ชาวไอนุแห่งซาคาลินดูเหมือนจะปรากฏบนซาฮาลินค่อนข้างเร็ว หลักฐานทางภาษาแสดงให้เห็นว่าภาษาโปรโต-ไอนุได้มีการพูดกันทางตอนใต้ของเกาะซาฮาลินและทางตะวันออกเฉียงเหนือของเกาะฮกไกโด และขยายจากภูมิภาคนี้ไปยังส่วนอื่น ๆ ของฮกไกโด หมู่เกาะคูริล และเกาะฮอนชูทางตอนเหนือบางส่วน ต่อมาภาษาไอนุซาฮาลินได้ขยายจากทางตอนใต้ของซาฮาลินไปสู่ทางตอนเหนือของซาฮาลิน และอาจรวมถึงแคว้นอามูร์ด้วย จากการศึกษาของลีและฮาเซกาวะจาก มหาวิทยาลัยวาเซดะ โดยใช้หลักฐานทางภาษา โบราณคดี และพันธุกรรม พบว่าชาวไอนุมีความเชื่อมโยงอย่างมีนัยสำคัญกับวัฒนธรรมโอค็อตสค์ทางตอนเหนือของฮกไกโด [2]

ประวัติบอกเล่าบันทึกการพลัดถิ่นของชาวไอนุในซาคาลินตอนกลางที่พวกเขาเรียกว่า Tonchi ซึ่งตามหลักฐานโทโฟนิมิกคือ Nivkh [3]

หลังสงครามโลกครั้งที่สองได้จบลง ซาฮาลินตกอยู่ภายใต้การควบคุมของสหภาพโซเวียต ชาวไอนุที่อาศัยอยู่ในซาฮาลินทั้งหมดยกเว้น 100 คนถูกส่งตัวกลับไปยังญี่ปุ่น ครัวเรือนไอนุกลุ่มสุดท้ายบนเกาะนี้เสียชีวิตไปในทศวรรษ 1960 [4] ภาษานี้ดำรงอยู่ได้นานกว่าในญี่ปุ่น โดยสูญพันธุ์ไปในปี 1994 พร้อมกับการเสียชีวิตของทาเกะ อาไซ