ภูมิภาคนี้ได้รับผลกระทบในแง่ลบจากสงครามกลางเมืองสองครั้งนับแต่ซูดานได้รับเอกราช รัฐบาลซูดานสู้รบกับกบฏตั้งแต่ปี พ.ศ. 2498 ถึง 2515 ในสงครามกลางเมืองซูดานครั้งที่หนึ่ง และกองทัพปลดปล่อยประชาชนซูดาน (SPLA/M) ในสงครามกลางเมืองครั้งที่สองเป็นเวลาอีกเกือบยี่สิบเอ็ดปีนับตั้งแต่ก่อตั้ง SPLA/M ในปี พ.ศ. 2526 ซึ่งส่งผลให้เกิดการปล่อยปละละเลย การขาดการพัฒนาสาธารณูปโภค ตลอดจนการทำลายล้างและการย้ายประชากรอย่างมโหฬาร มีผู้ถูกสังหารมากกว่า 2.5 ล้านคน และมีอีกมากกว่า 5 ล้านคนถูกขับออกจากถิ่นที่อยู่ กลายเป็นผู้ลี้ภัยจากผลของสงครามกลางเมืองและที่เกี่ยวข้องกับสงคราม

มีการประเมินว่าภูมิภาคเซาท์ซูดานมีประชากร 8 ล้านคน[11] แต่เนื่องจากในพื้นที่ดังกล่าวไม่มีการทำสำมะโนประชากรมาเป็นเวลาหลายทศวรรษแล้ว ตัวเลขประมาณนี้จึงอาจคาดเคลื่อนอย่างรุนแรง เศรษฐกิจส่วนใหญ่เป็นแบบชนบทและพึ่งพาเกษตรกรรมเพื่อยังชีพเป็นหลัก[11] ในกลางคริสต์ทศวรรษ 2000 เศรษฐกิจเริ่มเปลี่ยนจากที่ชนบทเด่นกว่ามาเป็นเขตเมือง โดยสังเกตได้ว่าเซาท์ซูดานมีการพัฒนาอย่างกว้างขวาง

เอกราช

มีการจัดการลงประชามติแยกเซาท์ซูดานเป็นเอกราชระหว่างวันที่ 9 ถึง 15 มกราคม พ.ศ. 2554 โดยประชากรที่ออกเสียงกว่า 98.83% โดยผลการลงประชามติเผยแพร่เมื่อวันที่ 30 มกราคม พ.ศ. 2554[12] ชาวซูดานที่อาศัยอยู่ทางเหนือและที่อยู่โพ้นทะเลก็มาใช้สิทธิ์ด้วยเช่นกัน[13] ผลการลงประชามตินำไปสู่การได้รับเอกราชอย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม ถึงแม้ว่าข้อพิพาทบางประการจะยังคงดำเนินต่อไป อย่างเช่น ส่วนแบ่งรายได้จากการค้าน้ำมัน ซึ่งมีการประเมินว่า 80% ของน้ำมันในซูดานอยู่ในเซาท์ซูดาน นับเป็นศักยภาพทางเศรษฐกิจอันน่าทึ่งสำหรับพื้นที่เสื่อมโทรมที่สุดแห่งหนึ่งของโลก ภูมิภาค Abyei ยังคงอยู่ในระหว่างพิพาทและจะมีการจัดการลงประชามติแยกต่างหากใน Abyei ว่าชาวเมืองต้องการจะเข้าร่วมกับซูดานเหนือหรือซูดานใต้[14] ความขัดแย้งคูร์ดูฟันใต้ปะทุขึ้นในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2554 ระหว่างกองทัพเซาท์ซูดานกับ SPLA เหนือเทือกเขานูบา

เซาท์ซูดานกำลังทำสงครามกับกลุ่มติดอาวุธอย่างน้อยเจ็ดกลุ่ม โดยมีประชากรถูกบังคับให้ย้ายออกจากถิ่นที่อยู่แล้วหลายหมื่นคน[15]

สงครามกลางเมือง (2556–ปัจจุบัน)

ในเดือนธันวาคม 2556 เกิดการแก่งแย่งอำนาจทางการเมืองระหว่างประธานาธิบดีกีร์และอดีตผู้ช่วยของเขา รีค มาชาร์ (Riek Machar) เมื่อประธานาธิบดีกล่าวหามาชาร์และผู้อื่นอีกสิบคนว่าพยายามรัฐประหาร[16] แม้ทั้งสองมีผู้สนับสนุนจากชาติพันธุ์ต่าง ๆ ทั่วเซาท์ซูดาน แต่การสู้รบต่อมาเป็นชุมชน โดยกบฏมุ่งเป้าสมาชิกกลุ่มชาติพันธุ์ดิงกาของกีร์และทหารรัฐบาลโจมตีนูเออร์[17] ทหารยูกันดายังสู้รบร่วมกับกำลังรัฐบาลเซาท์ซูดานต่อกบฏ[18]

มีประมาณว่ามีผู้เสียชีวิตถึง 100,000 คนในความขัดแย้งระหว่างชาติพันธุ์ดิงกา-นูเออร์ ข้าราชการห้าคน รวมมาชาร์ ถูกพิจารณาฐานกบฏ ซึ่งทั้งหมดปฏิเสธข้อกล่าวหาโดยสิ้นเชิง ซึ่งผู้สังเกตการณ์เกรงว่าจะคุกคามการหยุดยิงล่าสุด[17] มีผู้พลัดถิ่นกว่า 1,000,000 คนในเซาท์ซูดาน และกว่า 400,000 คนหลบหนีไปประเทศเพื่อนบ้าน[19] โดยเฉพาะเคนยา ซูดานและยูกันดาอันเนื่องมาจากความขัดแย้ง[20]

เมื่อปลายเดือนกันยายน 2557 ทั้งกลุ่มแยก SPLM รวมทั้ง SPLM-IO ตกลงข้อเสนอทำให้เป็นสหพันธรัฐ (federalisation) ที่ขอมานานของฝ่ายค้านและตัวแสดงที่เป็นกลางกว่า