หลังจากท้าวซ้อยถูกสังหารโดยหมื่นโลกนคร เจ้าเมืองเทิงได้แต่งหนังสือถึงสมเด็จพระบรมราชาธิราชที่ 2 ถือสวามิภักดิ์เพื่อให้ทรงกระทำสงครามกับอาณาจักรล้านนา พระองค์จึงเห็นควรเป็นโอกาสในการตีเมืองเชียงใหม่ ในขณะเดียวกัน การแปรพักตร์ของเจ้าเมืองเทิงทราบถึงพระเจ้าติโลกราชจึงถูกประหารชีวิต ถึงกระนั้น กองทัพอยุธยาเคลื่อนทัพมาทางตอนใต้ของเมืองเชียงใหม่[4]

พระเจ้าติโลกราชทรงแต่งตั้งหมื่นโลกนครเป็นแม่ทัพและมอบหมายให้ยั้งทัพกองทัพอยุธยาขณะกำลังเคลื่อนพล กองทัพล้านนาตั้งทัพตรงข้ามกับค่ายทัพอยุธยา และส่งนายทหารล้านนาแทรกซึมเป็นตะพุ่น[thai 1]เพื่อจารกรรมกองทัพอยุธยา ถึงกระนั้น นายทหารล้านนาได้เริ่มปฏิบัติการณ์ตัดปลอกช้าง และฟันหางช้าง ทำให้เกิดความวุ่นวายภายในค่ายทัพ แล้วจึงส่งกำลังทหารบุกทลายค่ายทัพอยุธยาจนแตกพ่าย ในระหว่างนั้นพระเจ้าติโลกราชจึงให้ยึดเมืองแพร่และเมืองน่าน หลังจากการเริ่มใช้ปืนใหญ่ กองทัพอยุธยาได้เริ่มโจมตีเมืองเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ. 1985 ซึ่งล้มเหลว และได้เริ่มอีกครั้งในปี พ.ศ. 1994[2]

ในปี พ.ศ. 1991 สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถครองราชย์เป็นกษัตริย์แห่งอาณาจักรอยุธยา พระองค์บริหารการทหารที่ก้าวหน้าอย่างมากในแถบเอเชียตะวันออกเฉียงใต้[5] ในปี พ.ศ. 1994 พญาสองแควแปรพักตร์จากอยุธยา เข้าร่วมกับล้านนา ความขัดแย้งระหว่างอยุธยาและล้านนาปะทุครั้งที่สอง กองทัพล้านนาโดยหมื่นหาญนครยึดเมืองเชลียง[2] สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถขณะทรงผนวช ได้ส่งภิกษุสมณทูตทูลขอเมืองเชลียงคืนแต่ไม่สำเร็จ กองทัพอยุธยาจึงเคลื่อนทัพ ในปี พ.ศ. 1995 กองทัพอยุธยายึดเมืองเชียงใหม่ได้สำเร็จ แต่ถูกขับไล่โดยการสนับสนุนของอาณาจักรล้านช้าง[5] ในระหว่างนั้น กองทัพอยุธยาได้แทรกซึมเข้าเมืองเชียงใหม่ โดยส่งภิกษุเถระชาวพุกามออกอุบายให้ตัดต้นนิโครธที่แจ่งศรีภูมิ ซึ่งเป็นต้นไม้ศักดิ์สิทธิ์ของเมืองเชียงใหม่ เชื่อว่าเมืองเชียงใหม่เกิดอาเพศ[6]

ในปี พ.ศ. 2000 ได้มีการปะทะโดยอาศัยช่วงความอ่อนแอของกำลังภายในเมืองเชียงใหม่ ขณะต่อมา กองทัพอยุธยายึดเมืองแพร่ขณะที่ล้านนากำลังตีเมืองเชียงตุง เพื่อการขยายอำนาจอาณาจักรล้านนาทางตอนเหนือของเมืองเชียงใหม่ ในขณะนั้น พระอินทราชา[thai 2]ถูกสังหารด้วยปืนของกำลังทหารล้านนาบริเวณดอยขุนตาล ทั้งสองฝ่ายเสียหายหนัก กองทัพทั้งสองสามารถตั้งรับได้เป็นระยะ ในปี พ.ศ. 2004 กองทัพล้านนาพยายามตีหัวเมืองเหนือของอาณาจักรอยุธยา ในปี พ.ศ. 2006 สมเด็จพระบรมไตรโลกนาถทรงให้เมืองสองแควเป็นเมืองหลวงและเสด็จประทับเพื่อควบคุมเจ้าเมืองฝ่ายหัวเมืองเหนือ[3][6]

ในปี พ.ศ. 2017 กองทัพอยุธยายึดเมืองเชลียง อาณาจักรล้านนายุติความขัดแย้ง เพื่อแก้ไขปัญหาการแย่งชิงอำนาจภายในและความสูญเสียกำลัง ในปีต่อมา อาณาจักรล้านนาจึงขอเจรจาทำสัญญาไมตรีกับอาณาจักรอยุธยาเป็นการสิ้นสุดความขัดแย้งของทั้งสองอาณาจักร[3]