ในราว 30 ปีมานี้มีนักวิชาการบางกลุ่มเคยเข้าใจผิดพลาดเกี่ยวกับอาณาจักรโคตรบูรหลายประเด็น นักวิชาการบางกลุ่มเคยเข้าใจว่ากลุ่มอารยธรรมของอาณาจักรโคตรบูรเป็นอันเดียวกันกับอารยธรรมของอาณาจักรทวารวดีและตกอยู่ภายใต้อิทธิพลทางศิลปกรรมของอาณาจักรทวารวดี แต่จากการตรวจสอบหลักฐานทางโบราณคดีและหลักฐานทางเอกสารโดยเฉพาะคัมภีร์ท้องถิ่นของอีสานและลาวกลับพบว่า อาณาจักรทวารวดีเคยตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของอาณาจักรสาเกตนครในแถบลุ่มน้ำชี-มูล ซึ่งอาณาจักรสาเกตนครเป็นอาณาจักรที่ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของอาณาจักรโคตรบูร ดังนั้นอารยธรรมในแถบอีสานตอนกลาง อีสานใต้และแอ่งโคราชจึงน่าจะได้รับอิทธิพลจากอารยธรรมบริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำโขงมากกว่าลุ่มน้ำเจ้าพระยา จากนั้นจึงพัฒนาไปเป็นอารยธรรมแถบรอยต่อของแอ่งโคราชกับลุ่มน้ำเจ้าพระยา และจากการตรวจสอบยุครอยต่อทางอารยธรรมของเมืองโบราณและแหล่งขุดค้นทางโบราณคดีสมัยอาณาจักรโคตรบูรทั่วภาคอีสานและลาว มักค้นพบอารยธรรมประเภทที่ยังไม่ได้รับอิทธิพลจากอินเดียสมัยราชวงศ์คุปตะและหลังคุปตะซ้อนอยู่ในตัวเมืองโบราณและรอบอาณาบริเวณเหล่านั้น ซึ่งได้แก่ หลักหินหรือหินตั้ง ฆ้องบั้ง กลองกบ ตั่งหินหรือหินสลักลายดาวหรือดวงตะวัน ไหดินเผาเขียนลายขด เป็นต้น จึงทำให้เชื่อแน่ว่าอาณาจักรโคตรบูรถือกำเนิดก่อนสมัยพุทธกาล โดยเชื่อมต่อกับอารยธรรมสมัยก่อนประวัติศาสตร์ด้วย อีกทั้งยังมีพัฒนาการการก่อกำเนิดก่อนอาณาจักรทวารวดีในแถบลุ่มน้ำเจ้าพระยาวราว 10-12 พุทธศตวรรษ อย่างไรก็ตาม ยังไม่มีนักวิชาการคนใดออกมากล่าวชี้แจงและนำเสนอถึงความผิดพลาดด้านการศึกษาดังกล่าว