หลังจากนารูโตะสำเร็จการศึกษาเป็นนินจาชั้น เกะนิน (นินจาระดับล่าง) นารูโตะปฏิบัติหน้าที่ภายใต้การควบคุมของ ฮาตาเกะ คาคาชิ ซึ่งเป็น โจนิน (นินจาระดับสูง) โดยมี อุจิวะ ซาสึเกะ และ ฮารุโนะ ซากุระ เป็นสมาชิกร่วมทีมอีกสองคน อุจิวะ ซาสึเกะนั้นมีความแค้นกับอุจิวะ อิทาจิ ผู้เป็นพี่ชายของตนซึ่งเป็นคนสังหารผู้คนในตระกูลอุจิวะทั้งหมด

ในการสอบคัดเลือกเป็นจูนิน (นินจาระดับกลาง) พวกนารูโตะได้เข้าร่วมการทดสอบด้วย แต่โอโรจิมารุได้บุกโจมตีหมู่บ้านโคโนะฮะระหว่างการสอบรอบสุดท้าย ส่งผลให้โฮคาเงะรุ่นที่ 3 หัวหน้าหมู่บ้านในขณะนั้น ต้องเสียชีวิตลง นารูโตะและจิไรยะออกเดินทางเพื่อตามหาซึนาเดะให้มาเข้ารับตำแหน่งเป็นโฮคาเงะรุ่นที่ 5 หลังจากซึนาเดะมาเข้ารับตำแหน่งแล้ว ซาสึเกะซึ่งไขว่คว้าหาพลังของโอโรจิมารุเพื่อล้างแค้นพี่ชายของตน ได้หนีออกจากหมู่บ้านไป พวกนารูโตะพยายามจะตามตัวซาสึเกะกลับมาแต่ไม่สำเร็จ หลังจากนั้น นารูโตะได้เดินทางออกจากหมู่บ้านเพื่อไปฝึกวิชากับจิไรยะ

แสงอุษายังดำเนินแผนการของตนต่อไป ในตอนนั้นแสงอุษารวบรวมสัตว์หางได้ 7 ตัวแล้ว เหลือเพียงแปดหางกับเก้าหาง เพนได้เข้ามาโจมตีหมู่บ้านโคโนะฮะเพื่อชิงเก้าหาง นารูโตะสามารถจัดการเพนลงได้ ห้าคาเงะซึ่งเป็นหัวหน้าหมู่บ้านนินจาทั้งห้าของห้าแคว้นใหญ่ได้มาประชุมกัน หลังจากนั้น อุจิวะ โอบิโตะ (ภายใต้ชื่อ อุจิวะ มาดาระ) ได้ประกาศสงครามโลกนินจาครั้งที่ 4 กับแคว้นนินจาทั้งหมดเพื่อชิงแปดหางกับเก้าหาง