ประเทศที่แยกตัวไปส่วนใหญ่จะมีปัญหาเนื่องจากชนเชื้อสายเซิร์บในประเทศไม่ต้องการแยกประเทศทำให้เกิดการปะทะในหลายพื้นที่ แต่ท้ายที่สุด โครเอเชีย สโลวีเนีย มาซิโดเนีย ก็สามารถแยกตัวได้สำเร็จและได้รับรองจากนานาชาติในการจัดตั้งรัฐบาลของตนเอง

บอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาเองก็ต้องการแยกตัวออกไปเป็นประเทศใหม่ แต่ก็เป็นประเทศที่มีปัญหามากที่สุดเพราะชาวเซิร์บที่อยู่ในประเทศนั้นมีจำนวนมากกว่าประเทศอื่น ๆ จึงมีการรวมกำลังต่อต้านการแยกประเทศเพื่อจะเข้ารวมกับรัฐเซอร์เบีย ท้ายสุดปัญหาก็รุนแรงมากในช่วงปี พ.ศ. 2538 ซึ่งการต่อต้านและปะทะกันอย่างรุนแรงนั้นนำมาสู่การสังหารหมู่เพื่อฆ่าล้างเผ่าพันธุ์ จนสหประชาชาติต้องเข้ามาไกล่เกลี่ยและยุติศึก

มาถึงคราวของคอซอวอจะแยกตัวบ้างเพื่อไปรวมกับแอลเบเนีย ทางรัฐบาลเซิร์บไม่ยินยอม จึงทำการโจมตีและขับไล่ชาวมุสลิมเชื้อสายแอลเบเนียในคอซอวออย่างโหดร้ายทารุณ ในปี พ.ศ. 2542 ทำให้กองกำลังชาติพันธมิตรนำโดยนาโตและสหรัฐอเมริกาเข้ายับยั้ง โดยทำการโจมตียูโกสลาเวียทางอากาศอย่างหนักหน่วงเป็นเวลากว่า 90 วัน กดดันให้นายมีโลเซวิชยอมถอนทหาร และอนุญาตให้ผู้ลี้ภัยชาวมุสลิมเชื้อสายแอลเบเนียกลับเข้ามาตั้งถิ่นฐานใหม่ได้ โดยมีกองกำลังชาติพันธมิตรคุ้มครองจนกระทั่งปัจจุบัน แต่ปัญหาความรุนแรงในคอซอวอก็ยังไม่จบสิ้น แม้ว่านายมีโลเซวิชจะถูกจับกุม และตัดสินลงโทษโดยศาลโลกในฐานะอาชญากรสงครามแล้วก็ตาม การก่อวินาศกรรมในคอซอวอยังมีอยู่ต่อเนื่อง