ความเสียหายที่ α-MN เป็นเหตุของรอยโรคเซลล์ประสาทการล่าง (lower motor neuron lesion) ที่สามัญสุดความเสียหายอาจมีเหตุจากการได้รับบาดเจ็บ (trauma) การขาดเลือดเฉพาะที่ และการติดเชื้อเป็นต้นอนึ่ง โรคบางอย่างสัมพันธ์กับการเสีย α-MN โดยเฉพาะ ๆ เช่น โรคโปลิโอเหตุไวรัสจะทำลายเซลล์ประสาทสั่งการที่ปีกหน้า (ventral horn) ของไขสันหลังโดยเฉพาะ ๆ โรคอะไมโอโทรฟิก แลเทอรัล สเกลอโรซิส (ALS) ก็สัมพันธ์กับการเสียเซลล์ประสาทสั่งการโดยเฉพาะ ๆ ด้วย

อัมพาตเป็นผลชัดสุดของความเสียหายต่อ α-MNเพราะ α-MN เท่านั้นส่งเส้นประสาทควบคุมการเคลื่อนไหวไปยังเส้นใยกล้ามเนื้อคือ extrafusal muscle fiber การเสีย α-MN เท่ากับการตัดขาดกล้ามเนื้อจากก้านสมองและไขสันหลังซึ่งทำให้การเคลื่อนไหวอันอาศัยกล้ามเนื้อทั้งใต้อำนาจจิตใจและเหนืออำนาจจิตใจ (รีเฟล็กซ์) เป็นไปไม่ได้การควบคุมกล้ามเนื้อใต้อำนาจจิตใจเสียไปเพราะ α-MN เป็นตัวส่งต่อกระแสประสาทควบคุมจากเซลล์ประสาทสั่งการบนไปยังเส้นใยกล้ามเนื้อการควบคุมกล้ามเนื้อเหนืออำนาจจิตใจเสียไปเพราะความเสียหายต่อวงจรรีเฟล็กซ์ เช่น stretch reflex ที่รักษาความยาวของกล้ามเนื้อผลอย่างหนึ่งก็คือความตึงกล้ามเนื้อลดลง มีผลเป็นอัมพฤกษ์แบบ flaccid paresisผลอีกอย่างก็คือ stretch reflex ทำงานลดลงและทำให้มีอาการรีเฟล็กซ์น้อยเกิน (hyporeflexia)

กล้ามเนื้ออ่อนแอและฝ่อเป็นผลหนีไม่พ้นของรอยโรคที่ α-MN เช่นกันเพราะขนาดและความแข็งแรงของกล้ามเนื้อขึ้นอยู่กับการใช้งาน กล้ามเนื้อที่ไม่ได้เส้นประสาทและไม่ทำงานจึงมักฝ่อเหตุทุติภูมิของกล้ามเนื้อฝ่อก็คือเพราะไม่ได้ trophic factor จาก α-MN รอยโรคที่เซลล์ประสาทสั่งการอัลฟายังมีผลเป็นคลื่นไฟฟ้ากล้ามเนื้อ (electromyography potential) ที่ผิดปกติ (เช่น fibrillation potential) และมีผลเป็น fasciculation (กล้ามเนื้อกระตุก) โดยอย่างหลังเป็นการหดเกร็งกล้ามเนื้อที่เกิดเองโดยไม่ได้ตั้งใจ

โรคที่ขัดการส่งสัญญาณระหว่าง α-MN กับ extrafusal muscle fiber คือ โรคแผ่นเชื่อมประสาทสั่งการและกล้ามเนื้อ (neuromuscular junction disease) มีอาการคล้ายกับโรคเซลล์ประสาทสั่งการอัลฟายกตัวอย่างเช่นโรคกล้ามเนื้ออ่อนแรงชนิดร้าย เป็นโรคภูมิต้านตนเองที่ป้องกันไม่ให้ส่งสัญญาณข้ามแผ่นเชื่อมประสาทสั่งการและกล้ามเนื้อ ซึ่งทำให้กล้ามเนื้อเหมือนไม่ได้เส้นประสาท