เมื่อเซาท์ซูดานแยกตัวออกจากซูดานโดยผลการลงประชามติ การลงประชามติเพื่อแยกตัวเป็นเอกราชในบางภูมิภาคที่ติดต่อกับเซาท์ซูดานเองก็มีการตกลงในหลักการหรือกำลังอยู่ในระหว่างการพิจารณา รวมทั้งรัฐคูร์ดูฟันใต้และบลูไนล์[26]

นับตั้งแต่วันที่ประกาศอิสรภาพ ความสัมพันธ์กับซูดานยังคงอยู่ในระหว่างการเจรจา ประธานาธิบดีซูดาน อูมัร ฮะซัน อะห์มัด อัลบะชีร์ แต่แรกเคยประกาศเมื่อเดือนมกราคม พ.ศ. 2554 ว่าอนุญาตให้พลเมืองถือสองสัญชาติในซูดานเหนือและใต้ได้[21] แต่หลังจากการประกาศอิสรภาพของเซาท์ซูดาน เขาได้ถอนข้อเสนอดังกล่าว เขายังได้เสนอแนะสมาพันธรัฐแบบสหภาพยุโรป[27]

เซาท์ซูดานเป็นรัฐสมาชิกสหประชาชาติ แม้จะยังไม่ได้เข้าเป็นสมาชิกสันนิบาตอาหรับ แต่ก็คาดว่าจะได้รับสมาชิกภาพเร็ว ๆ นี้[28][29] เซาท์ซูดานยังมีแผนจะเข้าร่วมเครือจักรภพแห่งชาติ[30] ประชาคมแอฟริกาตะวันออก[31][32] กองทุนการเงินระหว่างประเทศ[33] และธนาคารโลก[34]