เจ้าหญิงซีตาแห่งบูร์บง-ปาร์มาประสูติเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2435 ณ วิลลาปีอานอเร่ เมืองลุกก้า ประเทศอิตาลี พระนามว่า ซีตา (Zita) ตั้งตามชื่อของนักบุญซีตาผู้โด่งดัง ซึ่งอาศัยอยู่ในแคว้นทัสคานีสมัยคริสต์ศตวรรษที่ 13 พระองค์เป็นพระธิดาพระองค์ที่สามและพระองค์ที่ห้าในดยุกโรเบิร์ตที่ 1 แห่งปาร์มา กับ เจ้าหญิงมาเรีย อันโตเนียแห่งโปรตุเกส พระชายาพระองค์ที่สอง ซึ่งเป็นพระธิดาในพระเจ้ามีแกลแห่งโปรตุเกส และเจ้าหญิงอเดเลดแห่งโลเวนสไตน์-เวิร์ทเฮล์ม-โรเซนเบิร์ก พระบิดาของเจ้าหญิงซีตาทรงถูกขับออกจากราชบัลลังก์เมื่อทรงพระเยาว์ เนื่องจากความเคลื่อนไหวในการรวมประเทศอิตาลีเป็นหนึ่งเดียวเมื่อปี พ.ศ. 2402 พระองค์ทรงเป็นบิดาของพระโอรสและธิดา 12 พระองค์จากการอภิเษกสมรสครั้งแรกกับเจ้าหญิงมาเรีย ปีอาแห่งราชอาณาจักรซิซิลีทั้งสอง (หกพระองค์ทรงมีปัญหาพัฒนาการทางด้านจิตใจและสามพระองค์สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังทรงพระเยาว์) ดยุกโรเบิร์ตทรงเป็นม่ายในปี พ.ศ. 2425 และอีกสองปีต่อมาทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงมาเรีย อันโตเนียแห่งโปรตุเกส พระมารดาในเจ้าหญิงซีตา การอภิเษกสมรสครั้งที่สองนี้ได้ให้กำเนิดพระโอรสและธิดาเพิ่มอีก 12 พระองค์ โดยเจ้าหญิงซีตาเป็นพระธิดาพระองค์ที่ 17 ในจำนวนพระโอรสธิดาจำนวนทั้งหมด 24 พระองค์ของดยุกโรเบิร์ต พระองค์และครอบครัวเสด็จแปรพระราชฐานประทับทั้งที่วิลลาปีอานอเร่ (อยู่ระหว่างเมืองปิเอตราซานตาและเมืองวีอาเรจจีโอ) และปราสาทชวาร์เซา ทางตอนใต้ของออสเตรีย เจ้าหญิงซีตาทรงเจริญพระชนม์ในพระราชฐานทั้งสองแห่งนี้ ครอบครัวของเจ้าหญิงประทับในออสเตรียเป็นส่วนใหญ่และจะย้ายไปประทับที่เมืองปีอานอเร่ในช่วงฤดูหนาวและกลับมาในฤดูร้อน ในการเดินทางจะต้องใช้รถไฟขบวนพิเศษที่มีจำนวนสิบหกตู้เพื่อรองรับสมาชิกในครอบครัวและสิ่งของเครื่องใช้ของทุกพระองค์ได้ทั้งหมด

เจ้าหญิงซีตาและพระเชษฐา พระเชษฐภคินี พระอนุชาและพระขนิษฐาได้รับการอภิบาลให้ตรัสภาษาอิตาลี ภาษาฝรั่งเศส ภาษาเยอรมัน ภาษาสเปน ภาษาโปรตุเกส และภาษาอังกฤษ พระองค์ทรงเล่าว่า "พวกเราเติบโตมาแบบนานาชาติ เสด็จพ่อคิดว่าท่านเป็นฝรั่งเศสอย่างแรกเลย พระองค์ทรงประทับอยู่กับพวกพี่ๆ ที่เมืองชอมบอร์ด พระราชฐานริมแม่น้ำลัวร์ ข้าพเจ้าเคยถามเสด็จพ่อครั้งหนึ่งว่าพวกเราจะแนะนำตัวเองอย่างไรดี ท่านตอบว่า 'พวกเราเป็นเจ้านายชาวฝรั่งเศสซึ่งปกครองดินแดนในอิตาลี' อันที่จริงแล้ว มีเพียงข้าพเจ้าและพี่น้องอีกสองคนที่เกิดในอิตาลี"

เมื่อมีพระชนมายุสิบพรรษา เจ้าหญิงซีตาทรงเข้ารับการศึกษาที่โรงเรียนประจำแห่งหนึ่งในเมืองซานแบร์ก แคว้นบาวาเรีย ประเทศเยอรมนี ซึ่งเน้นการศึกษาและการสอนศาสนาที่เคร่งครัด พระองค์ต้องเสด็จกลับพระราชฐานอย่างกะทันหันในฤดูใบไม้ร่วงของปี พ.ศ. 2450 อันเนื่องจากการสิ้นพระชนม์ของพระบิดา พระอัยกาจึงส่งพระองค์และเจ้าหญิงฟรันซิสก้า พระเชษฐภคินีไปประทับในสำนักชีบนเกาะไว้ท์ ประเทศอังกฤษ จนจบการศึกษา เหล่าพระโอรสธิดาในราชวงศ์ซึ่งเป็นคาทอลิกที่เคร่งครัด ทรงปฏิบัติพระกรณียกิจนานัปการแก่คนยากจน ส่วนในเมืองชวาร์เซา ครอบครัวของเจ้าหญิงซีตาได้นำผ้าที่เหลือมาทำฉลองพระองค์ พระองค์และเจ้าหญิงฟรันซิสก้าทรงแจกจ่ายอาหาร เสื้อผ้าและยารักษาโรคแก่ผู้ตกทุกข์ได้ยากในเมืองปือานอเร่ พระเชษฐภคินีสามพระองค์ทรงเป็นแม่ชี และครั้งหนึ่งพระองค์ทรงเคยคิดที่จะดำเนินรอยตาม แต่ด้วยพระพลานามัยที่ไม่ค่อยแข็งแรง พระองค์จึงทรงเข้ารับการรักษาแบบดั้งเดิมในสปาของทวีปยุโรปเป็นเวลาสองปี