เป็นที่คาดการณ์กันไว้ว่าอะมิกาซินสามารถถูกทำให้หมดฤทธิ์ได้โดยยาอื่นในกลุ่มแบตาแลคแตม แต่ยาอื่นในกลุ่มนี้กลับไม่ได้รับผลดังกล่าวจากยาในกลุ่มแบตาแลคแตม และยังมีการใช้ร่วมกับเพนิซิลลินอยู่บ่อยครั้ง เพื่อเสริมฤทธิ์ในการต้านเชื้อแบคทีเรีย รวมไปถึงการใช้ร่วมกับคาร์บาพีเนมเพื่อเสริมฤทธิ์ในการต้านเชื้อแบคทีเรียแกรมบวกบางสายพันธุ์ ส่วนเซฟาโลสปอรินซึ่งเป็นอีกกลุ่มย่อยหนึ่งกลุ่มแบตาแลคแตม สามารถเพิ่มความเป็นพิษต่อไตของยากลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ได้ รวมถึงการเพิ่มขึ้นของระดับครีอะตินีนในกระแสเลือดได้ ส่วนยาปฏิชีวนะอื่นอย่างคลอแรมเฟนิคอล, คลินดามัยซิน, และเตตราไซคลีน นั้นจะมีผลทำให้ยากลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์หมดฤทธิ์ไป โดยการออกฤทธิ์ต้านกันทางเภสัชวิทยา[2]

ทั้งนี้ ฤทธิ์ของอะมิกาซินจะเพิ่มขึ้นเมื่อใช้ร่วมกับยาที่ได้มากจากชีวพิษโบทูลินัม,[12] ยาชา, ยาหย่อนกล้ามเนื้อ, หรือการได้รับเลือดที่มีส่วนผสมของซิเตรทในขนาดสูง ซึ่งนิยมใช้เป็นสารที่ป้องกันการแข็งตัวของเลือด[2]

นอกจากนี้ ยาขับปัสสาวะที่ออกฤทธิ์ซึ่งโดยปกติก็อาจทำให้เกิดพิษต่อหูได้โดยปกติอยู่แล้ว หากนำมาใช้ร่วมกับอะมิกาซินจะทำให้ระดับความเข้มข้นของอะมิกาซินในเลือดและเนื้อเยื่อเพิ่มสูงขึ้น ทำให้เกิดการเป็นพิษต่อหูมากยิ่งขึ้น[2] นอกจากนั้น ควินิดีนก็เป็นยาอีกชนิดหนึ่งที่สามารถเพิ่มความเข้มข้นของอะมิกาซินในร่างกายได้[12] ยาแก้อักเสบชนิดไม่ใช่สเตอรอยด์บางชนิดอย่าง อินโดเมตทาซิน สามารถเพิ่มความเข้มข้นของยากลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ในกระแสเลือดของทารกที่คลอดก่อนกำหนดได้[2] สารทึบรังสีอย่างอิโอเวอร์ซอล สามารถเพิ่มความเป็นพิษต่อไตและหูของอะมิกาซินได้[12] ในทางตรงกันข้าม อะมิกาซินสามารถลดผลของวัคซีนบางชนิดได้ เช่น วัคซีนบาซิลลัสกาลแม็ต-เกแร็ง (สำหรับวัณโรค), วัคซีนอหิวาตกโรค, และวัคซีนไทฟอยด์ โดยการต้านฤทธิ์กันทางเภสัชวิทยา[12]