโรงพยาบาลที่ได้รับมาตรฐานเพียงสามแห่ง และในบางพื้นที่มีแพทย์เพียงหนึ่งคนต่อประชากรถึง 500,000 คน[48]

วิทยาการระบาดของเอชไอวี/เอดส์ในเซาท์ซูดานมีบันทึกไว้อย่างเลว แต่คาดว่ามีความชุกของโรคอยู่ที่ประมาณ 3.1%[51]

ในห้วงความตกลงสันติภาพเบ็ดเสร็จเมื่อปี พ.ศ. 2548 ความต้องการด้านมนุษยธรรมในเซาท์ซูดานมีสูงมาก อย่างไรก็ตาม องค์การด้านมนุษยธรรมภายใต้การนำของสำนักงานเพื่อการประสานงานด้านมนุษยธรรมแห่งสหประชาชาติ (OCHA) จัดการเพื่อรับรองว่ามีการระดมทุนเพียงพอที่จะนำความช่วยเหลือมายังประชากรท้องถิ่น ควบคู่ไปกับการฟื้นฟูและการช่วยเหลือพัฒนา โครงการมนุษยธรรมถูกบรรจุเข้าไปในแผนการทำงานปี พ.ศ. 2550 ของสหประชาชาติและองค์กรสนับสนุน ประชากรเซาท์ซูดานมากกว่า 90% ดำรงชีวิตอยู่ด้วยเงินน้อยกว่า 1 ดอลลาร์สหรัฐต่อวัน แม้ว่าจีดีพีต่อหัวของซูดานทั้งประเทศจะอยู่ที่ 1,200 ดอลลาร์สหรัฐต่อปี (3.29 ดอลลาร์สหรัฐต่อวัน)[52] หลังจากปี พ.ศ. 2550 OCHA เริ่มลดบทบาทในเซาท์ซูดานลง เนื่องจากความต้องการด้านมนุษนธรรมค่อย ๆ ลดลงเป็นลำดับ แต่ได้ส่งมอบการควบคุมกิจกรรมการฟื้นฟูและพัฒนาให้แก่องค์กรสาธารณประโยชน์และองค์กรที่ตั้งขึ้นในท้องถิ่น[53]