สงครามช่วงที่สองเนื่องจากกรุงอังวะผจญปัญหาการสืบราชบัลลังก์เช่นกัน พระเจ้าราชาธิราชจึงใช้โอกาสนี้ยกทัพเรือจำนวนมหาศาลขึ้นสู่พม่าตอนเหนือเมื่อปี 1404[2] กรุงอังวะต่อต้านไว้ได้ พระเจ้าราชาธิราชแห่งกรุงหงสาวดี กับพระเจ้าฝรั่งมังฆ้อง แห่งกรุงอังวะ จึงทรงพักรบกันในปี 1406 แต่ไม่ถึงหนึ่งปี ในปี 1406 นั้นเอง กรุงอังวะก็หันกลับมารุกรานกรุงหงสาวดีเพื่อขยายดินแดนต่อ สามารถยึดดินแดนหลายแห่งในตอนเหนือ คือ กะเล กับโม่ญี่น รวมถึงดินแดนภาคตะวันตก คือ ยะไข่ ฝ่ายมอญเห็นว่าไม่อาจปล่อยให้พม่ามีกำลังกล้าแข็งได้อีกต่อไปจึงเข้าทำสงครามด้วย ครั้นปี 1407 กองทัพมอญขับพม่าออกจากยะไข่ได้สิ้น ทั้งยังได้พันธมิตร คือ แสนหวี ซึ่งเข้าล่มหัวจมท้ายด้วยเพราะประสงค์จะหยั่งทราบความทะเยอทะยานของฝ่ายพม่า

ระหว่างปี 1407 ถึงปี 1413 กรุงอังวะจำต้องสู้หลายจุด คือ สู้แสนหวีทางเหนือ สู้หงสาวดีทางใต้ และสู้ยะไข่ทางตะวันตก กระนั้นภายในปี 1413 ทัพอังวะซึ่งนำโดยมังรายกะยอชวา โอรสพระเจ้าฝรั่งมังฆ้อง เริ่มรุกและกลับได้เปรียบ โดยสามารถปราบปรามแสนหวีและพันธมิตรจากราชวงศ์หมิงได้ ทั้งยังสามารถเคลื่อนพลเต็มรูปแบบเข้าสู่กรุงหงสาวดีได้ในปี 1414 จนมีชัยเหนือดินดอนสามเหลี่ยมอิรวดีได้ในปี 1415 ส่งผลให้พระเจ้าราชาธิราชต้องเสด็จลี้ภัยจากกรุงหงสาวดีไปยังเมาะตะมะ ทว่า มังรายกะยอชวาถึงแก่พระชนม์ในระหว่างรบเสียก่อนเมื่อเดือนมีนาคม 1417[3][4]