เนยแข็งนั้นเกิดด้วยความบังเอิญจากการเดินทางของชนเผ่าเร่ร่อนเบดูอินในทะเลทราย เนื่องจากชายอาหรับคนหนึ่งได้พยายามนำน้ำนมบรรทุกไว้บนหลังอูฐเพื่อใช้เป็นเสบียงอาหารระหว่างการเดินทาง จึงนำกระเพาะอาหารของแพะมาใช้เป็นภาชนะบรรจุน้ำนมไว้ภายใน ขณะที่เดินทางนั้นกระเพาะอาหารของแพะได้รับความร้อนจากอากาศในทะเลทรายและบวกกับการถูกเขย่าตลอดระยะทาง ส่งผลให้เอนไซม์เรนนินในกระเพาะสัตว์ไปแยกน้ำและไขมันในนมออกจากกัน เมื่อชายผู้นี้เกิดความกระหายหมายจะดื่มน้ำนมก็ต้องประหลาดใจเมื่อเค้าพบกับก้อนนมแทน ชายผู้นี้จึงนำก้อนนมที่ได้มาใช้รับประทานเป็นอาหารแทน และกลายเป็นที่มาของการผลิตเนยและเนยแข็งในปัจจุบัน

ในสมัยกรีกโบราณมีหลักฐานการบันทึกว่า อริสเตอุส บุตรชายแห่งเทพเจ้าอะพอลโลเป็นผู้ค้นพบวิธีการผลิตเนยแข็ง แต่ก็มีอีกหลายคนที่เชื่อว่าชนเผ่าเบดูอินเป็นผู้นำความรู้มาถ่ายทอดต่อให้กับโรมันโบราณอีกที อย่างไรก็ตามชาวโรมันถือว่าเนยแข็งเป็นอาหารประจำวันที่สำคัญ บ้านของชาวโรมันในสมัยโบราณจึงมีห้องสำหรับเก็บเนยแข็งทุกหลังคาเรือน ทหารโรมันเป็นกลุ่มคนที่มีอิทธิพลอย่างมากในการเผยแพร่เนยแข็งให้คนทั่วโลกได้รู้จัก เพราะเมื่อใดก็ตามที่กองทหารโรมันออกศึกไปที่ใด ทหารเหล่านี้มักจะแบ่งปันเนยแข็งส่วนหนึ่งให้กับทหารท้องถิ่นบริเวณนั้นด้วย ดังนั้นเนยแข็งจึงถูกเผยแพร่เป็นที่รู้จักไปทั่วยุโรป

ต่อมาในสมัยกลางบาทหลวงในคริสต์ศาสนาได้ผลิตเนยแข็งออกจำหน่ายเพื่อเป็นการหารายได้เข้าโบสถ์ ส่งผลให้โบสถ์เปลี่ยนสถานะจากที่เคยเป็นเพียงศาสนสถานมาเป็นแหล่งรวบรวมความรู้เกี่ยวกับกรรมวิธีการผลิตเนยแข็งด้วย หลังจากนั้นเป็นต้นมาเนยแข็งก็ได้รับการปรับปรุงรสชาติและกลิ่นไปตามความหลากหลายของวัตถุดิบในแต่ละท้องถิ่น จนก่อให้เกิดเนยแข็งแบบดั้งเดิม (Traditional Cheese) ที่จะมีเฉพาะท้องถิ่นนั้น ๆ แต่เนื่องจากในแต่ละท้องถิ่นมีการผลิตเนยแข็งชนิดใหม่ ๆ ออกมาอย่างสม่ำเสมอบวกกับในยุคนั้นเกิดการผลิตเนยแข็งในระบบโรงงานอุตสาหกรรมที่เน้นแต่ปริมาณผลผลิต วิธีการทำเนยแข็งแบบดั้งเดิมจึงค่อย ๆสูญหายไป ปัจจุบันนี้มีเพียง หกประเทศเท่านั้นที่ยังคงรักษาวิธีการผลิตเนยแข็งแบบดั้งเดิมไว้อยู่ ได้แก่ ประเทศ อิตาลี ฝรั่งเศส เยอรมนี อังกฤษ สวิตเซอร์แลนด์ เนเธอร์แลนด์ โดยเฉพาะในประเทศอิตาลี และฝรั่งเศส ที่มีระบบการันตีคุณภาพและมาตรฐานของเนยแข็งแบบดั้งเดิม ซึ่งช่วยรักษาเอกลักษณ์ของเนยแข็งมาจนถึงปัจจุบัน