มาลากาซีมีวากยสัมพันธ์ดังนี้ กริยา-กรรม-ประธาน

การเน้นเสียงจะเน้นที่พยางค์รองสุดท้าย ยกเว้นในคำที่ลงท้ายด้วย ka, tra หรือ na ซึ่งจะเน้นที่พยางค์ก่อนรองสุดท้าย พยางค์ที่ไม่เน้นมักจะถูกลด (elision) ฉะนั้น fanorona (ฟาโนโรนา การละเล่นพื้นเมืองของสาดากัสการ์) จะอ่านว่า [fa'nurn] ("ฟะนูร์น") และ Malagasy จะอ่านว่า "มาลกาช" ซึ่งตรงกับชื่อภาษาฝรั่งเศสของภาษามาลากาซี คือ Malgache