เนื่องจากความมหาศาลของงาน ทำให้ไม่สามารถใช้วิธีการภาพพิมพ์ได้ และเป็นที่คาดกันว่ามีการทำสำเนาสารานุกรมหย่งเล่อเพียงชุดเดียวเท่านั้น ใน ค.ศ. 1557 ภายใต้การกำกับของจักรพรรดิเจียจิ้ง สารานุกรมหย่งเล่อได้รับการเก็บรักษาให้รอดพ้นจากการถูกทำลายโดยเพลิงไหม้ซึ่งทำลายพระราชวังไปสามแห่งในพระราชวังต้องห้าม หลังจากนั้น พระองค์จึงโปรดให้มีการทำสำเนาสารานุกรมดังกล่าวเป็นชุดที่สาม

จนถึงปัจจุบัน น้อยกว่า 400 บรรพจากสำเนาทั้งสามชุดเหลือรอดมาจนถึงปัจจุบัน ส่วนต้นฉบับนั้นหายไปจากบันทึกประวัติศาสตร์แล้ว ส่วนสำเนาชุดที่สองนั้นค่อย ๆ เลือนหายไปตามกาลเวลาและสูญหายไปนับตั้งแต่ปลายคริสต์ศตวรรษที่ 18 จนกระทั่งข้อมูลราว 800 บรรพที่ยังหลงเหลืออยู่ถูกไฟเผาเมื่อกองทัพจีนโจมตีสถานทูตอังกฤษ หรือถูกขโมยไปโดยพันธมิตรแปดชาติระหว่างกบฏนักมวย ใน ค.ศ. 1900 ข้อความที่ยังหลงเหลืออยู่นั้นถูกเก็บรักษาไว้ในห้องสมุดและคอลเล็กชั่นของเอกชนทั่วโลก ส่วนที่สมบูรณ์ที่สุดที่ยังคงหลงเหลืออยู่ถูกเก็บรักษาไว้ที่หอสมุดแห่งชาติจีนในปักกิ่ง

ฉบับที่หนังสือ 100 เล่ม ได้รับการตีพิมพ์เป็นภาษาจีนใน ค.ศ. 1962