เนยแข็งมีมากกว่า 3,000 ชนิดทั่วโลก ดังนั้นเกณฑ์การแบ่งประเภทและชนิดของเนยแข็งจึงมีความหลากหลาย เนยแข็งบางประเภทแม้จะมีลักษณะเหมือนกันทุกประเภทแต่ก็มีชื่อเรียกต่างกันตามแต่ละท้องถิ่น วิธีการจำแนกประเภทของเนยแข็งจึงทำได้โดยอาศัยหลักเกณฑ์บางอย่าง เช่น ชนิดของน้ำนมที่ใช้ ระยะเวลาในการบ่ม เชื้อราที่ใส่ลงไปเพื่อแยกไขมันออกจากน้ำนม อุณหภูมิที่ใช้ในการหมักบ่ม พื้นผิวและความราบเรียบของเนยแข็ง ดังนั้นเนยแข็งจึงสามารถแยกออกเป็นห้าประเภทใหญ่ดังนี้

เนยแข็งประเภท Fresh Cheese

เนยแข็งประเภท Fresh Cheese คือ เนยแข็งที่ไม่ต้องผ่านความร้อนและไม่ต้องหมักบ่ม มีกลิ่นและรสไม่จัด ออกรสเปรี้ยวอ่อน ๆ เนื้อในนิ่มเป็นครีม มีความชื้นสูง เช่น ครีมชีส (Cream Cheese), เฟต้า (Feta), มอซซาเรลลา (Mozzarella), ริคอตตา (Ricotta), คอทเทจชีส (Cottage Cheese), มาสคาร์โปน (Mascarpone)

เนยแข็งประเภท Soft-White Cheese

เนยแข็งประเภท Soft-White Cheese คือ เนยแข็งที่ทำจากนมที่มีความเข้มข้นของครีมสูง และเนื้อในจึงมีลักษณะเป็นครีมแข็ง ผิวนอกจะค่อนข้างบาง เมื่อทานแล้วจะค่อยๆละลายในปาก มีความชื้นน้อยกว่าเนยแข็งประเภท Fresh Cheese และจะต้องผ่านกระบวนการบ่มด้วยราสีขาวก่อนนำมาบริโภค เช่น บรี (Brie), กามาแบร์ (Camembert), Neufchatel

เนยแข็งประเภท Natural-Rind Cheese

เนยแข็งประเภท Natural-Rind Cheese คือ เนยแข็งที่ทำจากนมแพะตามแบบฝรั่งเศส มีพัฒนาการมาจากเนยแข็งประเภท Fresh Cheese แต่จะต้องผ่านการขับน้ำทิ้งมากกว่าจึงมีความชื้นน้อยกว่า หลังจากการบ่มเนยแข็งประเภทนี้จะมีรอยย่นพื้นบนผิวรอบนอกมาก มีรสชาติที่เด่นขึ้นด้วย เนยแข็งประเภทนี้จะบ่มด้วยราสีฟ้าค่อนข้างเทา มีจุดสีน้ำเงินออกน้ำตาลที่ผิวเนยแข็ง และเมื่อมีอายุมากขึ้นก็จะมีกลิ่นแรงขึ้นด้วย เช่น Crottin de Chavignol, Sainte-Maure de Touraine

เนยแข็งประเภท Wash-Rind Cheese

เนยแข็งประเภท Wash-Rind Cheese คือ เนยแข็งผิวนอกมีความเหนียวและมีสีน้ำตาลส้ม ซึ่งเกิดจากการล้างด้วยน้ำเกลือระหว่างการบ่ม มีตั้งแต่กลิ่นหอมจากเครื่องเทศไปจนถึงกลิ่นฉุน เช่น Herve, Limburger, เมิงสแตร์ชีส

เนยแข็งประเภท Hard Cheese

เนยแข็งประเภท Hard Cheese คือ เนยแข็งที่แข็งเกิดจากการนำหางนมออกไปมากจนความชื้นในเนยแข็งเหลือเพียงเล็กน้อย เปลือกเนยแข็งจะหนา เนื้อแข็ง ใช้เวลาบ่มนาน เช่น เชดดาร์ชีส (Cheddar), เอมเมนตาลชีส (Emmental), เกาดาชีส (Gouda), เปอกอริโน (Pecorino), Romano, Beaufort

การแบ่งเนยแข็งออกเป็น 5 ประเภทที่ได้กล่าวไปนี้เป็นเพียงตัวอย่างของการแบ่งประเภทเนยแข็งเพียงคร่าว ๆ ในความเป็นจริงแล้วเนยแข็งทั้ง 5 ประเภทยังสามารถแบ่งย่อยได้อีก เช่น แบ่งตามประเทศที่ผลิต แบ่งตามการกดอัดและการปรุงแต่ง แบ่งตามใยหุ้มเชื้อรา เป็นต้น

เนยแข็ง ครีมสด โยเกิร์ต และผลิตภัณฑ์ได้จากน้ำนมต่างมีคุณค่าทางโภชนาการที่ใกล้เคียงกันมาก เนยแข็งจะให้สารอาหารจำพวก โปรตีน แคลเซียม ฟอสฟอรัส สังกะสี วิตามินบี 12 ที่สูงไม่แพ้นม แต่ข้อดีของเนยแข็งคือให้สารอาหารจำพวกน้ำตาลแลคโตสในปริมาณที่ต่ำกว่าในน้ำนม ดังนั้นการรับประทานเนยแข็งจึงเป็นทางออกที่ดีสำหรับผู้ที่มีปัญหาในการดื่มนม

สำหรับคนที่มีปัญหาในการดื่มนมเนื่องจากร่างกายขาดน้ำย่อยแลคโตสหรือมีน้ำย่อยชนิดนี้ในปริมาณที่น้อย เมื่อดื่มน้ำนมเข้าไปแล้วร่างกายไม่สามารถย่อยน้ำตาลแลคโตสในนมได้ ส่งผลให้เกิดการตกค้างของน้ำตาลแลคโตสในร่างกาย การหมักหมมนี้จะทำให้เกิดแก๊สและกรดในที่สุด ส่งผลให้ผู้รับประทานมีอาการท้องอืด ท้องเฟ้อและท้องเสียในเวลาต่อมา ดังนั้นจึงควรเลือกรับประทานเนยแข็งแทนการดื่มนม

นอกจากนี้เนยแข็งยังอุดมไปด้วยสารอาหารที่เหมาะสำหรับเด็กวัยเจริญเติบโต เพราะเนยแข็งให้พลังงาน แคลเซียม และโปรตีนสูง โดยเฉพาะโปรตีนและแคลเซียมซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของกระดูก ช่วยเสริมสร้างให้กระดูกแข็งแรงและป้องกันโรคกระดูกพรุน อีกทั้งเนยแข็งยังมีประโยชน์ต่อสุขภาพฟัน ช่วยป้องกันฟันผุ โดยโปรตีนในรูปของแคลเซียมและฟอสฟอรัสในเนยแข็งจะเป็นตัวช่วยป้องกันสารเคลือบฟัน อีกทั้งยังช่วยเพิ่มฟองน้ำลายที่ช่วยล้างกรดและน้ำตาลในช่องปากอันเป็นสาเหตุของฟันผุ แม้ว่าเนยแข็งจะมีปริมาณไขมันมากกว่าน้ำนมแต่ก็เป็นอาหารที่อุดมไปด้วยสารอาหารที่เป็นประโยชน์ต่อร่างกาย สำหรับผู้ที่มีปัญหาเรื่องน้ำหนักและคอเลสเตอรอล แต่ชื่นชอบการรับประทานเนยแข็งก็สามารถเลือกบริโภคเนยแข็งที่ทำจากนมไขมันต่ำหรือปราศจากไขมันได้ตามท้องตลาดทั่วไป โดยไม่ต้องกังวลกับปัญหาที่จะตามมาในภายหลัง