พระราชวงศ์ออสเตรีย-ฮังการี ณ ประเทศเยอรมนี ยืนจากซ้ายไปขวา: อาร์ชดยุกคาร์ล ลุดวิก, รูดอล์ฟ และ โรเบิร์ต แถวกลาง: อเดลเลด เอลิซาเบธ และ ชาร์ลอต และอาร์ชดยุกเฟลิกซ์ ส่วนแถวหน้าสุด: จักรพรรดินีซีตา และ จักรพรรดิออทโทที่ 1 แห่งออสเตรีย

หลังจากการฉลองวันประสูติครบรอบ 90 พรรษา พระองค์ทรงเป็นที่รักของพระราชวงศ์ทั่วไป แต่สุขภาพที่แข็งแรงของพระองค์เริ่มไม่สู้ดีแล้ว ซึ่งขณะนั้น พระราชวงศ์จัดงานฉลองวันประสูติครบรอบ 95 พรรษาที่เมืองซีเซอร์ ประเทศออสเตรีย คณะแพทย์ได้แจ้งว่า จักรพรรดินีทรงเริ่มเป็นโรคปอดบวม โดยเป็นเชื้อโรคสะสมในร่างกายของพระองค์ตั้งแต่ลี้ภัยอยู่ในเกาะมาไดร่าแล้ว ก่อนที่พระองค์จะสิ้นพระชนม์ พระราชวงศ์ทั้งหมดได้เสด็จเข้ามาเฝ้าพระอาการเรื่อยมา จวบจนวาระสุดท้ายของพระชนม์ชีพ จักรพรรดินีซีตาทรงสิ้นพระชนม์ ณ วันที่14 มีนาคม พ.ศ. 2532 สิริอายุได้ 97 พรรษา ถือว่าเป็นพระราชวงศ์ที่พระชนม์ชีพยืนยาวที่สุด...

งานพระศพถูกจัดขึ้นอย่างสมพระเกียรติในกรุงเวียนนา ในวันที่ 1 เมษายน โดยรัฐบาลได้เข้ามาช่วยในการจัดพระราชพิธีศพด้วย โดยมีพระราชวงศ์อิมพีเรียลออสเตรีย-ฮังการี และ พระราชวงศ์บูร์บง-ปาร์มา เข้ามาร่วมในพระราชพิธีพระศพด้วย พระราชพิธีได้รับความสนใจเป็นอย่างมากของสื่อ โดยเฉพาะการเมือง เพราะอาจเป็นแนวโน้มที่จะเปลี่ยนแปลงการปกครองของประเทศก็เป็นได้ พระศพถูกฝังที่วิหารฮาพส์บวร์ค อิมพีเรียล คริปต์ในกรุงเวียนนา ซึ่งเป็นสถานที่ฝังพระศพพระราชวงศ์ฮาพส์บวร์คมาช้านาน