ในเดือดกรกฎาคม พ.ศ. 2506 พล พตและคณะกรรมการกลางส่วนใหญ่ออกจากพนมเปญไปตั้งฐานที่มั่นในจังหวัดรัตนคีรีทางตะวันตกเฉียงเหนือ ก่อนหน้านั้น พล พตอยู่ในรายชื่อฝ่ายซ้าย 34 คน ที่ถูกเชิญชวนโดยพระนโรดม สีหนุ ให้เข้าร่วมกับฝ่ายรัฐบาล มีเพียง พล พตกับจู เจตที่เป็นคนในรายชื่อนั้นที่หนีไป คนที่เหลือเข้าร่วมในรัฐบาลและถูกจับตามอง 24 ชั่วโมงโดยตำรวจ

ในพื้นที่ที่พล พตไปตั้งฐานที่มั่นนั้น เป็นพื้นที่ของชาวเขมรบน ซึ่งเป็นชนกลุ่มน้อยในกัมพูชา ใน พ.ศ. 2508 พล พตได้ไปเยื่อนเวียดนามเหนือและจีนเป็นเวลาหลายเดือนและอาจจะได้รับการอบรมในจีน ในเดือนกันยายน พ.ศ. 2509 พล พตได้เปลี่ยนชื่อพรรคเป็นพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาซึ่งเป็นความลับ[11] กว่าที่สมาชิกระดับล่างและเวียดนามจะรู้ก็อีกหลายปีต่อมา การต่อสู้ของพรรคในการต่อต้านรัฐบาลเริ่มต้นเมื่อ พ.ศ. 2510 ในช่วงแรกประสบความสำเร็จน้อย

ใน พ.ศ. 2511 เขมรแดงได้ประกาศยึดครองพื้นที่ในกัมพูชา แม้ว่าเวียดนามเหนือไม่ได้ร่วมในการตัดสินใจ แต่ก็ได้ส่งอาวุธให้เขมรแดงเมื่อเริ่มการยึดครอง กองทหารของพรรคได้ประกาศจัดตั้งเป็นกองทัพปฏิวัติแห่งกัมพูชา