เซอร์เบีย ได้มีส่วนร่วมในสงครามยูโกสลาเวีย ซึ่งเกิดขึ้นระหว่างปี 1991 ถึงปี 1999 โดยมีสงครามสิบวัน สงครามประกาศอิสรภาพโครเอเชีย สงครามบอสเนีย และสงครามคอซอวอ โดยตั้งแต่ปี 1991 ถึงปี 1997 สลอบอดัน มีลอเชวิช ดำรงตำแหน่งประธานาธิบดีเซอร์เบียในช่วงที่เซอร์เบียเป็นส่วนหนึ่งของสหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวีย (FRY) แต่ศาลอาญาระหว่างประเทศสำหรับอดีตยูโกสลาเวีย (ICTY) ได้กำหนดว่ามีลอเชวิชเป็นผู้ควบคุมกองกำลังเซิร์บในบอสเนียและเฮอร์เซโกวีนาและโครเอเชียในช่วงสงครามมีการสู้รบตั้งแต่ปี 1991 ถึงปี 1995[1][2][3][4][5]สหพันธ์สาธารณรัฐยูโกสลาเวียถูกกล่าวหาว่าสนับสนุนกองกำลังกบฏเซิร์บในโครเอเชียและบอสเนีย จึงได้ถูกองค์กรและสถาบันระหว่างประเทศส่วนใหญ่ระงับการเป็นสมาชิก และมีการบังคับใช้มาตรการคว่ำบาตรทางเศรษฐกิจและการเมือง[5] ซึ่งส่งผลให้เกิดหายนะทางเศรษฐกิจและผู้คนจำนวนมหาศาลอพยพออกนอกประเทศ การทิ้งระเบิดของเนโทในยูโกสลาเวียในช่วงสงครามคอซอวอสร้างความเสียหายอย่างมากต่อโครงสร้างพื้นฐานและเศรษฐกิจของประเทศ หลังสงครามยูโกสลาเวีย เซอร์เบียกลายเป็นที่อยู่อาศัยของผู้ลี้ภัยและผู้พลัดถิ่นภายในประเทศจำนวนมากที่สุดในยุโรปหลังจากการขึ้นสู่อำนาจของมีลอเชวิชและการปะทุของสงครามยูโกสลาเวีย ขบวนการต่อต้านสงครามก็ได้เพิ่มขึ้นในเซอร์เบียเป็นจำนวนมาก คาดว่ามีผู้คนระหว่าง 50,000 ถึง 200,000 คนถูกปลดจากกองทัพประชาชนยูโกสลาเวีย ในขณะที่ผู้คนระหว่าง 100,000 ถึง 150,000 คนอพยพออกจากเซอร์เบียหลังจากปฏิเสธที่จะเข้าร่วมสงคราม การโฆษณาชวนเชื่อของรัฐบาลมีลอเชวิชมีบทบาทสำคัญในสงครามหลังจากพรรคของมีลอเชวิชพ่ายแพ้การเลือกตั้งท้องถิ่นเมื่อปี 1996 การประท้วงต่อต้านรัฐบาลในปี 1996-1997 และการคว่ำบาตรการเลือกตั้งปี 1997 โดยฝ่ายค้าน เนื่องจากการเลือกตั้งที่ผิดปกติ พันธมิตรฝ่ายค้านได้รับชัยชนะในการเลือกตั้งในปี 2000 นำไปสู่การโค่นล้มมีลอเชวิชและยูโกสลาเวียได้เข้าร่วมเป็นสมาชิกสหประชาชาติ และได้จับกุมมีลอเชวิชเพื่อส่งผู้ร้ายข้ามแดนเพื่อเข้ารับการพิจารณาคดีในข้อหาอาชญากรสงคราม