เนื้อเรื่องของเซนต์เซย์ย่านั้น ในฉบับมังกะสามารถแบ่งออกได้เป็น 3 ภาค ด้วยกัน ได้แก่ ภาคศึก12 ราศีภาคโพเซดอน และภาคฮาเดส แต่ในอนิเมะนั้น ได้เพิ่มภาคอาสการ์ดเข้ามา ซึ่งเป็นภาครอยต่อระหว่าง ภาคศึก 12 ราศีและภาคโพเซดอน และภายหลังได้เพิ่มเนื้อเรื่องต่อออกไปอีกในภาควิญญาณแห่งโกลด์ นอกจากนี้ ยังได้มีการแต่งเนื้อเรื่องเพิ่มขึ้นมาในภายหลังอีกหลายภาคด้วยกัน สำหรับเนื้อเรื่องย่อของภาคต่าง ๆ มีดังนี้

ภาคศึก 12 ราศี (Sanctuary Chapter)

เหล่าบรอนซ์เซนต์ทั้ง 10 คน ที่เข้าร่วมในศึกกาแล็คเซียนวอร์ส

ณ แซงทัวรี่ อาเธน่ากลับมาเกิดใหม่ตามยุคสมัย เคียวโก(แอเรียส ชิออน)จึงจัดการเลือกให้ 1 ในโกลด์เซนต์มาเป็นเคียวโก ซึ่งตัวเต็งคือ ไอโอลอสกับซากะ แต่ซากะที่กลัวถึงอีกบุคลิกในตัวจึงหนีหายสาปสูญไป ทำให้ไอโอลอสเป็นผู้ถูกเลือก แต่ไอโอลอสก็ปฏิเสธ วันหนึ่ง ที่สตาร์ฮิล ซากะไปถามสาเหตุจากเคียวโก จนรู้ว่าเคียวโกเรงกลัวถึงจิตใจชั่วร้ายในตัวซากะ ทำให้ซากะฆ่าเคียวโกกับสวมรอย หวังฆ่าอาเธน่า แต่ไอโอลอสช่วยไว้ทัน แต่ก็ถูกไล่ล่าจนเสียชีวิต ก่อนตายได้ฝากอาเธน่าและชุดคล็อธซาจิทาเรียสไว้กับคิโด มิสึมาสะเป็นผู้ดูแล เนื้อเรื่องหลังจากนั้นของภาคแซงค์ทัวรี อาจจะแบ่งย่อย ๆ ได้เป็น

• ศึกกาแล็คเซียนวอร์ส

เริ่มต้นจากการคัดเลือกเหล่าเด็กกำพร้า 100 คน จากสถานที่ต่างๆ ทั่วประเทศญี่ปุ่น ถูกเกณฑ์ส่งไปฝึกฝนเพื่อให้ได้เป็นเซนต์จากที่ต่างๆ ทั่วโลก ใครที่ฝึกสำเร็จได้เป็นบรอนซ์เซนต์ (Bronze saint) เพียง 10 คนเท่านั้น หลังจากนั้น คิโดะ ซาโอริจึงได้จัดการประลองขึ้นที่ประเทศญี่ปุ่น เรียกว่า "ศึกกาแล็คเซียนวอร์ส" ซึ่งเป็นการประลองระหว่างบรอนซ์เซนต์ทั้ง 10 คน เพื่อหาผู้ชนะที่จะได้ครอบครองชุดคล็อธซาจิทาเรียส ในระหว่างการต่อสู่ระหว่างเหล่าเซนต์นั้น ฟินิกซ์ อิคคิ บรอนซ์เซนต์คนที่ 10 ก็ได้ปรากฏตัวขึ้นมา พร้อมกับเหล่าแบล็คเซนต์ แล้วได้ขโมยชิ้นส่วนของชุดคล็อธซาจิทาเรียสไป ดังนั้น พวกเซย์ย่าจึงมีหน้าที่ที่จะต้องนำชุดคล็อธซาจิททาเรียสกลับคืนมาให้ได้[6]

• การต่อสู้กับแบล็คเซนต์

หลังจากที่แบล็กเซนต์ได้ขโมยเอาชุดคล็อธซาจิททาเรียส พวกเซย์ย่าได้เดินทางไปยังภูเขาไฟฟูจิ ซึ่งเป็นฐานใหม่ของพวกแบล็คเซนต์ที่นำโดยอิคคิ พวกเซย์ย่าสู้ชนะ นำชุดคล็อธซาจิทาเรียสกลับคืนมาได้ หลังจากการต่อสู้นั้น ภูเขาฟูจิก็ได้ถล่มลงมาซึ่งเป็นฝีมือของซิลเวอร์เซนต์ (Silver Saint) ที่ได้รับคำสั่งจากเคียวโกให้มากำจัดพวกเซย์ย่า นั่นเอง แต่พวกเซย์ย่าที่รอดตาย จากความช่วยเหลือของ อาริเอส มู[7]

• การต่อสู้กับซิลเวอร์เซนต์

เคียวโกได้ส่งซิลเวอร์เซนต์มากมายกำจัดพวกเซย์ย่าแต่ล้มเหลวตลอด ซึ่งมีมารีนและไชน่าที่ได้ให้ความช่วยเหลือพวกเซย์ย่าในการต่อสู่ครั้งนี้ด้วย เคียวโกจึงได้ส่งโกลด์เซนต์ (Gold Saint) ไอโอเลีย มากำจัดเซย์ย่า ซึ่งจากการเดินทางมากำจัดเซย์ย่าในครั้งนี้ ทำให้ไอโอเลียได้รู้ความจริงว่าคิโดะ ซาโอรินั้น เป็นร่างจุติของอาเธน่าที่ไอโอลอสได้ช่วยชีวิตไว้เมื่อ 13 ปีก่อนนั่นเอง [8]

• การต่อสู้กับเหล่าโกลด์เซนต์

อาเธน่าตัดสินใจเดินทางไปยังแซงค์ทัวรี่เพื่อเข้าพบเคียวโก แต่อาเธน่าได้ถูกลูกศรทองคำของซิลเวอร์เซนต์ ซาจิตต้า เทรมี่ ปักเข้าที่หัวใจ ซึ่งพวกเซย์ย่าจะต้องบุกเข้าไปยัง 12 ปราสาทแห่งแซงค์ทัวรี่ภายใน 12 ชั่วโมง เพื่อพาเคียวโกมารักษา แต่การจะฝ่าปราสาท 12 ราศี นั้นจะต้องสู้กับเหล่าโกลด์เซนต์ 12 คนเป็นผู้ดูแลประจำแต่ละปราสาท ซึ่งไม่มีใครทำได้ตั้งแต่สมัยเทพนิยาย อย่างไรก็ตาม อาริเอส มู ได้ใช้เวลา 1 ชม.ซ่อมคลอธให้กับแนะนำให้พวกเซย์ย่าปลุกพลังเซเว่นเซนส์ (Seventh Sense) ซึ่งเป็นพลังคอสโมสูงสุดขึ้นมา พวกเซย์ย่าสามารถปลุกพลังเซเว่นเซนส์และผ่านปราสาททั้ง 12 แห่ง กับเอาชนะเคียวโกตัวปลอม (เจมินี่ ซากะ) จนไปถึงเทวสถานอาธีน่าและใช้โล่ที่รูปปั้นอาธีน่ากับใช้แสงสะท้อนไปสาดส่องช่วยชีวิตคิโดะ ซาโอริเอาไว้ได้ กับสาดส้องใส่ตัวซากะเพื่อรักษากับกำจัดจิตใจชั่วร้ายไป ในการต่อสู้ครั้งนี้ทำให้โกลด์เซนต์บางส่วนได้เสียชีวิตไป ได้แก่ เจมินี่ ซากะ, แคนเซอร์ เดธมาสค์, แคปริคอร์น ชูร่า, อควอเรียส คามิว และ พิสซิส อโฟรดิตี้ ส่วนเหล่าโกลด์เซนต์ที่เหลือก็ได้ถวายความจงรักภักดีต่ออาเธน่า กับเรื่องของไอโอลอสพ้นผิดไป[9]

ภาคศึกอัศวินแห่งแอสการ์ด

ภาคศึกอัศวินแห่งแอสการ์ด เป็นเนื้อเรื่องที่แต่งขึ้นมาสำหรับภาคอนิเมะ ไม่มีในมังงะ โดยเนื้อเรื่องเริ่มขึ้นหลังเสร็จสิ้นจากศึก 12 ปราสาทแห่งแซงค์ทัวรี่ โดยโพราลีส ฮิลด้า ผู้ปกครองแคว้นแอสการ์ด ผู้ซึ่งทำหน้าที่เป็นตัวแทนของเทพเจ้าโอดีน ถูกอำนาจของ "แหวนนีเบอลุง" เข้าครอบงำ ซึ่งทำให้ฮิลด้ามีความต้องการที่จะครอบครองแซงค์ทัวรี่และพื้นพิภพทั้งหมด โดยมีก็อดวอริเออร์ทั้ง 7 เป็นผู้คุ้มครอง โดยอาธน่าได้เดินทางมายังแอสการ์ดเนื่องจากรับรู้ถึงสิ่งผิดปกติที่เกิดขึ้น และได้เสียสละตนทำหน้าที่ยับยั้งการละลายของน้ำแข็งขั้วโลก เพื่อช่วยโลกและอาเธน่าพวกเซย์ย่าจึงต้องรวบรวมโอดีนแซฟไฟร์ซึ่งจะได้มาโดยการกำจัดเหล่าก็อดวอริเออร์ทั้ง 7 คน เพื่อนำมาใช้ถอดแหวนนีเบอลุงออกจากนิ้วของฮิลด้าให้ได้ภายในเวลาครึ่งวัน หลังจากที่พวกเซย์ย่าสามารถโค่นก็อดวอริเออร์ทั้ง 7 คนและรวบรวมโอดีนแซฟไฟร์ครบ 7 เม็ดแล้ว เซย์ย่าก็ได้ใช้โอดีนแซฟไฟร์ปลุก "ชุดโอดีนโร้บ" ขึ้นและใช้ดาบของโอดีนโร้บทำลายแหวนนีเบอลุงที่นิ้วของฮิลด้าได้สำเร็จ โดยที่แท้จริงแล้วเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นทั้งหมดนั้นเป็นแผนของเจ้าสมุทรโพเซดอนนั่นเอง[10]

ภาคศึกเจ้าสมุทรโพเซดอน

ด้วยอำนาจของเทพสมุทรโพไซดอนได้ทำให้เกิดฝนตกอย่างหนักจนน้ำท่วมทั่วโลก เพื่อกำจัดมนุษย์ และสร้างยูโธเปียขึ้นปกครองมาใหม่อีกครั้ง เพื่อยุติภัยพิบัติครั้งนี้ อาเธน่าจึงได้เดินทางไปพบโพเซดอนที่วิหารใต้ท้องมหาสมุทร และได้เสียสละตัวเองเข้าไปในเสาเมนเบรดวินเนอร์เพื่อรองรับน้ำฝนจากบนโลกให้มาตกภายในเสานี้เท่านั้น พวกเซย์ย่าที่ฟื้นตัวจากโคม่า ได้คลอธใหม่ที่อาบเลือดโกลด์เซนต์ จึงต้องช่วยอาเธน่าให้ออกมาจากเสาเมนเบรดวินเนอร์ให้ได้ก่อนที่อาธีน่าจะจมน้ำตาย โดยการกำจัดเหล่ามารีเนอร์ทั้ง 7 คน รวมทั้งโค่นเสาค้ำมหาสมุทรที่เหล่ามารีเนอร์คุ้มครองอยู่ด้วย โดยใช้อาวุธของชุดคล็อธไลบร้า พอโค่นมารีเนอร์กับทำลายเสาค้ำมหาสมุทรทั้ง 7 ต้นได้แล้ว จึงบุกเข้าไปยังวิหารโพเซดอนเพื่อทำลายเสาเมนเบรดวินเนอร์ แต่ถูกโพเซดอนขัดขวางไว้ ซึ่งเหล่าโกลด์เซ็นต์ได้ส่งชุดคล็อธซาจิททาเรียส ชุดคล็อธไลบร้า และชุดคล็อธอควอเรียสมาช่วยเหลือ พวกเซย์ย่าได้รวมรวบพลังไปยังลูกธนูของซาจิททาเรียสแล้วยิงเข้าใส่จูเลี่ยน โซโรสำเร็จทำให้โพเซดอนในตัวตื่นขึ้นมา หลังจากนั้นก็ได้เข้าทำลายเสาเมนเบรดวินเนอร์และช่วยเหลืออาเธน่าได้สำเร็จ อาเธน่าจึงใช้คนโทกักวิญญาณของโพเซดอนไว้อีกครั้งหนึ่ง[11]

ภาคศึกเทพเจ้าฮาเดส

เนื้อเรื่องของภาคฮาเดสนั้นเริ่มต้นจากพลังของอาเธน่าที่ใช้ผนึกเหล่าสเป็คเตอร์ไว้หลังจากการต่อสู้ในสงครามศักดิ์สิทธิ์เมื่อ 243 ปีก่อนนั้น ได้เสื่อมลง ซึ่งทำให้เหล่าสเป็คเตอร์ภายใต้การนำของฮาเดส เทพเจ้าแห่งยมโลก (โลกหลังความตาย) ฟื้นคืนชีพกลับมาอีกครั้ง เนื้อเรื่องหลังจากนั้นของภาคศึกเทพเจ้าฮาเดส อาจแบ่งย่อยได้ ดังนี้

• ภาคแซงก์ทัวรี (The Hades Chapter - Sanctuary)

หลังจากจบศกโปเซดอน พวกเซย์ย่าถูกสั่งห้ามเข้าแซงทัวรี่เนื่องจากปกป้องอาเธน่ามามาก แต่พวกเซย์ย่าก็ไม่ยอมกับพยายามเข้ามา หลังจากการคืนชีพของเหล่าสเป็คเตอร์ภายใต้การนำของฮาเดสนั้น ฮาเดสได้ใช้พลังทำให้เหล่าโกลด์เซนต์กับเคียวโกที่เสียชีวิตไปแล้ว ฟื้นคืนชีพขึ้นมาอีกครั้ง โดยจะมีเวลาอยู่บนโลกได้ 12 ชั่วโมงเพื่อไปนำศีรษะของอาธีน่ามาให้ตน เหล่าโกลเซนต์ภายใต้การนำของอาริเอส ชิออนซึ่งเป็นอดีตเคียวโก จึงได้บุกเข้า 12 ปราสาทแห่งแซงค์ทัวรี่เพื่อขึ้นไปยังวิหารอาธีน่า ในระหว่างการต่อสู้นั้น ทอรัส อัลเดบารัน และ เวอร์โก้ ชากะ ได้เสียชีวิตลง แต่ชากะได้เขียนคำว่า "อารายาชิกิ" ลงบนกลีบดอกไม้ให้พัดพาไปถึงอาธีน่า โดยต้องการบอกให้อาธีน่าเข้าใจถึงการตายของเขาในครั้งนี้เพื่อทำการปลุกสัมผัสที่ 8 หรือ เอทเซนส์ (Eighth Sense) ซึ่งจะทำให้มนุษย์ที่ยังมีชีวิตสามารถลงไปยังยมโลกได้ เมื่ออาธีน่าทราบถึงเจตนาของชากะ จึงได้สั่งให้นำพวก เซ็นต์เจมินี่ คาน่อน น้องฝาแฝดของ เซ็นต์จิมินี่ ซากะ มาพบตน และได้ใช้กริชทองคำที่ซากะเคยคิดใช้สังหารอาธีน่าเมื่อ 13 ปีก่อนปลิดชีพตนเอง หลังจากนั้น อาริเอส ชิออนได้มาถึงกับเศร้าใจ พวกเซย์ย่าที่พึ่งตามมาถึได้ฟังความจริงจากชิออนว่า เจตนาที่แท้จริงของเหล่าโกลด์เซนต์ที่คืนชีพมาในครั้งนี้ก็เพื่อใช้เลือดของอาธีน่าปลุกชุดคล็อธแห่งอาธีน่านั่นเอง หลังจากการตายของอาธีน่านั้น ชิออนได้สั่งการในฐานะเคียวโกให้พวกเซย์ย่า ตามเหล่าโกลด์เซนต์ที่เหลือได้บุกไปยังปราสาทฮาเดส และพวกเซย์ย่าได้ปลุกสัมผัสที่ 8 ขึ้นมาเพื่อลงไปยังยมโลกทั้งที่ยังมีชีวิตอยู่ได้สำเร็จ [12]

• ภาคยมโลก (The Hades Chapter - Inferno)

หลังจากเข้าสู่ยมโลก พวกเซย์ย่าได้แยกเป็น 2 กลุ่ม โดยเซย์ย่าและชุนได้เดินทางไปด้วยกัน ส่วนชิริวและเฮียวงะก็แยกไปอีกเส้นทาง โดยทั้ง 2 กลุ่มเดินทางมุ่งไปยังนรกขุมต่าง ๆ และได้กำจัดเหล่าสเป็คเตอร์ประจำขุมนรกต่าง ๆ ลง เซย์ย่าและชุนได้พบกับไลรา โอฟี ซิลเวอร์เซนต์อีกคนที่พลังเทียบเท่าโกลด์เซ็นต์แต่ต้องอยู่ในนรกเพื่อบรรเลงพิณให้ฮาเดสฟัง ด้วยความช่วยเหลือของโอฟี ทำให้เซย์ย่าและชุนบุกเข้าถึงปราสาทที่พักของฮาเดสได้ แต่เหตุการณ์กลับพลิกผันโดยชุนได้กลายเป็นร่างสถิตของฮาเดส แต่ด้วยความช่วยเหลือของอาธีน่าทำให้วิญญาณของฮาเดสที่เข้าสิงรางของชุนนั้นกลับไปสู่เอริเชี่ยน อาธีน่าจึงตามฮาเดสไปสู่อาริเชี่ยน ทว่าพวกเซย์ย่าไม่สามารถไปสู่เอริเชี่ยนได้เพราะมีกำแพงวิปโยคขวางกั้นอยู่ พวกเซย์ย่าพยายามจะทำลายกำแพงนั้นแต่ไร้ผล และในขณะนั้นเอง วิญญาณของโกลด์เซนต์ทั้ง 7 คนที่เสียชีวิตไปแล้วก็ได้ปรากฏตัวขึ้นที่ด้านหน้าของกำแพงวิปโยค เมื่อเห็นดังนั้น โกลด์เซนต์อีก 5 คนที่ยังมีชีวิตได้แก่ โดโก มู มิโร่ ไอโอเรีย และชากะ จึงได้เสียสละชีวิตของตนไปพร้อมกับวิญญาณของเพื่อนโกลด์เซนต์ทั้ง 7 เพื่อทำลายกำแพงนั้นลง ทำให้พวกเซย์ย่าสามารถเดินทางไปยังเอลิเชี่ยนได้[13]

• ภาคเอลิเซี่ยน (The Hades Chapter - Elysion)

หลังจากเซย์ย่า ชิริว เฮียวงะ ชุน และอิกกิ เดินทางมาสู่เอลิเชี่ยนแล้ว ได้ต่อสู้กับทานาทอสและฮิปนอส ซึ่งเป็นเทพเจ้าที่ยอมสยบแก่ฮาเดส พวกเซย์ย่าไม่สามารถสู้กับทานาทอส ขนาดโกลด์คลอธที่ข้ามผ่านเอลิเชี่ยนเพราะโปเซดอนไม่อยากให้โลกนั้นดับสูญจึงช่วยได้แค่ส่งโกลด์คลอธกับพวกเซย์ย่า แต่ก็ยังถูกทำลายอย่างง่ายดาย แต่ด้วยเลือดของอาธีน่าทำให้เศษชุดบรอนต์คล็อธที่แตกละเอียดของทั้ง 5 คนกลับคืนชีพอีกครั้งกลายเป็น "ชุดก็อดคล็อธ" ทำให้พวกเซย์ย่าสามารถกำจัดทานาทอสและฮิปนอสลงได้ หลังจากนั้นพวกเซย์ย่าจึงได้ต่อสู่กับฮาเดส และสามารถมอบชุดคล็อธให้อาธีน่าสวมได้สำเร็จ อาธีน่าจึงใช้คทาทองคำของตนกำจัดฮาเดสลงได้ในที่สุด[14]

ภาควิญญาณแห่งโกลด์

ในภาคนี้จะดำเนินเรื่องต่อจากภาคฮาเดสบทอินเฟอโน เเละดำเนินพร้อมกับบทเอลิเชี่ยน โดยภาคนี้เหล่าโกลด์เซนต์จะรับบทเป็นตัวละครหลักโดยมีเลโอ ไอโอเลีย เป็นพระเอก โดยเรื่องเริ่มขึ้นหลังจากเหล่าโกลด์เซนต์ทั้ง12เสียชีวิตจากการยิงศรทองระเบิดหน้ากำเเพงวิปโยคเพื่อเปิดทางให้พวกเซย่าผ่านไป พวกเขาก็ถูกคืนชีพโดยฝีมือใครบางคนที่มาโผล่เเอสการ์ด โดยพวกเขาทุกคนต้องหาคำตอบว่าถูกคืนชีพมาเพื่ออะไร เกิดอะไรขึ้นกับที่เเอสการ์ด โดยภาคนี้จะเเสดงให้เห็นถึงการร่วมต่อสู้ร่วมกันของเหล่าโกลด์เซนต์ทั้ง12

ภาคเสริมอื่น ๆ

นอกจากนี้ ยังมีการแต่งเนื้อเรื่องขึ้นมาใหม่ในช่วงหลัง โดยเนื้อเรื่องที่แต่งขึ้นมาใหม่นี้ จะเป็นการกล่าวถึงช่วงเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นก่อนการดำเนินเรื่องในภาคหลัก ซึ่งสามารถแบ่งออกได้ดังนี้

• ภาค Episode G

เป็นฉบับมังงะที่ทำขึ้นใหม่ โดยเปลี่ยนผู้วาดภาพเป็น เมกุมุ โอคาดะ คนแต่งยังคงเป็นคุรุมาดะเช่นเดิม แต่จริงๆแล้วคุรุมาดะไม่ได้แต่งเนื้อเรื่องให้โดยตรง เพราะคุรุมาดะเพียงแค่ให้สิทธิ์และเป็นที่ปรึกษาด้านการเขียนในช่วงแรกเท่านั้น เนื้อหาและแนวคิดโดยหลักๆของภาคนี้มาจากตัวผู้วาดภาพเองทั้งสิ้น โดยกล่าวถึงเรื่องราวในอดีตเมื่อ 7 ปีก่อนที่เนื้อเรื่องของภาคหลักจะเริ่มต้นขึ้น เกี่ยวกับศึกระหว่างโกลด์เซนต์ กับเหล่าเทพ ไททัน ซึ่งฟื้นคืนชีพขึ้นมา ตัวเอกของภาคนี้คือ เลโอ ไอโอเรีย ในวัยหนุ่ม ผู้ยังมีความเป็นขบถในตัวสูง และไม่ลงรอยกับแซงค์ทัวรี่ จากเหตุการณ์ที่พี่ชายถูกกล่าวหาว่าเป็นกบฏ และถูกสังหารโดยโกลด์เซนต์ด้วยกันเอง

• ภาค Next Dimension

เป็นภาคที่แต่งและวาดขึ้นใหม่โดยตัวคุรุมาดะเอง ขณะนี้กำลังลงตีพิมพ์อยู่ในนิตยสารโชเน็นแชมเปี้ยนของญี่ปุ่น โดยลงเป็นหน้าสีทั้งตอน แบบนานๆ ออกหน เรื่องราวจะสัมพันธ์กับเนื้อเรื่องในตอนท้ายของภาคเจ้านรกฮาเดส เพราะเป็นภาคหลักอย่างเป็นทางการ กล่าวย้อนความไปถึงสงครามศักดิ์สิทธิ์ เมื่อ 243 ปีก่อน ตัวเอกของภาคนี้คือ บรอนซ์เซนต์ เพกาซัส เท็มมะ ผู้พบว่า อาโรน เพื่อนรักของตน กลับกลายเป็นร่างทรงของฮาเดส

• ภาค The Lost Canvas

เป็นภาคที่คุรุมาดะไม่ได้เป็นผู้แต่งเรื่องโดยตรง เพียงแต่ให้สิทธิ์ในการเขียนและเป็นที่ปรึกษาในช่วงเริ่มต้นเท่านั้น นอกจากนั้นเป็นการนำเค้าโครงเรื่องเดิมมาตีความและแต่งเติมโดย ชิโอริ เทชิโรงิ ที่เป็นผู้วาดภาพล้วนๆ โดยกล่าวถึงสงครามศักดิ์สิทธิ์ครั้งก่อน และตัวเอกคือ เพกาซัส เท็มมะ เช่นเดียวกับภาค Next Dimension แต่มีการดำเนินเรื่องแตกต่างกัน เหตุเกิดในทวีปยุโรป ช่วงศตวรรษที่ 18 ไลบร้า โดโก สืบสาวร่องรอยของฮาเดส จนมาถึงเมืองหนึ่ง ณ ที่นั้น เท็มมะ เด็กหนุ่มเชื้อสายญี่ปุ่น ผู้มีฝีมือด้านต่อยตี กับ อาโรน เด็กหนุ่มจิตใจดี ที่รักและเล่าเรียนการวาดภาพ อาศัยอยู่ร่วมกับเด็กๆ ในย่านคนยากไร้ โดโกเห็นแววในตัวเท็มมะ จึงชักชวนไปรับการฝึกฝนเพื่อเป็นเซนต์ที่แซงค์ทัวรี่ ขณะอยู่ที่นั่น เท็มมะพบว่า เทพีอาธีน่าที่เหล่าเซนต์ปฏิญาณจะภักดีด้วยนั้น หาใช่ใครอื่น แต่เป็น ซาชา น้องสาวของอาโรน ที่เคยเติบโตมาในสถานเลี้ยงเด็กกำพร้าพร้อมกับพวกเขานั่นเอง ขณะเดียวกัน อาโรน ซึ่งกำลังรอคอยการกลับมาของเพื่อนอยู่ที่บ้านเกิด กลับค่อยๆ ถูกแพนโดร่าชักนำให้โอบรับความมืด ในฐานะร่างทรงของฮาเดส สงครามศักดิ์สิทธิ์จึงได้เปิดม่านขึ้น พร้อมกับความสัมพันธ์ที่ถูกชะตากรรมเล่นตลกของทั้งสาม

• ภาค Saintia Shou

เป็นภาคสปินออฟของภาคหลักของคุรุมาดะ ผู้วาด ชิมากิ คุโอริ แต่งเรื่องและตีความตามแบบของตนเอง โดยที่คุรุมาดะไม่ได้แต่งเนื้อเรื่องให้แม้แต่น้อย แต่ก็ยังอ้างอิงภาคหลักของคุรุมาดะ และเป็นครั้งแรกของซีรีส์นี้ที่ใช้ตัวเอกเป็นหญิงในการดำเนินเรื่อง เนื้อเรื่องเป็นเหตุการณ์ก่อนช่วงศึกช่วงกาแล็คเชี่ยนวอร์ส จนไปถึงช่วงหลังจบเหตุการณ์ปราสาท 12 ราศี ตัวเอกคือโชวโกะ เด็กสาวที่เทพีเอรีสหมายตาให้เป็นร่างภาชนะ แต่ถูกเหล่าเซนต์คอยขัดขวางมาตลอด และต้องเข้าไปพัวพันกับเหตุการณ์ที่ทำให้เคียวโกะ พี่สาวตนต้องถูกเอรีสสิงร่าง จนทำให้โชวโกะตัดสินใจเป็นเซนต์เพื่อนำพี่สาวกลับคืนมา

• ภาค โอเมกา

เป็นแอนิเมชันที่ออกฉายในวันที่ 4 เมษายนปี พ.ศ. 2555 - วันที่ 30 มีนาคม พ.ศ. 2557 ผลิตโดยโตเอะ ออกแบบตัวละครโดย โยชิฮิโกะ อุมาโคชิ ไดเรคเตอร์อนิเมชุดนี้กล่าวว่าเนื้อเรื่องของภาคนี้เป็นอนาคตแบบหนึ่งของภาคหลักเท่านั้น โดยโตเอะตั้งใจให้เป็นอีกจักรวาลหนึ่งของเซย์ย่าที่เริ่มนับจากหนึ่งใหม่หมด เรื่องราวกล่าวถึงเหตุการณ์ต่อจากภาคหลักในอีก 13 ปีให้หลัง ดำเนินเรื่องโดยตัวเอกคือ เพกาซัส โควงะ และตัวละครชุดใหม่เกือบทั้งหมด แต่ก็ยังมีตัวละครจากภาคหลักมาปรากฏตัวด้วย

• ภาค Legend of Sanctuary

เป็นแอนิเมชันเรื่องยาวที่เริ่มโครงการตั้งแต่ปี 2010 โดยเริ่มพร้อมๆกับภาคโอเมก้า ในการฉลองอายุ 25 ปีของซีรีส์นี้และเป็นครั้งแรกของซีรีส์นี้ที่ใช้ CG ในการสร้างทั้งหมด โดยออกฉายในโรงภาพยนตร์ของญี่ปุ่นวันที่ 21 มิถุนายน พ.ศ. 2557 ครั้งนี้เป็นการกลับมาเขียนบทของคุรุมาดะ มาซามิอีกครั้ง หลังจากเคยมีปัญหากับโตเอะจนทำให้คุรุมาดะถอนตัวจากการเขียนบทในภาคสวรรค์ ในภาคนี้คุรุมาดะเป็นผู้เขียนบทภาพยนตร์ทั้งหมด กำกับและออกแบบตัวละครโดยซาโต้ เคย์อิจิ ซึ่งตัวละครต่างๆ ทั้งหน้าตาและชุดเกราะของภาคนี้ได้ทำการออกแบบใหม่หมด ส่วนนักพากย์นั้นก็ใช้นักพากย์ชุดใหม่ที่ไม่มีความเกี่ยวข้องกับภาคก่อนๆ ทางด้านเนื้อเรื่องนั้นได้หยิบเอาเนื้อหาในช่วงศึก 12 ปราสาท ซึ่งเป็นเนื้อเรื่องที่ได้รับความนิยมสูงที่สุดในซีรีส์มาตีความใหม่ แต่ครั้งนี้คุรุมาดะได้รีบู๊ตเนื้อหาใหม่ทั้งหมด ให้เป็นภาพยนตร์แอนิเมชั่นเรื่องยาวเกือบ 2 ชั่วโมงตามความประสงค์ของเจ้าตัวที่เคยกล่าวว่าอยากจะทำเนื้อหาของเซย์ย่าใหม่ที่ไม่เกี่ยวข้องกับภาคใดๆ เลย และเป็นความตั้งใจของโตเอะที่ต้องการขยายแบรนด์เซย์ย่าให้ก้าวต่อไปในอนาคตด้วย