คำว่ามลยาฬัมเกิดจากคำในภาษาทมิฬสองคำคือมาไล แปลว่าภูเขา และอาฬัมแปลว่าบริเวณ ซึ่งหมายถึงบริเวณภูเขา จุดกำเนิดของภาษามลยาฬัมไม่ว่าจะในฐานะสำเนียงของภาษาทมิฬหรือแตกออกมาจากภาษาดราวิเดียนดั้งเดิมโดยอิสระ ได้มีการโต้แย้งกันในหมู่นักภาษาศาสตร์ Robert Caldwell กล่าวว่า ภาษามลยาฬัมแยกออกมาจากภาษาทมิฬคลาสสิก หลังจากที่ยืมคำจำนวนมากจากภาษาสันสกฤต และสูญเสียการลงท้ายเกี่ยวกับบุคคลของกริยา อย่างไรก็ตาม ในพุทธศตวรรษที่ 18 ได้พบการเขียนภาษามลยาฬัมซึ่งมีความแตกต่างจากภาษาทมิฬ บทกวีที่ชื่อรมชริตัมมีอายุย้อนหลังไปถึงพุทธศตวรรษที่ 17 ซึ่งเกิดขึ้นก่อนจะได้รับอิทธิพลจากภาษาสันสฤต รูปแบบการเขียนที่ได้รับอิทธิพลจากภาษาสันสกฤตมาก พบในพุทธศตวรรษที่ 19 ซึ่งใช้คำศัพท์ที่มาจากคัมภีร์ปุราณะ

ในราวพุทธศตวรรษที่ 21 – 22 ถุนชัถถุ รมนุชัน เอซุถาชัน เขียนเอกสารฉบับแรกที่ใช้อักษรครันถะ-มลยาฬัม ซึ่งถือเป็นต้นกำเนิดของภาษามลยาฬัม และใช้ในการแปลรามายณะและมหาภารตะมาเป็นภาษามลยาฬัม

ภาษามลยาฬัมอยู่ในกลุ่มภาษาดราวิเดียนใต้เช่นเดียวกับภาษาทมิฬ ภาษาโกทวะ และภาษาตุฬุ ส่วนใหญ่เชื่อว่าภาษาทมิฬดั้งเดิมได้แยกออกมาเป็นภาษาทมิฬและภาษามลยาฬัม ต่อมา ใชนช่วงที่รัฐเกรละมีความโดดเด่นทางสังคมและการเมือง มีการติดต่อค้าขายกับชาวอาหรับ รวมทั้งการรุกรานของโปรตุเกส ทำให้ภาษามลยาฬัมได้รับอิทธิพลจากกล่มภาษาโรมานซ์ กลุ่มภาษาเซมิติก และกลุ่มภาษาอินโด-อารยัน และทำให้ภาษาที่ใช้ในหมู่ผู้นับถือศาสนาเชน คริสต์ อิสลามและยูดายมีความแตกต่างกัน

ที.เค. กฤษณะ เมนน ได้แบ่งยุคของภาษามลยาฬัมออกเป็น 4 ยุคคือ

1. การินทมิฬ เมื่อราว 2,457 ปีก่อนพุทธศักราชจนถึง พ.ศ. 443 ส่วนใหญ่เหมือนกับภาษาทมิฬ ยังไม่รับอิทธิพลจากภาษาสันสกฤต
2. ภาษามลยาฬัมโบราณ เมื่อประมาณ 443 – 868 ภาษามลยาฬัมได้รับอิทธิพลจากภาษาสันสกฤต และยืมคำจากภาษาสันสกฤตมาเป็นจำนวนมาก มีการลงท้ายกริยาด้วยบุคคลซึ่งขึ้นกับเพศและจำนวน เขียนด้วยอักษรทมิฬ-พราหมี
3. ภาษามลยาฬัมยุคกลาง พ.ศ. 868 – 1968 เป็นยุคที่ศาสนาเชนมีอิทธิพลต่อภาษามาก
4. ภาษามลยาฬัมสมัยใหม่ ตั้งแต่พ.ศ. 1968 เป็นต้นมา เป็นช่วงที่ภาษามลยาฬัมเป็นเอกเทศจากภาษาทมิฬและภาษาสันสกฤต ซึ่งแบ่งย่อยเป็นช่วงก่อนและหลังการเข้ายึดครองของอังกฤษ

มิชชันนารีที่เข้ามาเผยแพร่ศาสนาคริสต์ได้ริเริ่มการพิมพ์ในรัฐเกรละ และต่อมาศาสนาคริสต์ได้นำภาษามลยาฬัมไปใช้ในทางศาสนาแทนภาษาซีเรียค ดอกทรินา คริสตัมถูกแปลเป็นภาษามลยาฬัมและตีพิมพ์โดยชาวโปรตุเกสเมื่อ พ.ศ. 2121 ซึ่งเป็นหนังสือเล่มแรกที่ตีพิมพ์ในรัฐเกรละ การสร้างตัวพิมพ์อักษรมลยาฬัมเริ่มขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2364 หนังสือพิมพ์ภาษามลยาฬัมฉบับแรกชื่อ รัชยะ สมชรัม ตีพิมพ์โดยมิชชันนารีชาวเยอรมันเมื่อ พ.ศ. 2390

พัฒนาการของวรรณคดี

เอกสารที่เขียนด้วยอักษรมลยาฬัมที่เก่าที่สุดคือจารึกวซับปัลลิอายุราว พ.ศ. 1373 วรรณคดีในยุคแรก ๆ ของภาษานี้ได้แก่เพลงยุคคลาสสิกที่เรียกนาทัน ปาตตุ เพลงพื้นบ้านที่ใช้คำศัพท์แบบพื้นบ้าน และมนิปรวลัมที่ได้รับอิทธิพลจากภาษาสันสกฤต กวีนิพพนธ์ภาษามลยาฬัมเกิดขึ้นเมื่อราวพุทธศตวรรษที่ 25