ในเวลานั้น อาร์ชดยุกคาร์ลมีพระชนมายุยี่สิบเศษและไม่ทรงคาดคิดว่าจะได้เป็นรัชทายาทในราชบัลลังก์ โดยเฉพาะขณะที่อาร์ชดยุกฟรันซ์ แฟร์ดีนันด์ ยังมีพระพลานามัยที่สมบูรณ์ แต่เกิดความเปลี่ยนแปลงขึ้นเมื่อวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2457 เมื่อพระองค์และเจ้าหญิงโซฟี พระชายาถูกลอบปลงพระชนม์ที่เมืองซาราเยโว โดยกลุ่มชาตินิยมชาวเซิร์บในแคว้นบอสเนีย อาร์ชดยุกคาร์ลและอาร์ชดัชเชสซีตาทรงทราบข่าวจากโทรเลขในวันเดียวกัน พระองค์ตรัสถึงพระสวามีว่า "แม้ว่าจะเป็นวันที่อากาศแจ่มใส ข้าพเจ้าเห็นพระพักตร์ของพระองค์ซีดขาวในแสงแดด"

การลอบปลงพระชนม์ครั้งนี้ทำให้เกิดสงครามโลกครั้งที่ 1 อาร์ชดยุกคาร์ลทรงได้รับการแต่งตั้งเป็นนายพลแห่งกองทัพออสเตรียบัญชาการกองร้อยที่ 20 เตรียมพร้อมรบในเมืองไทรอล สงครามสร้างความลำบากใจแก่อาร์ชดัชเชสซีตา เนื่องจากพระเชษฐาและพระอนุชาสู้รบในฝ่ายตรงข้ามกัน (เจ้าชายเฟลิกซ์ และเจ้าชายเรอเน่ ทรงเข้าร่วมกองทัพออสเตรีย ในขณะที่เจ้าชายซิกซ์ตัส และเจ้าชายเซเวียร์ ประทับอยู่ในประเทศฝรั่งเศสและเข้าร่วมกองทัพเบลเยียม) นอกจากนี้ ประเทศอิตาลีซึ่งเป็นบ้านเกิดของอาร์ชดัชเชสซีตา ได้เข้าร่วมสงครามต่อต้านออสเตรียในปี พ.ศ. 2458 และเป็นเหตุให้ข่าวลือของอาร์ชดัชเชสซีตา"ที่เป็นอิตาลี" เริ่มเป็นที่ซุบซิบกัน แม้แต่ในช่วงปลายปี พ.ศ. 2460 เค้านท์ออทโท ฟอน เวเดิล ทูตเยอรมันประจำกรุงเวียนนา เขียนจดหมายไปยังราชสำนักในกรุงเบอร์ลินว่า "จักรพรรดินีทรงสืบเชื้อสายมาจากราชวงศ์อิตาลี... ประชาชนไม่เชื่อชาวอิตาลีและเหล่าญาติของพระนางสักเท่าใดนัก"

ตามพระราชโองการของจักรพรรดิฟรันซ์ โยเซฟ อาร์ชดัชเชสซีตาและพระโอรสธิดาเสด็จออกจากพระราชฐานในเมืองเฮ็ทเซ็นดอร์ฟไปประทับในพระราชวังเชินบรุนน์ พระองค์ปฏิบัติพระราชภารกิจอย่างเป็นทางการและไม่เป็นทางการร่วมกับจักรพรรดิเป็นเวลาหลายชั่วโมง ซึ่งพระองค์ตรัสเล่าถึงเรื่องความกลัวต่อเหตุการณ์ในอนาคตแก่อาร์ชดัชเชสซีตา จักรพรรดิฟรันซ์ โยเซฟ เสด็จสวรรคตด้วยโรคหลอดพระวาโยอักเสบและพระปัปผาสะบวมเมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2459 ขณะมีพระชนมพรรษา 86 พรรษา อาร์ชดัชเชสซีตาทรงเล่าในภายหลังว่า "ข้าพเจ้าจำรูปร่างพ่วงพีของเจ้าชายล็อบโควิตซ์ก้าวเข้ามาหาสวามีของข้าพเจ้า และด้วยน้ำตาที่เอ่อเต็มสองตา ได้ทำสัญลักษณ์รูปไม้กางเขนบนหน้าผากของคาร์ล แล้วพูดว่า 'ขอพระผู้เป็นเจ้าโปรดประทานพรแก่ฝ่าพระบาท' นับเป็นครั้งแรกที่ได้ยินการใช้พระอิสริยยศกษัตริย์กับเราทั้งสอง"