ในอดีตที่ผ่านมามีอักษรหลายชนิดใช้เขียนภาษามลยาฬัมได้แก่ อักษรวัตเตซุถุ อักษรโกเลซุถุ และอักษรมลยาฬัม จัดอยู่ในกลุ่มอักษรครันถะซึ่งเป็นรูปแบบของอักษรพราหมีที่แพร่หลายทางตอนใต้ และต่อมาได้พัฒนามาเป็นอักษรมลยาฬัมที่ใช้อยู่ในปัจจุบัน

อักษรมลยาฬัมมี 53 ตัว แบ่งเป็นสระ 16 ตัวและพยัญชนะ 37 ตัว รูปแบบดั้งเดิมของการเขียนถูกแทนที่ด้วยรูปแบบใหม่ที่ประดิษฐ์ขึ้นใน พ.ศ. 2524 ซึ่งมีการลดรูปพยัญชนะที่เคยมีแตกต่างกันถึง 900 แบบจนน้อยกว่า 90 แบบ ทำให้สามารถพิมพ์ด้วยอมพิวเตอร์และเครื่องพิมพ์ดีดได้ ภาษามลยาฬัมเคยเขียนด้วยอักษรอื่น เช่น อักษรอาหรับ อักษรซีเรียค [6][7][8] และอักษรละตินแต่ไม่เป็นที่นิยม อักษรอาหรับพบที่มัดดารอซะฮ์และหมู่เกาะลักษทวีป[9][10]