ในเดือนธันวาคม พ.ศ. 2521 เนื่องจากความขัดแย้งที่สะสมมาหลายปี ทำให้มีผู้อพยพชาวกัมพูชาจำนวนมากเข้าไปสู่เวียดนาม พล พตกลัวการโจมตีของเวียดนาม จึงให้กองทหารของเขาข้ามแดนเข้าไปในเวียดนามและเผาทำลายหมู่บ้านโดยไม่ได้รับความช่วยเหลือจากจีนหรือสหรัฐ ในช่วงต้นปี พ.ศ. 2522กลุ่มนิยมเวียดนามในพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชานำโดยแปน โสวัณได้จัดการประชุมพรรคใกล้กับชายแดนเวียดนามและได้ร่วมมือกับเฮง สัมรินจัดตั้งแนวร่วมสามัคคีประชาชาติกู้ชาติกัมพูชา เพื่อต่อต้านเขมรแดง ทำให้พรรคคอมมิวนิสต์แตกออกเป็นสองส่วน กลุ่มที่นำโดยแปน โสวัณแยกไปเป็นอีกพรรคหนึ่ง

กองกำลังเวียดนามบุกรุกเข้าสู่กัมพูชาพร้อมกับแนวร่วมประชาชาติฯและเข้ายึดครองพนมเปญได้ในวันที่ 7 มกราคม พ.ศ. 2522 กลุ่มของแปน โสวัณจัดตั้งสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชา พรรคคอมมิวนิสต์ที่นำโดยพล พตถอนกองกำลังและเคลื่อนย้ายไปทางตะวันตกไปตั้งมั่นตามแนวชายแดนไทยและเริ่มการต่อสู้แบบกองโจรต่อต้านสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชา โดยมีเขียว สัมพันเป็นผู้นำ ต่อมา ใน พ.ศ. 2524 พรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชาได้สลายตัวและจัดตั้งพรรคกัมพูชาประชาธิปไตยขึ้นแทน