จักรพรรดิคาร์ลและจักรพรรดินีซีตาทรงทำพีระราชพิธีบรมราชาภิเษกเมื่อวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ. 2459 ณ กรุงบูดาเปสต์ ประเทศฮังการี ต่อจากนั้นมีพิธีพระราชทานเลี้ยงพระกระยาหารฉลองการครองราชสมบัติ แต่ไม่นานงานสังสรรค์ได้สิ้นสุดลง ด้วยสองพระองค์ทรงตระหนักว่าไม่ควรจัดงานเฉลิมฉลองอย่างเอิกเกริกในช่วงสงครามอันเลวร้าย เมื่อเริ่มต้นรัชกาลแล้ว จักรพรรดิคาร์ลไม่ได้เสด็จออกนอกกกรุงเวียนนาบ่อยนัก จึงได้มีรับสั่งให้ติดตั้งสายโทรศัพท์จากเมืองบาเดิน (ซึ่งเป็นที่ตั้งของกองบัญชาการทหารในพระองค์) มายังพระราชวังฮอฟบูร์ก พระองค์ทรงโทรศัพท์หาพระจักรพรรดินีซีตาหลายครั้งเมื่อใดที่ประทับห่างไกลกัน จักรพรรดินีทรงมีอิทธิพลต่อพระราชสวามีอยู่บ้างและมีโอกาสร่วมในการเข้าเฝ้าของอัครมหาเสนาบดีหรือการประชุมทางการทหารอย่างไม่โจ่งแจ้งมากนัก และพระองค์ยังทรงมีความสนพระทัยในนโยบายด้านสังคมเป็นพิเศษ แต่อย่างไรก็ตาม เรื่องของกิจการทหารยกให้เป็นสิทธิของจักรพรรดิคาร์ลแต่เพียงผู้เดียว ด้วยความแข็งขันและแน่วแน่ พระองค์ได้โดยเสด็จพระราชสวามีไปยังมณฑลต่างๆ และแนวรบ รวมทั้งอุทิศพระวรกายให้กับพระราชกรณียกิจการกุศลและการเสด็จเยี่ยมโรงพยาบาลของผู้ได้รับบาดเจ็บจากสงคราม

กรณีซิกซ์ตัส

ในขณะนี้ สงครามโลกได้ก้าวย่างเข้าสู่ปีที่สี่ และเจ้าชายซิกซ์ตัส พระเชษฐาในจักรพรรดินีซีตา ซึ่งร่วมรบในกองทัพเบลเยียม เป็นผู้เสนอญัตติสำคัญเบื้องหลังแผนการให้จักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการีสร้างสันติภาพกับฝรั่งเศส จักรพรรดิคาร์ลทรงเริ่มติดต่อกับเจ้าชายซิกซ์ตัสผ่านทางเส้นสายในประเทศสวิตเซอร์แลนด์ที่เป็นกลาง และจักรพรรดินีซีตามีพระราชหัตถเลขาเชิญพระเชษฐามายังกรุงเวียนนา โดยมีเจ้าหญิงมาเรีย อันโตเนีย พระมารดาเป็นผู้ส่งจดหมายให้ด้วยพระองค์เอง

เจ้าชายซิกซ์ตัสเสด็จมาพร้อมด้วยเงื่อนไขที่เห็นชอบจากประเทศฝรั่งเศสเพื่อการเจรจา เช่น การคืนเมืองอัลซาสและลอร์แรนให้กับฝรั่งเศส (ซึ่งผนวกกับประเทศเยอรมนีภายหลังจากสงครามฝรั่งเศส-ปรัสเซียเมื่อปี พ.ศ. 2413) การคืนเอกราชให้กับประเทศเบลเยียม และราชอาณาจักรเซอร์เบีย และการมอบเมืองคอนสแตนติโนเปิลให้แก่ประเทศรัสเซีย จักรพรรดิคาร์ลทรงเห็นชอบด้วยในหลักการกับประเด็นสามข้อแรกและมีพระราชหัตถเลขาถึงเจ้าชายซิกซ์ตัสลงวันที่ 25 มีนาคม พ.ศ. 2460 ให้แจ้ง "ข้อความที่เป็นความลับและไม่เป็นทางการซึ่งเราจะดำเนินการทุกวิถีทางและอิทธิพลของเราเองทั้งหมด" แก่ประธานาธิบดีแห่งฝรั่งเศส ในที่สุดความพยายามในการทูตระดับพระราชวงศ์ไม่ประสบผลสำเร็จ ประเทศเยอรมนีปฏิเสธการเจรจาเรื่องดินแดนอัลซาสและลอร์แรน และลังเลที่จะยุติสงครามเมื่อเห็นว่าการล่มสลายของจักรวรรดิรัสเซียรออยู่ตรงหน้า เจ้าซิกซ์ตัสทรงพยายามต่อไป โดยเข้าพบกับนายลอยด์ จอร์จ นายกรัฐมนตรีอังกฤษในกรุงลอนดอน เกี่ยวกับเรื่องความต้องการดินแดนออสเตรียของประเทศอิตาลีตามสนธิสัญญาลอนดอน แต่นายกรัฐมนตรีอังกฤษไม่สามารถโน้มน้าวให้นายทหารอังกฤษสร้างสันติภาพกับออสเตรียได้ จักรพรรดินีซีตาสามารถสร้างความสำเร็จด้วยพระองค์เองในช่วงเวลานี้ โดยหยุดยั้งแผนการของเยอรมันที่จะส่งเครื่องบินไปทิ้งระเบิดยังพระราชฐานของสมเด็จพระราชาธิบดีและสมเด็จพระราชินีแห่งเบลเยียมในวันเฉลิมพระนามของทั้งสองพระองค์

ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2461 หลังจากการลงนามสนธิสัญญาเบรสต์-ลิทอฟสก์ระหว่างเยอรมนีกับรัสเซีย เค้านท์ออทโทคาร์ แซร์นิน รัฐมนตรีต่างประเทศของออสเตรียได้กล่าวปราศรัยโจมตีนายจอร์จ เคลม็องโซ นายกรัฐมนตรีของฝรั่งเศสที่กำลังเข้ามาร่วมประชุมว่าเป็นอุปสรรคสำคัญในการสร้างสันติภาพระหว่างฝ่ายมหาอำนาจกลาง นายเคลม็องโซรู้สึกโมโหอย่างมากและได้นำจดหมายลงวันที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2460 ของจักรพรรดิคาร์ล ที่ค้นเจอออกมาตีพิมพ์ ในไม่ช้า พระชนม์ชีพของเจ้าชายซิกซ์ตัสดูเหมือนจะตกอยู่ในอันตรายและเกิดความกลัวกันว่าเยอรมนีอาจจะเข้ายึดครองออสเตรีย เค้านท์แซร์นินได้เร่งให้จักรพรรดิส่ง "คำมั่นสัญญา" ไปยังเหล่าพันธมิตรของออสเตรียว่า เจ้าชายซิกซ์ตัสมิได้ทรงรับพระบรมราชานุญาตให้แสดงจดหมายฉบับนั้นต่อรัฐบาลฝรั่งเศส ไม่มีการกล่าวถึงประเทศเบลเยียมเลย และนายเคลม็องได้โกหกการพูดถึงเรื่องดินแดนอัลซาส เค้านท์แซร์นินได้ติดต่อกับสถานทูตเยอรมันมาโดยตลอดระยะที่เกิดวิกฤตการณ์ครั้งนี้ และพยายามโน้มน้าวให้จักรพรรดิสละราชสมบัติเนื่องจากเรื่องที่เกิดขึ้น แต่ก็ไม่ประสบผลสำเร็จ เขาจึงได้ลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรีต่างประเทศไป

จุดจบของจักรวรรดิ

ในชาวงเวลานี้ สงครามโลกครั้งที่ 1 กำลังจะสิ้นสุดลงกับจักรพรรดิที่ทรงพร้อมรบ สหภาพคณะมนตรีเช็กได้สาบานตนในการตั้งเป็นรัฐเอกราชเชคโกสโลวัก ภายใตัจักรวรรดิฮาพส์บวร์คเมื่อวันที่ 13 เมษายน พ.ศ. 2461 แต่กองทัพเยอรมันยังคงแสดงแสนยานุภาพก่อความรุนแรงในสงครามอาเมียงส์ และเมื่อวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2461 สมเด็จพระราชาธิบดีแฟร์ดีนันด์ที่ 1 แห่งบัลแกเรีย ได้แยกตัวออกจากพันธมิตรในฝ่ายมหาอำนาจกลางและฟ้องร้องเพื่อสันติภาพด้วยตนเอง จักรพรรดินีซีตาประทับอยู่กับจักรพรรดิคาร์ลเมื่อทรงได้รับโทรเลขเรื่องการล่มสลายของราชอาณาจักรบัลแกเรีย พระองค์ทรงเล่าว่า "ทำให้มีความเร่งด่วนมากขึ้นในการเจรจาเพื่อสันติภาพกับมหาอำนาจตะวันตกในขณะที่ยังมีเรื่องให้เจรจากันอยู่" ในวันที่ 16 ตุลาคม จักรพรรดิทรงออก "แถลงการณ์ประชาชน" เสนอให้มีการปรับโครงสร้างจักรวรรดิบนแนวทางตามแบบสหพันธรัฐโดยแต่ละเชื้อชาติจะมีรัฐเป็นของตนเอง แต่แต่ละประเทศพยายามแยกตัวออกไปและจักรวรรดิจึงล่มสลายโดยสิ้นเชิง

เมื่อทรงปล่อยให้พระราชโอรสธิดาอยู่ทีพระราชวังเกอเดลโล ประเทศฮังการีแล้ว จักรพรรดิคาร์ลและจักรพรรดินีซีตาเสด็จพระราชดำเนินไปยังพระราชวังเชินบรุนน์ ในเวลานี้รัฐมนตรีๆ ต่างได้รับการแต่งตั้งโดยรัฐใหม่ "เยอรมัน-ออสเตรีย" และในวันที่ 11 พฤศจิกายน คณะรัฐมนตรีพร้อมกับโฆษกประจำองค์จักรพรรดิได้เตรียมแถลงการณ์เพื่อให้พระองค์ลงพระปรมาภิไธย เมื่อทอดพระเนตรเห็นครั้งแรก จักรพรรดินีซีตาเข้าพระทัยว่าเป็นแถลงการณ์เพื่อสละราชสมบัติและมีพระราชดำรัสอันเป็นที่เลื่องลือว่า "พระประมุขจะสละราชสมบัติไม่ได้ พระองค์อาจถูกปลดออกราชสมบัติได้... ไม่เป็นไร เพราะเป็นอำนาจบังคับ แต่จะให้สละราชสมบัติอย่างนั่นหรือ ไม่มีวัน ไม่มีวัน ไม่มีวันอย่างเด็ดขาด ข้าพเจ้าจะยอมตายข้างพวกท่านเสียดีกว่า แล้วก็ยังคงมีออทโทอยู๋อีก หากพวกท่านสังหารพวกเราทั้งหมด จะยังคงมีสมาชิกราชวงศ์ฮาพส์บวร์คคนอื่นเหลืออยู่ดี" จักรพรรดิพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ตีพิมพ์เอกสารเผยแพร่สู่สาธารณชน และพระองค์พร้อมทั้งครอบครัวและข้าราชบริพารในราชสำนักเสด็จออกจากตำหนักล่าสัตว์ในเมืองเอ็กคาร์ทเซา ซึ่งใกล้กับชายแดนประเทศฮังการีและสโลวาเกีย หลังจากนั้นได้มีการประกาศก่อตั้งสาธารณรัฐเยอรมัน-ออสเตรียในวันต่อมา