อะมิกาซินเป็นยาปฏิชีวนะเพียงชนิดเดียวในกลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ที่ได้รับการรับรองจากองค์การและยาของสหรัฐอเมริกาให้ใช้ในสุนัขและการติดเชื้อแบคทีเรียในมดลูกของม้า ทำให้อะมิกาซินเป็นยาปฏิชีวนะที่นิยมใช้กันเป็นอย่างมากในการสัตวแพทย์[34] นอกจากนี้ยังมีการใช้ยานี้ในแมว, หนูตะเภา, ชินชิล่า, แฮมสเตอร์, หนูแรท, หนูไมซ์, แพรรีด็อก, วัว, นก, งู, เต่าและเต่าบก, สัตว์ในอันดับจระเข้, กบอเมริกันบูลฟร็อก, และปลา.[1][35][36] นอกจากนี้ยังมีการใช้อะมิกาซินในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในทางเดินหายใจของงู, bacterial shell disease ในเต่า, และโพรงอากาศอักเสบในมาคอว์ แต่ห้ามใช้ในกระต่ายและกระต่ายแจ็ก เนื่องจากจะทำให้เกิดความผิดปกติของเชื้อจุลินทรีย์ประจำถิ่นในลำไส้ของสัตว์เหล่านี้[1]

สำหรับสุนัขและแมวนั้น มีการใช้อะมิกาซินในรูปแบบยาใช้ภายนอกสำหรับการติดเชื้อแบคทีเรียบริเวณหูและกระจกตาเป็นแผลกันอย่างแพร่หลาย โดยเฉพาะอย่างยิ่ง หากความเจ็บป่วยเหล่านั้นมีสาเหตุมาจากการติดเชื้อ Pseudomonas aeruginosa โดยจำเป็นต้องมีการทำความสะอาดบริเวณหูก่อนที่จะมีการบริหารยา เนื่องจากหนองและเศษซากของเซลล์ที่ตายแล้วนั้นจะทำให้ได้รับผลการรักษาจากอะมิกาซินน้อยลง[34] ในกรณีการติดเชื้อแบคทีเรียที่ตาของสัตว์เหล่านี้นั้น จะใช้อะมิกาซินในรูปแบบยาขี้ผึ้ง หรือยาหยอด หรือการฉีดเข้าใต้เยื่อบุตา (Subconjunctival injection)[37] ทั้งนี้ การใช้อะมิกาซินสำหรับดวงตานั้นสามารถทดแทนได้ด้วยเซฟาโซลิน เนื่องจากอะมิกาซิน (รวมถึงยาอื่นในกลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์) นั้นเป็นพิษต่ออวัยวะในดวงตา[38]

การใช้อะมิกาซินในม้านั้น องค์การอาหารและยาของสหรัฐอเมริกาได้รับรองให้ใช้ยานี้สำหรับการติดเชื้อแบคทีเรียในมดลูก (เช่น โรคเยื่อบุโพรงมดลูกเจริญผิดที่ และมดลูกอักเสบ) ในกรณีที่เชื้อสาเหตุยังมีความไวต่อยานี้เท่านั้น[39] นอกจากนี้ยังมีการใช้ยานี้ในรูปแบบยาใช้ภายนอกหรือยาใช้เฉพาะที่สำหรับการติดเชื้อแบคทีเรียที่ดวงตาและการส่องกล้องล้างข้อ (arthroscopic lavage) และอาจมีการใช้ร่วมกับยากลุ่มเซฟาโลสปอรินในการรักษาการติดเชื้อที่ผิวหนังที่มีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรียสกุลสแตฟฟิโลคอคคัส ในกรณีการติดเชื้อที่แขน–ขา หรือข้อ มักมีการใช้อะมิกาซินร่วมกับยากลุ่มเซฟาโลสปอรินในรูปแบบการฉีดเข้าบริเวณที่มีการติดเชื้อโดยตรง[34][40] นอกจากนี้แล้ว ยังมีการใช้อะมิกาซินฉีดเข้าสู่ข้อพร้อมกับยาต้านการอักเสบของข้อที่มีชื่อว่า พอลีซัลเฟต ไกลโคซามิโนไกลแคน (Polysulfated glycosaminoglycan – ชื่อการค้า คือ Adequan) เพื่อเป็นการป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรียแทรกซ้อน[41]

อาการไม่พึงประสงค์จากอะมิกาซินที่อาจเกิดขึ้นได้กับสัตว์ ได้แก่ การเกิดพิษต่อไต, การเกิดพิษต่อหู, และเกิดปฏิกิริยาการแพ้บริเวณที่ฉีด เป็นต้น โดยในแมวจะมีความเสี่ยงต่อการเกิดพิษต่อระบบการทรงตัวเป็นอย่างมาก อาการไม่พึงประสงค์อื่นที่อาจเกิดขึ้นได้บ้าง ได้แก่ กล้ามเนื้ออ่อนแรง, ภาวะบวมน้ำที่หน้า, และปลายประสาทอักเสบ[1][34] ทั้งนี้ ค่าครึ่งชีวิตของอะมิกาซินในสัตว์นั้นมีค่าประมาณ 1–2 ชั่วโมง[42]

การรักษาในกรณีที่ได้รับยานี้เกินขนาดสามารถทำได้โดยการชำระเลือดผ่านเยื่อ หรือการชำระทางช่องท้อง ซึ่งจะช่วยลดระดับความเข้มข้นของอะมิกาซิน และ/หรือเพนิซิลลิน ซึ่งเพนิซิลลินบางส่วนจะจับกับอะมิกาซินเป็นสารประกอบเชิงซ้อนและทำให้อะมิกาซินไม่สามารถออกฤทธิ์ได้[1]