องค์กรที่สำคัญมี 3 องค์กรคือ:

• สมัชชา (Assembly) เป็นที่ประชุมใหญ่ขององค์การ ประกอบด้วยผู้แทนของประเทศสมาชิกทั้งหมด มีหน้าที่พิจารณาปัญหาต่าง ๆ ที่อาจส่งผลกระทบต่อสันติภาพของโลก
• คณะมนตรี (Council) ทำหน้าที่ควบคุมสมัชชา ประกอบด้วยสมาชิกถาวร 4 ประเทศ คือ ฝรั่งเศส อังกฤษ อิตาลี และญี่ปุ่น และสมาชิกประเภทไม่ถาวรที่มาจากการเลือกตั้งอีก 4 ประเทศ ทำหน้าที่พิจารณาเรื่องต่าง ๆ ที่เป็นภัยคุกคามต่อสันติภาพและปฏิบัติตามข้อเสนอแนะของสมัชชา ทั้งนี้มติของคณะมนตรีซึ่งเป็นมติสูงสุด จะต้องเป็นฉันทามติเท่านั้นจึงสามารถบังคับใช้ได้ ซึ่งเป็นเหตุผลที่ทำให้สันนิบาตล่มเมื่อญี่ปุ่นและอิตาลีกลับกลายเป็นผู้คุกคามสันติภาพเสียเองในเวลาต่อมา
• สำนักงานเลขาธิการ (Secretary-General) เลขาธิการที่ได้รับเลือกมีหน้าที่จัดทำรายงาน รักษาเอกสาร อำนวยการวิจัย และประสานงานกับฝ่ายต่าง ๆ

และมีหลายหน่วยงานและคณะกรรมการ (commission) อื่น ๆ อีก ซึ่งบางองค์การเมื่อยุบสันนิบาตชาติก็ได้ถ่ายโอนไปในสังกัดของสหประชาชาติ

• ศาลยุติธรรมถาวรระหว่างประเทศ (ต่อมากลายเป็นศาลยุติธรรมระหว่างประเทศ) ทำหน้าที่พิจารณาคดีและตัดสินข้อพิพาทระหว่างประเทศ
• องค์การแรงงานระหว่างประเทศ มีผลงานโดดเด่นได้แก่ การรณรงค์ให้ทำงานแปดชั่วโมงต่อวัน การรณรงค์คัดค้านแรงงานเด็ก และสนับสนุนสิทธิของผู้หญิงในสถานที่ทำงาน
• องค์การอนามัย (ต่อมากลายเป็นองค์การอนามัยโลก) มีผลงานโดดเด่นทางด้านการต่อสู้โรคเรื้อน มาลาเรีย ไข้เหลือง และไข้รากสาดใหญ่
• คณะกรรมการทาส ทำหน้าที่ขจัดระบอบทาสและการบังคับขายประเวณี โดยเฉพาะในประเทศอาณานิคม
• คณะกรรมการเพื่อผู้ลี้ภัย มีผลงานโดดเด่นคือการนำเชลยศึกสงคราม 427,000 คน จากประเทศรัสเซียส่งกลับประเทศดั้งเดิม 26 ประเทศ
• คณะกรรมการเศรษฐกิจและการเงิน
• คณะกรรมการดูแลดินแดนใต้อาณัติสันนิบาต (ดูที่ดินแดนใต้อาณัติ)
• คณะกรรมการศึกษาสถานะทางกฎหมายของสตรี ต่อมากลายเป็นคณะกรรมการเพื่อสถานะของสตรี ในสหประชาชาติ
• คณะกรรมการการสื่อสารและคมนาคม มีผลงานจัดตั้งอนุสัญญาเพื่อควบคุมท่าเรือ น่านน้ำ และทางรถไฟ ระหว่างประเทศ
• คณะกรรมการเพื่อความร่วมมือทางปัญญา (ต่อมากลายเป็นองค์การยูเนสโก) ทำหน้าที่ปกป้องทรัพย์สินทางปัญญา สนับสนุนความร่วมมือระหว่างมหาวิทยาลัย การแลกเปลี่ยนวารสารและสิ่งตีพิมพ์ระหว่างประเทศ