เศรษฐกิจเซาท์ซูดานเป็นหนึ่งในประเทศที่มีเศรษฐกิจอ่อนแอและด้อยพัฒนาที่สุดประเทศหนึ่งในโลก โดยมีสาธารณูปโภคน้อยมากและมีอัตราการเสียชีวิตของมารดาและอัตราไม่รู้หนังสือในผู้หญิงสูงที่สุดในโลกในปี พ.ศ. 2554[35] เซาท์ซูดานส่งออกไม้ไปยังตลาดระหว่างประเทศ ภูมิภาคนี้ยังมีทรัพยากรธรรมชาติจำนวนมาก อย่างเช่น ปิโตรเลียม แร่เหล็ก ทองแดง แร่โครเมียม สังกะสี ทังสเตน ไมกา เงิน ทองคำ และพลังงานน้ำ เศรษฐกิจของประเทศ เหมือนกับประเทศกำลังพัฒนาอื่นอีกมาก พึ่งพาการเกษตรเป็นหลัก

น้ำมัน

บ่อน้ำมันในเซาท์ซูดานทำให้เศรษฐกิจในภูมิภาคยังคงอยู่รอดได้ในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา อย่างไรก็ตาม เมื่อเซาท์ซูดานได้รับเอกราชจากซูดานในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2554 นักเจรจาฝ่ายใต้และฝ่ายเหนือยังไม่สามารถบรรลุความตกลงว่าด้วยรายได้จากบ่อน้ำมันในเซาท์ซูดาน[36] ระหว่างสมัยปกครองตนเองครั้งที่สองระหว่าง พ.ศ. 2548 ถึง 2554 รัฐบาลซูดานเรียกร้องรายได้ 50% จากการส่งออกน้ำมันของเซาท์ซูดาน และเซาท์ซูดานถูกบีบให้ต้องพึ่งพาท่อส่งและโรงกลั่นน้ำมันทางเหนือ เช่นเดียวกับเมืองท่าทะเลแดงที่พอร์ตซูดาน คาดว่าข้อตกลงหลังเซาท์ซูดานได้รับเอกราชจะคล้ายเดิม โดยนักเจรจาฝ่ายเหนือมีรายงานว่ากดดันให้ยังคงรักษาส่วนแบ่งรายได้น้ำมัน 50-50 และนักเจรจาเซาท์ซูดานก็ยืนกรานให้มีข้อเสนอที่ดีกว่า[37]