ความแตกต่างระหว่างภาษามลายูปัตตานีกับภาษามลายูกลางหรือภาษามาเลเซียมีดังนี้[5]

การใช้คำ

บางคำทั้งสองภาษาใช้คำต่างกัน เช่น ฉัน ภาษามาเลเซียใช้ saya ภาษามลายูปัตตานีใช้ อามอ หรือ ซายอ; มันเทศ ภาษามาเลเซียใช้ ubi keledek ภาษามลายูปัตตานีใช้ อูบีกือแตลอ หรือ อูบีแตลอ; ภาษามาเลเซียใช้ kacap ภาษามลายูปัตตานีใช้ แกแจะ นอกจากนี้ ยังมีการใช้คำภาษาไทยปะปนเข้ามาในบางส่วน

การออกเสียง

• ออกเสียงสระต่างกัน ได้แก่
  • เสียง /a/ + พยัญชนะนาสิกในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɛ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น ayam (ไก่) เป็น อาแย; makan (กิน) เป็น มาแก
  • เสียง /a/ ท้ายคำในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɔ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น nama (ชื่อ) เป็น นามอ; sila (เชิญ) เป็น ซีลอ
  • เสียง /a/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɔʔ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น bawa (พา) เป็น บอเวาะ; minta (ขอ) เป็น มีเตาะ
  • เสียง /ah/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɔh/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น rumah (บ้าน) เป็น รูเมาะฮ
  • เสียง /aj/ ท้ายคำในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /a/ หรือ /ɛ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น sungai (คลอง) เป็น ซูงาหรือซูแง; kedai (ตลาด) เป็น กือดาหรือกือแด (การแปรเป็นเสียง /ɛ/ พบในบางท้องถิ่นเท่านั้น)
  • เสียง /aw/ ท้ายคำในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /a/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น pisau (มีด) เป็น ปีซา
  • เสียง /i/ ท้ายคำที่ประสมกับพยัญชนะนาสิกในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /iŋ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น sini (ที่นั่ง) เป็น ซีนิง
  • เสียง /ia/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ijɛ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น Siam (สยาม) เป็น ซีแย
  • เสียง /ia/ พยางค์แรกในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɛ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น biasa (เคย) เป็น แบซอ
  • เสียง /ua/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɔ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น puasa (บวช) เป็น ปอซอ
• ออกเสียงพยัญชนะต้นต่างกัน เช่น
  • เสียง /r/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ɣ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น orang (คน) เป็น ออแรฺ, rantai (โซ่) เป็น รฺาตา
• ออกเสียงตัวสะกดต่างกัน เช่น
  • ตัวสะกดที่เป็นเสียงเสียดแทรก /s/, /f/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียงที่เกิดจากคอหอย /h/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น malas (เกียจคร้าน) เป็น มาละฮ
  • ตัวสะกด /n/, /m/ ในภาษามาเลเซีย แปรเป็นเสียง /ŋ/ ในภาษามลายูปัตตานี เช่น hakim (ตุลาการ) เป็น ฮาเก็ง

นอกจากนั้นภาษามลายูปัตตานียังนิยมลดเสียงและคำที่พูด เช่น emak saudara (น้าผู้หญิง) ในภาษามาเลเซีย เป็น เมาะซือดารฺอ ในภาษามลายูปัตตานี

โครงสร้างประโยค

ภาษามลายูปัตตานีนิยมเรียงประโยคแบบภาษาไทยคือใช้รูปประธานกระทำ ส่วนภาษามาเลเซียใช้ประโยคแบบประธานถูกกระทำ เช่น ภาษามลายูใช้ ตูวัน ดีเปอรานะกัน ตีมานา (ท่านถูกเกิดที่ไหน) ภาษามลายูปัตตานีใช้ ตูแว บือราเนาะ ดีมานอ (ท่านเกิดที่ไหน)

ความต่างของไวยากรณ์และคำศัพท์

• ภาษามลายูปัตตานีตัดคำอุปสรรคที่ไม่จำเป็นออก เช่น berjalan (เดิน) ในภาษามาเลเซีย เป็น 'ยฺแล ในภาษามลายูปัตตานี
• ภาษามลายูปัตตานีใช้คำง่ายกว่า เช่น มาแก ใช้ได้ทั้ง กินข้าว ดื่มน้ำ สูบบุหรี่ แต่ภาษามาเลเซียแยกเป็น makan (กิน), minum (ดื่ม) และ hisap (สูบ)
• ภาษามาเลเซียมีการแยกระดับของคำมากกว่า เช่น ผู้ชายใช้ laki-laki สัตว์ตัวผู้ใช้ jantan ส่วนภาษามลายูปัตตานีใช้ ยฺแต กับทั้งคนและสัตว์ ส่วน ลือลากี มีใช้น้อย
• ภาษามลายูปัตตานีมีการเรียงคำแบบภาษาไทยมากกว่า เช่น ทำนา ใช้ บูวะบือแน