พระเจ้ามังระทราบว่าขณะนี้ทางอยุธยากำลังเกิดการเปลี่ยนแปลง ราชธานีแห่งใหม่ได้ถือกำเนิดขึ้นนั้นคือกรุงธนบุรี แต่ในช่วงเวลานี้ภัยคุกคามจากต้าชิงสำคัญกว่ามาก เพราะหากพลาดพลั้งนั้นหมายถึงการล่มสลายของอาณาจักรโก้นบองที่พระองค์เพียรสร้างขึ้น ดังเช่นอาณาจักรพุกามที่ถูกกองทัพมองโกลทำลายล้างในอดีต หลังจากจบศึกกับต้าชิง พระองค์ประเมินแล้วว่าอาณาจักรของพระองค์บอบช้ำเกินกว่าจะทำศึกต่อไปได้อีก พระองค์จึงทรงให้ไพร่พลได้พักฟื้นถึง 5 ปี ในระหว่างพักพื้นนั้นก็ได้มีการตระเตรียมเสบียงอาหารเอาไว้ เพื่อใช้สำหรับทำศึกกับอาณาจักรที่เพิ่งก่อตั้งอย่างกรุงธนบุรี หลังเตรียมการเป็นอย่างดีในปี พ.ศ. 2318 พระเจ้ามังระได้ให้อะแซหวุ่นกี้เป็นแม่ทัพใหญ่ลงมาทำศึกด้วยตนเอง อะแซหวุ่นกี้ได้นำทัพ 35,000 นาย พิชิตหัวเมืองต่าง ๆ มาได้ตลอดทางรวมแล้วมีกำลังพลมากกว่า 50,000 นาย จนสามารถตีเมืองพิษณุโลกแตกและเตรียมรวมทัพมุ่งสู่กรุงธนบุรี อีกเส้นพระองค์ได้ให้เนเมียวสีหบดีเป็นแม่ทัพไปปราบปรามหัวเมืองทางเหนือจนสามารถยึดเชียงใหม่ได้ เตรียมนำกองทัพลงไปสมทบกับอะแซหวุ่นกี้ที่เป็นแม่ทัพใหญ่อีกทางหนึ่ง ส่วนทัพทางใต้ก็สามารถตีเมืองกุย เมืองปราณได้สำเร็จพร้อมนำทัพบุกเข้ากรุงธนบุรีอีกทางหนึ่ง แต่แล้วในวันที่ 10 มิถุนายน พ.ศ. 2319 ราชสำนักอังวะได้แจ้งข่าวมาถึงอะแซหวุ่นกี้ว่า พระเจ้ามังระได้เสด็จสวรรคตแล้ว พระเจ้าจิงกูจา กษัตริย์พระองค์ใหม่ มีบัญชาให้อะแซหวุ่นกี้ยกทัพกลับกรุงอังวะในทันที[9][10]