สงครามครูเสดภาคเหนือนี้ มีจุดเริ่มต้นอย่างเป็นทางการ มาจากการออกคำสั่งของสมเด็จพระสันตะปาปาเซเลสทีนที่ 3 ในปี ค.ศ. 1193 ซึ่งในความเป็นจริงแล้วครูเสดภาคเหนือนี้ได้เริ่มมาตั้งแต่ก่อนหน้านี้ คือตั้งแต่ที่อาณาจักรสแกนดิเนเวีย และจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ได้ดำเนินการปราบปรามชาวลัทธิเพกันในดินแดนใกล้เคียง

การสู้รบกันระหว่างชาวบอลติก ฟินน์ ชาวบัลท์ และชาวสลาฟ ซึ่งอาศัยอยู่รอบๆ ชายฝั่งบอลติก กับเพื่อนบ้านชาวแซกซอน และชาวเดน ที่อาศัยอยู่ทางเหนือ และใต้ ด้วยกันมาหลายศตวรรษตั้งแต่ก่อนเกิดสงครามครูเสด หลายสงครามที่เกิดขึ้นในแถบบอลติกก่อนหน้านี้ มีเหตุส่วนใหญ่มาจากความพยายามที่จะทำลายเมือง และเส้นทางการค้าขายทางทะเล รวมถึงความได้เปรียบทางด้านเศรษฐกิจ และสงครามครูเสดก็ได้ดำเนินการสู้รบไปตามแบบแผนนี้ แม้ว่าจะถูกริเริ่มโดยพระสันตะปาปา และกลุ่มพระติดอาวุธก็ตาม