เมื่อพระเจ้าหลุยส์เสด็จขึ้นครองราชบัลลังก์ในปี ค.ศ. 1774 ทรงมีพระชนมายุเพียง 19 พรรษา ทรงต้องแบกรับความรับผิดชอบอันใหญ่หลวง ในขณะนั้นรัฐบาลกำลังประสบกับภาวะหนี้สินล้นพ้นและกระแสการต่อต้านระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ที่เพิ่มมากขึ้น ทั้งยังทรงรู้สึกว่าตนไม่เหมาะสมกับตำแหน่งกษัตริย์อีกด้วย

ในฐานะกษัตริย์แห่งฝรั่งเศส ทรงให้ความสำคัญกับพระราชกิจด้านการศาสนาและการต่างประเทศเป็นหลัก ซึ่งจากพระราชกิจด้านการทำให้ศาสนจักรเป็นอันหนึ่งอันเดียว ประกอบกับแรงกดดันจากคณะลัทธิฌ็องเซ็น (Jansénisme) ส่งผลให้ต่อมาทรงตัดสินพระทัยขับไล่เนรเทศคณะเยสุอิตออกจากแผ่นดินฝรั่งเศส[18] ทรงหวังที่จะได้รับความนิยมชมชอบจากพสกนิกรด้วยการรื้อฟื้นรัฐสภา (Parlement) ขึ้นมาใหม่ ในขณะที่ไม่มีใครสงสัยถึงพระปรีชาสามารถการบริหารแผ่นดินของพระองค์ ทั้งนี้เป็นที่แน่ชัดว่าแม้จะทรงเจริญพระชันษาผ่านการเลี้ยงดูในฐานะ โดแฟ็ง ตั้งแต่ ค.ศ. 1765 แต่ก็ทรงขาดความหนักแน่นและเด็ดขาดในพระจริยวัตรของพระองค์ การที่ทรงต้องการที่จะเป็นที่ชื่นชอบของประชาชนปรากฏเป็นหลักฐานในบทนำของพระบรมราชโองการหลายครั้ง และถูกใช้อ้างอิงถึงเจตนาดีของพระองค์ที่จะทำให้ประชาชนได้รับประโยชน์ เมื่อตั้งคำถามถึงเหตุผลที่ทรงตัดสินพระทัยรื้อฟื้นรัฐสภาขึ้นมา ทรงตรัสว่า "มันอาจดูเหมือนการตัดสินใจทางการเมืองที่ไม่ค่อยชาญฉลาดนัก แต่กับข้าพเจ้าแล้ว มันดูเหมือนเป็นความปรารถนาทั่วไปของสาธารณชน และข้าพเจ้าก็ต้องการให้สาธารณชนรักข้าพเจ้า"[19] ซึ่งแม้จะทรงขาดความเด็ดขาด พระเจ้าหลุยส์ก็ยังถูกพิจารณาว่าเป็นกษัตริย์ที่ดี ตรัสว่าจะต้องทรง "ปรึกษาหารือและรับฟังทัศนคติของสาธารณชนทุกครั้ง; ผลที่ออกมาจะไม่มีผิดพลาด"[20] พระเจ้าหลุยส์ยังทรงแต่งตั้งที่ปรึกษาส่วนพระองค์ผู้มีประสบการณ์สูงอย่าง ฌ็อง-เฟรเดริก เฟลีโปซ์ เคาน์แห่งโมเรอปาส์ ผู้ซึ่งรับผิดชอบงานราชการของกระทรวงต่าง ๆ จนกระทั่งเขาเสียชีวิตในปี ค.ศ. 1781

หนึ่งในเหตุการณ์สำคัญระหว่างรัชกาลของพระเจ้าหลุยส์ที่ 16 คือการตราพระราชกฤษฎีกาแวร์ซาย (Edict of Versailles) หรือรู้จักกันในชื่อ พระราชกฤษฎีกาว่าด้วยขันติธรรม (Edict of Tolerance) ในวันที่ 7 พฤศจิกายน ค.ศ. 1787 และได้รับการลงมติในรัฐสภา ณ วันที่ 29 มกราคม ค.ศ. 1788 พระราชกฤษฎีกาฉบับนี้ลบล้างผลของพระราชกฤษฎีกาฟงแตนโบล (Edict of Fontainebleau) ซึ่งถูกตราและบังคับใช้มากว่า 102 ปี พระราชกฤษฎีกาแวร์ซายรับรองให้ชาวคริสต์นอกนิกายโรมันคาทอลิก เช่น นิกายคาลวิน- อูเกอโนต์ (Calvinist Huguenots) นิกายลูเทอแรน เช่นเดียวกับชาวยิว ได้รับสถานะทางแพ่งและทางกฎหมายในฝรั่งเศส และเปิดให้คนเหล่านั้นสามารถเลือกนับถือความเชื่อใดก็ตามได้อย่างเปิดเผย แต่ถึงกระนั้นพระราชกฤษฎีกาแวร์ซายก็ไม่ได้ประกาศเสรีภาพในการนับถือศาสนาในฝรั่งเศสโดยตรง ซึ่งต่อมาอีกสองปีก็มีการตรากฎหมายที่รับรองเสรีภาพดังกล่าวขึ้นคือ ประกาศสิทธิมนุษยชนและพลเมือง ค.ศ. 1789 อย่างไรก็ตามนับได้ว่าพระราชกฤษฎีกาแวร์ซายเป็นพัฒนาการก้าวสำคัญที่ช่วยลบล้างความตรึงเครียดทางศาสนาและทำให้การประหัตประหารกันระหว่างศาสนาในแผ่นดินของพระองค์สิ้นสุดลงอย่างเป็นทางการ[21]

การปฏิรูปทางการเงินอย่างสุดโต่งโดย ตูร์โกต์และมาเลอแซเบอส์ ส่งผลให้เหล่าขุนนางเกิดความไม่พอใจอย่างมากและถูกยับยั้งไว้โดยรัฐสภา ที่ซึ่งพวกเขายืนกรานว่าพระเจ้าหลุยส์ไร้ซึ่งพระราชอำนาจในการกำหนดเกณฑ์ภาษีขึ้นมาใหม่ ดังนั้นในปี ค.ศ. 1776 ตูร์โกต์จึงถูกปลดออกจากตำแหน่ง และมาเลอแซเบอส์ลาออก เปิดทางให้ฌัก แนแกร์ เข้ามาดำรงตำแหน่งแทน แนแกร์มีแนวคิดสนับสนุนการปฏิวัติอเมริกาและดำเนินนโยบายด้านการคลังด้วยการก่อหนี้จำนวนมากแทนการขึ้นภาษี ในปี ค.ศ. 1781 เขาพยายามเอาใจประชาชนด้วยการตีพิมพ์รายงาน กงต์รองดูโอรัว (ฝรั่งเศส: Compte rendu au roi; รายงานแด่กษัตริย์) ซึ่งแสดงบัญชีหนี้สินและรายจ่ายของกษัตริย์ฝรั่งเศสเป็นครั้งแรก เปิดโอกาสให้ชาวฝรั่งเศสสามารถตรวจดูรายการบัญชีของกษัตริย์ที่มีรายรับมากกว่ารายจ่ายอยู่เล็กน้อย[22] แต่เมื่อนโยบายนี้ประสบความล้มเหลวอย่างน่าสังเวช พระเจ้าหลุยส์ก็ทรงปลดเขาออกจากตำแหน่ง และทรงแต่งตั้งชาร์ล อาแล็กซ็องดร์ เดอ กาลอน (Charles Alexandre de Calonne) ขึ้นดำรงตำแหน่งแทนในปี ค.ศ. 1783 กาลอนกระตุ้นการจับจ่ายของประชาชนให้เพิ่มมากขึ้นเพื่อ "ซื้อ" หนทางที่จะนำพาประเทศออกจากหนี้กองโต อีกเช่นเคย นโยบายนี้ประสบความล้มเหลว ดังนั้นพระเจ้าหลุยส์จึงทรงเรียกประชุมสมัชชาชนชั้นสูง (Assembly of Notables) ในปี ค.ศ. 1787 เพื่ออภิปรายถึงการปฏิรูประบบการคลังของประเทศซึ่งถูกเสนอไว้โดยกาลอน เมื่อเหล่าชนชั้นสูงได้รับการชี้แจ้งว่าจะมีการก่อหนี้ก้อนใหม่ ทั้งหมดรู้สึกตกตะลึงอย่างมากและปฏิเสธแผนการดังกล่าว ผลลัพธ์เชิงลบจากเหตุการณ์ต่าง ๆ เหล่านี้ส่งสัญญาณว่าพระเจ้าหลุยส์ได้สูญเสียพระราชอำนาจที่จะปกครองในฐานะกษัตริย์ในระบอบสมบูรณาญาสิทธิราชย์ไปแล้ว และทำให้ทรงตกอยู่ในภวังค์แห่งความหดหู่[23]

ขณะที่พระราชอำนาจในการปกครองประเทศของพระเจ้าหลุยส์กำลังเสื่อมถอยลง มีเสียงเรียกร้องให้ทรงเปิดการประชุมสภาฐานันดรเพิ่มขึ้นอย่างต่อเนื่อง ซึ่งการประชุมครั้งสุดท้ายเกิดขึ้นในปี ค.ศ. 1614 ในช่วงต้นรัชสมัยของพระเจ้าหลุยส์ที่ 13 ในความพยายามครั้งสุดท้ายของพระองค์ที่จะให้การปฏิรูประบบการเงินการคลังได้รับการอนุมัติ พระเจ้าหลุยส์ที่ 16 ตัดสินพระราชหฤทัยเรียกประชุมสภาฐานันดรในวันที่ 8 สิงหาคม ค.ศ. 1788 และกำหนดวันเปิดสภาในวันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 1789 ด้วยการเรียกประชุมสภาฐานันดรนี้เอง เท่ากับว่าพระเจ้าหลุยส์ทรงเดิมพันเกียรติยศและภาพลักษณ์ต่อสาธาณชนของพระองค์ไปไว้ในมือของคณะบุคคลผู้ซึ่งไม่ค่อยรู้สึกกังวลกับแนวคิดสาธารณรัฐนิยมมากเท่ากับที่พระเจ้าหลุยส์ทรงรู้สึก ซึ่งความเสี่ยงเช่นนี้มีให้พบเห็นบ่อยครั้งจากเหตุการณ์และกรณีต่าง ๆ ตลอดรัชสมัยของพระองค์ นอกจากนี้ยังมีการโต้เถียงกันว่าการจัดการประชุมในครั้งนี้ควรปฏิบัติตามระเบียบวีธีการดั้งเดิมหรือไม่ เนื่องจากการประชุมดังกล่าวจัดขึ้นครั้งสุดท้ายเมื่อร้อยกว่าปีที่แล้ว ในท้ายที่สุด ปาร์เลอมงต์เดอปารีส์ (ฝรั่งเศส: parlement de Paris) ก็มีมติตกลงว่า "ควรดำรงไว้ซึ่งธรรมเนียมปฏิบัติอย่างระมัดระวังและหลีกเลี่ยงการปฏิบัติใด ๆ นอกเหนือไปจากธรรมเนียมดังกล่าว" และจากมติดังกล่าว พระเจ้าหลุยส์จึงทรงยินยอมให้คงไว้ซึ่งธรรมเนียมประเพณีหลาย ๆ อย่าง อันเป็นบรรทัดฐานมาจากการประชุมครั้งล่าสุดในปี ค.ศ. 1614 ส่งผลให้ฐานันดรที่สาม (สามัญชน) ไม่พอใจธรรมเนียมบางประการที่ขัดกับประกาศสิทธิมนุษยชนและพลเมืองว่าด้วยความเท่าเทียม เช่น การที่ฐานันดรที่หนึ่ง (นักบวช) และฐานันดรที่สอง (ขุนนาง) สามารถแต่งกายได้อย่างหรูหราสมฐานะเข้าไปในสภาได้ แต่ฐานันดรที่สามกลับถูกจำกัดให้แต่งกายแบบเรียบ ๆ ด้วยสีดำทะมึนอันแสดงถึงการกดขี่ เมื่อการประชุมเริ่มขึ้น พระเจ้าหลุยส์แสดงออกถึงความเคารพผู้เข้าร่วมประชุม : สมาชิกสภาฐานันดรผู้มีความเย่อหยิ่งในตนสูงปฏิเสธที่จะถอดหมวกของตนเมื่อพระเจ้าหลุยส์เสด็จมาถึง ดังนั้นพระเจ้าหลุยส์จึงทรงเป็นผู้ถอดพระมาลา (หมวก) ของพระองค์ต่อสมาชิกสภาแทน[24]

ที่ประชุมของสามฐานันดรนี้เองที่เป็นชนวนเหตุเปลี่ยนแปลงสภาพเศรษฐกิจและการเมืองโดยทั่วไปอัน "ป่วยการ" ของประเทศไปสู่การปฏิวัติฝรั่งเศส ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1789 ฐานันดรที่สามประกาศตนว่าเป็นสมัชชาแห่งชาติแต่เพียงฝ่ายเดียว พระเจ้าหลุยส์จึงทรงพยายามควบคุมเหตุการณ์ดังกล่าว ส่งผลให้เกิดเหตุการณ์คำปฏิญาณสนามเทนนิส (ฝรั่งเศส: serment du jeu de paume) ในวันที่ 20 มิถุนายน ตามมาด้วยการสถาปนาสภาร่างรัฐธรรมนูญแห่งชาติในวันที่ 9 กรกฎาคม จนในที่สุดนำไปสู่การทลายคุกบัสตีย์ในวันที่ 14 กรกฎาคม อันเป็นการเปิดฉากการปฏิวัติฝรั่งเศส และในระยะเวลาสั้น ๆ เพียงสามเดือน พระราชอำนาจปกครองประเทศของพระเจ้าหลุยส์ส่วนมากก็ถูกส่งผ่านไปยังผู้แทนที่ได้รับเลือกมาจากประชาชนในประเทศ