ใน พ.ศ. 2541 คณะรัฐมนตรีได้ให้ความเห็นชอบการกู้เงินจากธนาคารเพื่อการพัฒนาเอเชีย[100] ซึ่งมีเงื่อนไขส่วนหนึ่งว่าด้วยการบริหารจัดการมหาวิทยาลัย ต่อมา คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้เปลี่ยนสภาพมหาวิทยาลัยของรัฐเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ และให้มหาวิทยาลัยแต่ละแห่งจัดทำร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยของตน มีหลักการสคำคัญที่กำหนดให้มหาวิทยาลัยไม่เป็นส่วนราชการ แต่อยู่ในกำกับของรัฐ เพื่อการบริหารจัดการที่เป็นอิสระและคล่องตัวอันจะช่วยให้จัดการศึกษาในระดับอุดมศึกษาได้อย่างมีคุณภาพและประสิทธิภาพมากขึ้น

มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์จึงดำเนินการตามมติคณะรัฐมนตรีดังกล่าว[101] โดยแต่งตั้งคณะกรรมการจัดทำร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ในกำกับของรัฐเสนอต่อสภามหาวิทยาลัยคณะกรรมการได้พิจารณาเกี่ยวกับแนวคิด หลักการ ตลอดจนประเด็นที่เกี่ยวข้อง และได้จัดทำร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. ... ขึ้นมาฉบับหนึ่ง ใน พ.ศ. 2543 แล้วนำร่างพระราชบัญญัติฉบับนั้นเผยแพร่ให้ประชาคมธรรมศาสตร์แสดงความคิดเห็น

หลังจากนั้น คณะรัฐมนตรีมีมติเมื่อวันที่ 19 สิงหาคม พ.ศ. 2546 กำหนดหลักการกลาง 10 ประการที่ต้องมีในร่างพระราชบัญญัติของมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐทุกฉบับ[102] สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษาจึงส่งร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. ... ส่งคืนมาให้มหาวิทยาลัยแก้ไข แต่มหาวิทยาลัยเห็นว่า ร่างพระราชบัญญัติสอดคล้องกับหลักการกลางที่คณะรัฐมนตรีกำหนดแล้ว จึงไม่แก้ไขอีก และส่งร่างพระราชบัญญัติคืนให้สำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา ต่อมา คณะรัฐมนตรีมีมติอนุมัติหลักการของร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. ... และส่งให้สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาตรวจพิจารณา

การเปลี่ยนสภาพมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์เป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐก่อให้เกิดการคัดค้านและการตั้งคำถามต่อผู้บริหารมหาวิทยาลัย[103] เช่น มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐจะสนใจเพียงค่าหน่วยกิตและค่าธรรมเนียมการศึกษาซึ่งมีแนวโน้มว่าจะสูงขึ้นเรื่อย ๆ ทั้งกิจกรรมกลายเป็นธุรกิจมากขึ้น จนใส่ใจต่อสังคมน้อยลง หรือผู้บริหารจะมีอำนาจเบ็ดเสร็จในการพิจารณาสัญญาจ้างและในการประเมินพนักงาน จนนำไปสู่ระบบเผด็จการของผู้บริหารหรือไม่[104]

วันที่ 5 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2555 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบกับร่างพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. ... และส่งให้สภาผู้แทนราษฎรพิจารณาต่อไป[105]