หลังจากการเสด็จสวรรคตของจักรพรรดิคาร์ล อดีตราชวงศ์ออสเตรียจะต้องย้ายอีกครั้งในไม่ช้า สมเด็จพระราชาธิบดีอัลฟองโซที่ 13 แห่งสเปนได้พยายามติดต่อกระทรวงการต่างประเทศของอังกฤษผ่านทางเอกอัครราชทูตสเปนในกรุงลอนดอน ซึ่งอนุญาตให้จักรพรรดินีซีตาและพระโอรสธิดาเจ็ดพระองค์ (จะเป็นแปดในอีกไม่นาน) ประทับในประเทศสเปนได้ สมเด็จพระราชาธิบดีอัลฟองโซทรงส่งเรือบรบหลวง Infanta Isabel ไปยังเมืองฟุงเฌาเพื่อรับทุกพระองค์มายังเมืองคาดิซ เมื่อมาถึงแล้วได้เสด็จไปยังพระราชวังปาร์โดในกรุงมาดริด ซึ่งอีกต่อมาไม่นานจักรพรรดินีซีตาได้ประสูติพระราชธิดาพระองค์สุดท้ายคือ อาร์ชดัชเชสเอลิซาเบธ สมเด็จพระราชาธิบดีอัลฟองโซที่ 13 พระราชทานพระราชวังอูรีบารเร็นในเมืองเลกิติโอบนอ่าวบิสเคย์ให้เป็นที่ลี้ภัยแก่พระญาติในราชวงศ์ฮาพส์บวร์ค สรังความซาบซึ้งแก่จักรพรรดินีซีตาซึ่งไม่ประสงค์จะเป็นภาระอันหนักอึ้งแก่ประเทศที่ให้ที่หลบภัยแก่พระองค์ จักรพรรดินีประทับอยู่ในเมืองเลกิติโออีกเป็นระยะเวลาหกปี และได้เริ่มต้นการเลี้ยงดูและให้การศึกษาแก่พระโอรสธิดาอย่างเต็มที่ ทุกพระองค์ดำรงพระชนม์ชีพด้วยการเงินที่จำกัด โดยมีรายได้หลักจากทรัพย์สินส่วนพระองค์ในออสเตรีย ไร้องุ่นในเมืองโยฮันนิสแบร์ก และเงินที่เรี่ยไรได้ด้วยความสมัครใจ แต่ส่วนสมาชิกในราชวงศ์ฮาพส์บวร์คที่ลี้ภัยพระองค์อื่นๆ อ้างสิทธิในเงินจำนวนมาก และมีการยื่นคำร้องขอความช่วยเหลือจากอดีตข้าราชการในราชสำนักด้วย

การย้ายไปเบลเยียม

ในปี พ.ศ. 2472 พระโอรสธิดาหลายพระองค์เจริญพระชนมายุใกล้จะเข้ามหาวิทยาลัยและครอบครัวได้พยายามจะย้ายไปประทับที่อื่นซึงมีบรรยากาศทางการศึกษาที่น่าอภิรมย์มากกว่าสเปน ในเดือนกันยายนปีนั้น ทุกพระองค์ทรงย้ายไปประทับที่หมู่บ้านแห่งหนึ่งในเมืองสตีน็อคเคอร์ซีล ใกล้กับกรุงบรัสเซลส์ ซึ่งอยู่ไม่ไกลจากสมาชิกหลายพระองค์ในราชวงศ์ จักรพรรดินีซีตายังคงดำเนินการล็อบบี้ทางการเมืองในนามราชวงศ์ฮาพส์บวร์ค แม้แต่หยั่งเชิงสายสัมพันธ์กับมุสโสลินีในประเทศอิตาลี นอกจากนี้ยังมีหนทางในการฟื้นฟูราชวงศ์ฮาพส์บวร์คภายใต้นายกรัฐมนตรีออสเตรียสองคนคือ เอ็งเกลแบร์ต ดอลฟุส และเคิร์ท ชุสชนิก และด้วยการเสด็จเยือนออสเตรียหลายครั้งของมกุฎราชกุมารออทโทอีกด้วย การเริ่มต้นทั้งหมดมีอันต้องสิ้นสุดลงทันทีด้วยการผนวกออสเตรียเป็นส่วนหนึ่งของนาซีเยอรมนีในปี พ.ศ. 2481 ในฐานะผู้ลี้ภัย ราชวงศ์ฮาพส์บวร์คเป็นผู้นำการต่อต้านทหารนาซีในออสเตรีย แต่ก็ไม่ประสบผลสำเร็จเนื่องมาจากความขัดแย้งระหว่างผู้นิยมระบอบกษัตริย์และระบอบสังคมนิยม

การเสด็จหนีไปอเมริกา

หลังจากนาซีเยอรมนีบุกเข้ายึดประเทศเบลเยียมในวันที่ 10 พฤษภาคม พ.ศ. 2483 จักรพรรดินีซีตาและครอบครัวทรงกลายเป็นผู้ลี้ภัยสงคราม ทุกพระองค์ทรงรอดจากการถูกสังหารอย่างฉิวเฉียดจากการโดนระเบิดที่ปราสาทอย่างจังโดยเครื่องบินทิ้งระเบิดของเยอรมันและเสด็จหนีไปยังปราสาทที่ประทับของเจ้าชายซาเวียร์ในเมืองบอสซ์ เมือรัฐบาลที่คบคิดกับฝ่ายศัตรูของนายฟิลิปป์ เปแตงขึ้นมามีอำนาจ สมาชิกราชวงศ์ฮาพส์บวร์คต้องเสด็จไปยังชายแดนเมื่อวันที 18 พฤษภาคม จากนั้นเสด็จต่อไปยังโปรตุเกสซึ่งรัฐบาลสหรัฐได้ออกหนังสือตรวจลงตราให้ออกนอกประเทศในวันที่ 9 กรกฎาคม หลังจากการเดินทางที่เสี่ยงภัย ทุกพระองค์เสด็จถึงนครนิวยอร์กในวันที่ 27 กรกฎาคม และประทับอยู่ในลองไอส์แลนด์ และเมืองนูอาร์ก รัฐนิวเจอร์ซีย์ ในช่วงหนึ่งจักรพรรดินีซีตาและพระโอรสธิดาหลายพระองค์ประทับในฐานะอาคันตุกะระยะยาวที่เมืองซัฟเฟิร์น รัฐนิวยอร์ก