สงครามครูเสดตอนเหนือ (อังกฤษ: Northern Crusades) เป็นสงครามที่เกิดขึ้นโดย กษัตริย์เดนมาร์ก สวีเดน รวมถึงภาคีลิวอเนียน และคณะอัศวินทิวทัน ซึ่งร่วมกับเหล่าพันธมิตรต่อต้านชาวลัทธิเพกัน รอบ ๆ ดินแดนยุโรปภาคเหนือ ชายฝั่งตะวันออก และทางตอนใต้ของทะเลบอลติก สงครามครูเสดตอนเหนือนี้อาจรวมไปถึงการรบของสวิดิช และเยอรมันคาทอลิก ที่ต่อสู้กับชาวรัสเซีย ที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายอีสเติร์นออร์โธด็อกซ์ หลายสงครามนี้ถูกเรียกว่าเป็นครูเสดในยุคกลาง ส่วนสงครามนอกเหนือจากนั้นซึ่งรวมไปถึงส่วนใหญ่ของสวิดิชครูเสด จะถูกเรียกรวมให้เป็นครูเสด โดยนักประวัติศาสตร์หัวชาตินิยม ในคริสต์ศตวรรษที่ 19 โลกบอลติกตะวันออกนั้น ถูกแปลงให้เป็นพื้นที่ทางการทหารที่มุ่งพิชิตพวกแรก ๆ คือ พวกลิวอเนียน พวกเอสโทเนียน หลังจากนั้น ก็เป็น ชาวเซมิกัลป์เลียน คูโรเนียน และชาวปรัสเซียนที่ได้รับความพ่ายแพ้ ถูกเข้ายึด แม้กระทั่งทำลายล้าง โดยกลุ่มชาวเดนมาร์ก เยอรมัน และสวีเดน