ต้นฉบับของเอกสารได้สูญหายไป และเรื่องราวของการบันทึกใหม่นั้นค่อนข้างซับซ้อน

การเขียนบันทึกจากความรู้ปากเปล่าโบราณในครั้งแรกดูเหมือนจะทำขึ้นในช่วงต้นยุคสากลศักราช จากนั้นข้อความได้รับการแก้ไข, พิจารณ์ และเสร็จสิ้นในศตวรรษที่ 5–6 โดย เถา หงจิ่ง (จีน: 陶弘景; พินอิน: Táo Hóngjǐng) ก่อนที่จะสาบสูญและถูกเขียนขึ้นใหม่ระหว่างศตวรรษที่ 10 ถึงศตวรรษที่ 17 จากส่วนของเอกสารต่าง ๆ ในที่สุดตำรายาฉบับที่รู้จักกันในปัจจุบันก็ได้รับการเผยแพร่

ตำราเฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิง ไม่ได้รับการกล่าวถึงในพงศาวดารฮั่น (漢書 Hànshū) การกล่าวถึงครั้งแรกอยู่ในงานเขียนของแพทย์ลัทธิเต๋า เถา หงจิ่ง[4] (ค.ศ. 456–536) สมัยราชวงศ์เหลียง สำหรับเขาชื่อสถานที่ที่อ้างถึงในหนังสือเล่มที่สี่ของเฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิง "เป็นลักษณะของชื่อที่ราชวงศ์ฮั่นตั้งให้กับเขตการปกครอง" จากข้อสังเกตนี้เขาสรุปได้ว่า[5][N 1] งานชุดนี้ควรเป็นผลงานของแพทย์ในช่วงปลายยุคฮั่น (ค.ศ. 25–220)

ความรู้ทางเภสัชวิทยาที่ถ่ายทอดทางการบอกเล่ามาตั้งแต่สมัยโบราณ ได้รับการรวบรวมและบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษรเป็นครั้งแรก สมมติฐานนี้เสริมด้วยข้อเท็จจริงที่ว่าข้อความที่เต็มไปด้วยสูตรอาหารเพื่อการรักษาสุขภาพที่ดี และการค้นหาความเป็นอมตะนั้นสอดคล้องกับความกังวลของนักเล่นแร่แปรธาตุในลัทธิเต๋าในยุคนั้น

เถา หงจิ่ง กล่าวถึงตำราเกี่ยวกับยาหลายเล่มและฉบับต่าง ๆ ของ เฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิง ที่เขาเรียบเรียงอยู่[4] เขาอ้างถึงผู้เขียนหลายคนก่อนหน้าซึ่งมีส่วนร่วมในการแก้ไขต้นฉบับเก่าของงาน[N 2] สำหรับ เพาล์ อุลริช อุนชุลด์ (เยอรมัน: Paul Ulrich Unschuld) นักประวัติศาสตร์การแพทย์[4] ได้กล่าวว่า "ในขณะนี้เราไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าแท้จริงแล้วว่ามีงานต้นฉบับและงานหรือชุดตำราเฉพาะที่ใช้ชื่อ เฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิง อยู่หรือไม่ เอกสารรวบรวมรายการยาหลายเล่มในสมัยฮั่น มีการใช้ชื่อนี้หรือชื่อที่คล้ายคลึงกัน

เถา หงจิ่ง เองได้ให้ข้อพิจารณ์ในหนังสือเปิ่นจิง (本經) เจ็ดเล่มชื่อ เปิ๋นเฉาจิงจี๋จู้ (本草經集注 Běncǎo jīng jízhù) ซึ่งเป็นการพิจารณ์ตำราเกี่ยวกับเรื่องการแพทย์ มีการแบ่งประเภทใหม่ซึ่งมีพื้นฐานมาจากความเชื่อที่เกี่ยวข้องกับเลข 7 ในจักรวาลวิทยาลัทธิเต๋า เขาเพิ่มวัตถุทางการแพทย์ใหม่ 365 ชนิดเพิ่มจาก 365 ชนิดในตำรารุ่นเก่า โดยเครื่องยา 730 ชนิดนี้แบ่งออกเป็น

1) แร่ธาตุ 2) สมุนไพร 3) ต้นไม้ 4) แมลงและสัตว์

5) ผักและผลไม้ 6) ธัญพืช งานเหล่านี้ปัจจุบันได้สูญหายไปแล้ว

อย่างไรก็ตามความเป็นจริงของข้อมูลนี้ได้รับการยืนยันโดยพงศาวดารสุย《 隋書•經籍志》(Suí shū•jīngjí zhì) ซึ่งเขียนขึ้นไม่กี่ทศวรรษต่อมา[N 3] ซึ่งในบทบรรณานุกรม กล่าวถึงเรื่องทางการแพทย์ของเฉินหนงใน เฉินหนงเปิ๋นเฉ่าซื่อเจียน (神農本草， 四卷 Shénnóng běncǎo, sì juǎn) ซึ่งเป็นตำราสี่ม้วนที่ไม่มีการระบุช่วงเวลาและผู้เขียน และโดยฉบับที่เขียนโดย เถา หงจิ่ง หรือ เฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิง ซึ่งมีเจ็ดม้วน

ส่วนในบรรณานุกรมพงศาวดารถัง《 唐書藝文志》(Táng shū yìwénzhì) พบการระบุถึง เฉินหนงเปิ๋นเฉ่าซานเจียน (神農本草， 三卷 Shénnóng běncǎo, sān juǎn) ซึ่งมีสามม้วน แต่จนกระทั่งถึงสมัยราชวงศ์ซ่ง (ค.ศ. 960–1280) จึงมีความพยายามใหม่ในการรวบรวม เฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิง

นักเขียนชาวจีนคุ้นเคยกับการใช้ผลงานของนักเขียนรุ่นก่อนโดยไม่ได้กล่าวถึงแหล่งที่มาเสมอ แต่บางครั้งก็ใช้หมึกที่มีสีต่างกันเพื่อระบุแหล่งกำเนิดโบราณ การรวบรวมตำรารายการยาจึงสะสมมาหลายศตวรรษ การสร้างงานดั้งเดิมของตำรับยาจีนขึ้นใหม่ ทำโดยใช้การเรียบเรียงผลงานที่แตกต่างกัน[6] ตั้งแต่สมัยถัง, สมัยซ่ง ไปจนถึงหมิงดังนั้นเราจึงสามารถพบผลงานหลักของแพทย์ในยุคถัง ซุนซือเหมี่ยว (孫思邈 Sūn Sīmiǎo) (ค.ศ. 581–682) ในส่วนต่าง ๆ ของตำราเปิ๋นจิ่ง ทุกส่วน

ในทำนองเดียวกันผลงานของแพทย์ในสมัยซ่ง ถัง เซิ่นเวย (唐慎微 Táng Shènwēi) ตำราการแพทย์ฉุกเฉิน จิงสื่อเจิ้งเล่ยเป้ยจี๋เปิ๋นเฉ่า (經史證類備急本草 Jīng shǐ zhèng lèi bèi jí běncǎo) (ค.ศ. 1097～1108) เป็นแหล่งข้อมูลที่มีค่า สำหรับการสร้างและปรับปรุงตำราฉบับใหม่

ในที่สุดผลงานของ หลี่ สือเจิน (李時珍 Lǐ Shízhēn) แพทย์สมุนไพรที่มีชื่อเสียงคือตำรา เปิ๋นเฉ่ากังมู่ (本草綱目 Běncǎo gāngmù) (ค.ศ. 1578) ก็ถูกนำมาใช้เพื่อเป็นส่วนหนึ่งของงานต้นฉบับ การรวบรวมที่เก่าแก่ที่สุดในปัจจุบันคือฉบับของ หลู ฟู่ (盧复 Lú Fù) ในปี ค.ศ. 1616 จากนั้นก็มีของ ซุนซิงเหยี่ยน (孫星衍 Sūnxīngyǎn) ในปี 1799 และ กู้ กวนกวง (顧觀光 Gù Guānguāng) ในปี 1844 ซึ่งมีการเผยแพร่อย่างกว้างขวาง และของ ริสฉิ โมริ (ญี่ปุ่น: 森立之 โรมาจิ: Mori Risshi) ในญี่ปุ่นประมาณปี ค.ศ. 1850

ประเพณีของขงจื๊อในเรื่องการเคารพอำนาจของบรรพชนได้ผลักดันให้นักเขียนชาวจีนต้องเขียนระบุให้ยาวที่สุดเท่าที่จะเป็นไปได้ แม้ว่าจะเป็นตำนานเช่นเดียวกับ เทพกสิกรรมเฉินหนง ในช่วงระหว่าง 2,700 หรือ 2,800 ปีก่อนคริสตกาล ที่พวกเขาไม่ลังเลที่จะอ้างถึง ดังคำกล่าวของขงจื้อ (ในหนังสือ หลวนอวี่ 論語 Lúnyǔ ฉบับที่ 11 บทที่ 19) “หากไม่มีการก้าวย่างตามร่องรอยก็จะไม่มีทางสามารถไปถึงห้องนั้นได้” นักคิดชาวจีนอ้างสิทธิ์ในการสั่งสอนอย่างเปิดเผยและหลีกเลี่ยงสิ่งใดก็ตามที่อาจคล้ายกับความเป็นอิสระทางความคิดอันเป็นที่นิยมของนักปรัชญาชาวยุโรป

ในบรรดาตำราเฉินหนงเปิ๋นเฉ่าจิงฉบับต่าง ๆ ไม่มีผู้เชี่ยวชาญคนใดยืนยันว่าต้นฉบับสืบทอดมากว่าพันปี ในทางกลับกัน หนังสือยังคงมีบทบาทสำคัญในปัจจุบัน เนื่องจากยังคงมีแพทย์แผนจีนใช้ประกอบในงานของตน แม้จะถูกปฏิเสธโดยงานวิชาการทางปรัชญาและโบราณคดีก็ตาม[7]