ในกลุ่มที่มีประวัติการแพ้ต่อยากลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ชนิดใดๆ ควรหลีกเลี่ยงการใช้อะมิกาซินในการรักษา เนื่องจากอาจเกิดปฏิกิริยาการแพ้ยาข้ามชนิดได้ นอกจากนี้ ผู้ที่มีความไวต่อซัลไฟต์มากกว่าปกติ ซึ่งส่วนใหญ่พบในผู้ป่วยโรคหอบหืด ซึ่งก็ควรหลีกเลี่ยงการใช้ยานี้เช่นกัน[9] เนื่องจากในส่วนผสมของเภสัชภัณฑ์ของอะมิกาซินส่วนใหญ่นั้นมักมีส่วนผสมของโซเดียมเมทาไบซัลไฟต์รวมอยู่ด้วย[2]

โดยปกติแล้ว ไม่ควรบริหารยาอะมิกาซิน ร่วมกับ หรือก่อน หรือหลัง ยาอื่นที่ทำให้เกิดพิษต่อไต ระบบประสาท และหู เช่นเดียวกับอะมิกาซิน ซึ่งยาเหล่านั้นได้แก่ ยากลุ่มอะมิโนไกลโคไซด์ทุกชนิด, อะไซโคลเวียร์, แอมโฟเทอริซินบี, แบซิทราซิน, คาพรีโอไมซิน, โคลิสติน, โพลีมิกซิน บี, แวนโคมัยซิน, และซิสพลาติน[2] รวมถึงการห้ามใช้ร่วมกับยาหย่อนกล้ามเนื้อ (Neuromuscular Blocking Agents) เนื่องจากจะทำให้เกิดภาวะกล้ามเนื้ออ่อนแรง และเป็นอัมพาตได้[2]