ในทางภูมิศาสตร์ หมู่เกาะมลายูเป็นหนึ่งในบริเวณที่มีภูเขาไฟมีพลังมากที่สุดในโลก ผืนดินที่ยกตัวขึ้นในบริเวณนี้ทำให้เกิดภูเขาที่สวยงามอย่างยอดเขาปุนจักจายาที่จังหวัดปาปัวในอินโดนีเซีย ความสูงถึง 5,030 เมตร (16,024 ฟุต) บนเกาะนิวกินี อีกทั้งยังเป็นสถานที่เดียวที่สามารถพบธารน้ำแข็งได้ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ขณะที่บริเวณที่สูงเป็นอันดับสองอย่างยอดเขากีนาบาลูในรัฐซาบะฮ์ของมาเลเซียบนเกาะบอร์เนียว ซึ่งมีความสูง 4,095 เมตร (13,435 ฟุต) ภูเขาที่สูงที่สุดในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้คือยอดเขาคากาโบราซี โดยมีความสูงถึง 5,967 เมตร ตั้งอยู่ทางตอนเหนือของพม่า และเป็นส่วนหนึ่งของเทือกเขาหิมาลัย ขณะเดียวกันอินโดนีเซียนั้นถูกจัดว่าเป็นหมู่เกาะขนาดใหญ่ที่สุดในโลก (จัดโดย CIA World Factbook)

ภูเขาไฟมีพลังอย่างภูเขาไฟมายอนเป็นเจ้าของสถิติกรวยไฟที่สมบูรณ์ที่สุดในโลกที่เกิดจากการปะทุตั้งแต่อดีตจนถึงปัจจุบัน[13]

ทำเลที่ตั้งและอาณาเขต

ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ตั้งอยู่ทางซีกโลกตะวันออกและทางตะวันออกเฉียงใต้ของทวีปเอเชีย โดยทิศเหนือติดกับประเทศจีน ทิศตะวันออกติดมหาสมุทรแปซิฟิก ทิศใต้ติดมหาสมุทรอินเดีย และทิศตะวันตกติดประเทศอินเดียและบังคลาเทศ โดยตั้งอยู่ระหว่างละติจูดที่ 10 องศาใต้ถึงละติจูดที่ 28 องศาเหนือ และระหว่างลองจิจูดที่ 92 องศาตะวันออกถึง 141 องศาตะวันตก ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้มีพื้นที่แบ่งออกเป็น 2 ส่วนโดยแบ่งตามภูมิศาสตร์คือ ส่วนที่เป็นภาคพื้นทวีป และส่วนที่เป็นหมู่เกาะ

ส่วนที่เป็นภาคพื้นทวีปเป็นพื้นแผ่นดินใหญ่อยู่ทางทิศตะวันออกเฉียงใต้ของทวีปเอเชีย และอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของภูมิภาคตะวันออกเฉียงใต้ ประกอบด้วยประเทศไทย พม่า ลาว เวียดนาม กัมพูชา บางส่วนของประเทศมาเลเซีย ส่วนที่เป็นหมู่เกาะ ได้แก่ ประเทศฟิลิปปินส์ อินโดนีเซีย บรูไน สิงคโปร์ บางส่วนของประเทศมาเลเซีย และติมอร์-เลสเต

ลักษณะทางภูมิศาสตร์ที่แบ่งมหาสมุทรอินเดียและมหาสมุทรแปซิฟิกออกจากกัน มีช่องแคบ 4 แห่ง ได้แก่ ช่องแคบมะละกา ช่องแคบซุนดา ช่องแคบลอมบอก และช่องแคบมากัสซาร์ เอเชียตะวันออกเฉียงใต้ยังเปรียบเสมือนสะพานเชื่อมระหว่างทวีปเอเชีย และทวีปออสเตรเลีย

ภูมิประเทศ

ลักษณะภูมิประเทศของเอเชียตะวันออกเฉียงใต้แบ่งได้ดังนี้

• บริเวณทิวเขาและที่ราบลาดเนินตะกอนเชิงเขา ทิวเขาภายในแผ่นดินใหญ่วางตัวในแนวเหนือ-ใต้ แผ่กระจายออกมาจากชุมเขายูนนาน โดยมี 3 แนว ได้แก่ แนวทิศตะวันตก คือ ทิวเขาอะระกันในพม่าต่อเนื่องไปในทะเลอันดามัน เป็นภูเขาหินใหม่จึงมีแผ่นดินไหวเกิดขึ้นบ่อยครั้ง แนวกลางเป็นทิวเขาด้านทิศตะวันออกของพม่าต่อเนื่องลงไปถึงภาคเหนือของไทยจนถึงภาคใต้ แนวทิศตะวันออก คือ ทิวเขาในลาวและเวียดนาม ทิวเขาตามแนวกลางและตะวันออกเป็นภูเขายุคหินกลางจึงไม่มีปรากฏการณ์อันเนื่องมาจากการเปลี่ยนแปลงที่รุนแรงเหมือนแนวทิศตะวันตก
• บริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำ พบอยู่สองฝั่งของแม่น้ำสายต่าง ๆ ที่ราบสำคัญได้แก่ ที่ราบลุ่มแม่น้ำอิรวดีในพม่า ที่ราบลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาในไทย ที่ราบลุ่มแม่น้ำแดงของเวียดนาม ที่ราบลุ่มแม่น้ำโขงในประเทศกัมพูชาและเวียดนาม ส่วนที่ราบดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำที่สำคัญ เช่น ดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำโขง แม่น้ำเจ้าพระยาและแม่น้ำอิรวดี เป็นต้น
• ที่ราบชายฝั่งทะเล ได้แก่ บริเวณที่เป็นหาดทรายที่เกิดจากการทับถมของทรายจากการกระทำของคลื่นในทะเล บริเวณที่เป็นดินเลนซึ่งมักจะพบป่าไม้ เช่น ป่าโกงกาง ป่าจาก เป็นต้น พบได้ทั่วไปในทุกประเทศของภูมิภาค ยกเว้นประเทศลาวซึ่งเป็นประเทศเดียวในภูมิภาคที่ไม่มีที่ราบชายฝั่งทะเล เพราะไม่มีอาณาเขตติดต่อกับทะเล)
• หมู่เกาะ ส่วนใหญ่เป็นเกาะที่เกิดจากภูเขาไฟ ทั้งที่ยังมีพลังและที่ดับสนิทแล้ว ต่อเนื่องมาจากทิศตะวันตกในแผ่นดินประเทศพม่า ลงไปเป็นหมู่เกาะอันดามัน นิโคบาร์ สุมาตรา ชวา ในอินโดนีเซีย และหมู่เกาะในฟิลิปปินส์ ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ประกอบด้วยเกาะขนาดใหญ่และขนาดเล็กมากมาย ประเทศที่มีเกาะจำนวนมาก ได้แก่ อินโดนีเซีย ซึ่งมีเกาะมากกว่า 17,000 เกาะ ประเทศฟิลิปปินส์มีเกาะประมาณ 7,000 เกาะ เนื่องจากดินในเขตภูเขาไฟจะมีความอุดมสมบูรณ์ จึงทำให้แถบนี้มีประชากรอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก แม้จะต้องเสี่ยงต่อการปะทุของภูเขาไฟและแผ่นดินไหว

ภูมิอากาศ

ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ มีลักษณะภูมิอากาศแบบร้อนชื้นหรือเขตร้อน ซึ่งแบ่งออกได้เป็นสองลักษณะ คือ มีสภาพภูมิอากาศชุ่มชื้นในฤดูฝนและแห้งแล้งในฤดูแล้งอย่างชัดเจน และอีกลักษณะหนึ่ง คือ มีฝนตกชุ่มชื้นเกือบตลอดทั้งปี เนื่องจากภูมิภาคนี้ตั้งอยู่ในบริเวณเส้นศูนย์สูตร ดังนั้นจึงมีอุณหภูมิเฉลี่ยรายวันหรือรายเดือนสูงสม่ำเสมอตลอดทั้งปี

ลักษณะภูมิอากาศที่สลับระหว่างความชุ่มชื้นในฤดูฝน และความแห้งแล้งในฤดูแล้งอย่างชัดเจน จะพบได้ในบริเวณประเทศส่วนต่อกับแผ่นดินใหญ่ของทวีปเอเชีย ได้แก่ พม่า ไทย ลาว เวียดนาม และกัมพูชา ที่อยู่เหนือละติจูด 10 องศาเหนือขึ้นไป ในฤดูฝนจะได้รับอิทธิพลของลมมรสุมตะวันตกเฉียงใต้ รวมทั้งพายุที่พัดมาจากทิศตะวันออก ทำให้มีฝนตกชุกในระหว่างเดือนพฤษภาคมถึงตุลาคม ส่วนในช่วงระหว่างเดือนพฤศจิกายนถึงเมษายนจะมีลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือจากประเทศจีนพัดพาเอาความแห้งแล้งเข้ามาสู่พื้นที่ ทำให้เห็นความแตกต่างของทั้งสองฤดู ในบางปีอาจมีพายุหมุนพัดเข้าสู่แผ่นดินใหญ่ทำให้มีฝนตกหนักอย่างต่อเนื่อง บริเวณที่ได้รับผลกระทบจากพายุก่อน เช่น ฟิลิปปินส์ เวียดนาม และลาว จะได้รับผลกระทบมาก ทำให้เกิดภัยน้ำท่วมและแผ่นดินถล่ม

สำหรับประเทศที่เป็นหมู่เกาะจำนวนมาก ได้แก่ อินโดนีเซีย และฟิลิปปินส์นั้น จะได้รับอิทธิพลจากลมทะเลและพายุแบบต่าง ๆ เกือบตลอดทั้งปี จึงทำให้มีฝนตกชุก ยกเว้นบางบริเวณที่อาจจะมีอากาศแห้งแล้งได้บ้างเป็นระยะเวลาสั้น เช่น ทางตะวันออกของเกาะชวา ประเทศอินโดนีเซีย สำหรับประเทศฟิลิปปินส์พายุไต้ฝุ่นซึ่งมีทั้งความเร็วลมสูงและปริมาณน้ำฝนมาก พัดผ่านประเทศเป็นจำนวนมากกว่า 10 ลูกต่อปี ทำให้ประเทศได้รับผลกระทบที่รุนแรงเป็นประจำ

สิ่งแวดล้อม

ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ มีลักษณะภูมิอากาศแบบอบอุ่น, ร้อนชื้น และได้รับอิทธิพลจากลมมรสุม สัตว์ที่มีถิ่นอาศัยอยู่ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ค่อนข้างมีความหลากหลาย, บนเกาะบอร์เนียวและเกาะสุมาตราจะมีอุรังอุตัง, ช้างเอเชีย, สมเสร็จมลายู, กระซู่ และเสือลายเมฆบอร์เนียวก็สามารถพบได้เช่นกัน หกสปีชีส์ย่อยของหมีขอมีถิ่นอาศัยอยู่ในบริเวณนี้ อย่างไรก็ตามมันเป็นสัตว์ที่เสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ที่เกาะปาลาวัน

เสือสามชนิดที่มีสปีชีส์ย่อยแตกต่างกันสามารถพบได้บนเกาะสุมาตรา (เสือโคร่งสุมาตรา), ในมาเลเซียตะวันออก (เสือโคร่งมลายู), และในอินโดจีน (เสือโคร่งอินโดจีน), โดยทั้งหมดถูกจัดอยู่ในกลุ่มที่ถูกคุกคาม

มังกรโกโมโดเป็นสัตว์ที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในสปีชีส์กิ้งก่า และอาศัยอยู่บนเกาะโกโมโด, เกาะรินจา, เกาะโฟลเร็ซ, และ Gili Motang ในอินโดนีเซีย

อินทรีฟิลิปปินส์เป็นนกประจำชาติของฟิลิปปินส์ ซึ่งนักวิทยาศาสตร์กล่าวว่าเป็นเหยี่ยวที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลก[14] และมีเฉพาะในป่าที่ฟิลิปปินส์เท่านั้น

ควายป่า และควายแคระบนเกาะที่แตกต่างกันพบได้เฉพาะที่เอเชียตะวันออกเฉียงใต้เท่านั้น ในทุกวันนี้ควายสามารถพบได้ทั่วไปในภูมิภาค แต่ชนิดอื่นนั้นถูกคุกคามและหายาก

กระจง สัตว์คล้ายกวางที่มีขนาดไล่เลี่ยกับแมวหรือสุนัขพันธุ์เล็กสามารถพบได้บนเกาะสุมาตรา, เกาะบอร์เนียว และเกาะปาลาวัน (ฟิลิปปินส์) ขณะที่กระทิงที่มีขนาดใหญ่กว่าควายป่าสามารถพบได้ที่อินโดจีนเป็นส่วนใหญ่

สัตว์ปีกอย่างนกยูงและนกแซงแซวอาศัยอยู่บริเวณฝั่งตะวันออกอย่างอินโดนีเซีย ขณะที่หมูที่มีอวัยวะคล้ายงาสี่งาอย่างบาบิรูซ่าก็สามารถพบได้ที่อินโดนีเซียเช่นกัน ส่วนนกเงือกมักถูกส่งไปยังจีนเพราะมีจะงอยปากที่มีมูลค่าสูงเช่นเดียวกับนอของแรด ซึ่งถูกส่งไปจีนเช่นเดียวกัน

บริเวณแนวปะการังน้ำตื้นในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ถือได้ว่าเป็นบริเวณที่มีระบบนิเวศทางทะเลหลากหลายและสมบูรณ์ที่สุดในโลก โดยเต็มไปด้วยปะการัง, ปลา, หอย และพวกหมึก ตามที่องค์กรอนุรักษ์สิ่งแวดล้อมนานาชาติได้ทำการสำรวจทะเลบริเวณราชาอัมพัตแล้วพบว่ามีความหลากหลายที่สุดในโลก และมากกว่าบริเวณอื่นอย่างสามเหลี่ยมปะการังของอินโดนีเซีย, ฟิลิปปินส์ และปาปัวนิวกินี โดยบริเวณสามเหลี่ยมปะการังนี้ถือได้ว่าเป็นหัวใจของแนวปะการังทั่วโลกเลยทีเดียว ทำให้ราชาอัมพุตเป็นบริเวณที่มีแนวปะการังมากที่สุดแห่งหนึ่งของโลก ขณะที่ปลาที่มีขนาดใหญ่ที่สุดในโลกอย่างปลาฉลามวาฬและ 6 สปีชีย์ของเต่าทะเลสามารถพบได้ในทะเลจีนใต้ และดินแดนในมหาสมุทรแปซิฟิกของฟิลิปปินส์

พืชในภูมิภาคนี้เป็นแบบพืชเขตร้อน, ในบางประเทศที่มีภูเขาสูงพอสามารถพบพรรณไม้ต่าง ๆ ที่สมบูรณ์ ซึ่งพื้นที่ป่าหนาทึบในเขตร้อนซึ่งมีฝนตกมากเหล่านี้กำลังเผชิญกับปัญหาการตัดไม้ทำลายป่า โดยเฉพาะบนเกาะบอร์เนียว

ขณะที่เอเชียตะวันออกเฉียงใต้อุดมไปด้วยพรรณไม้และสัตว์ท้องถิ่นก็ต้องเผชิญกับปัญหาการทำลายป่าอย่างรุนแรง เป็นเหตุให้ที่อยู่อาศัยของสัตว์ถูกทำลายจนใกล้สูญพันธุ์เช่นอุรังอุตังและเสือโคร่งสุมาตรา คาดกันว่าสัตว์และพรรณไม้ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้มากกว่า 40% มีจำนวนลดลงในศตวรรษที่ 21[15] ในขณะเดียวกันเมฆหมอกเป็นสิ่งที่เกิดขึ้นเป็นประจำ โดยมีความรุนแรงมากที่สุดในปี 1997 และ 2006 ซึ่งทั้งสองครั้งมีหลายประเทศได้รับผลกระทบจากหมอกที่หนาทึบที่ส่วนใหญ่เกิดจากการเผาป่าในอินโดนีเซีย จนกระทั่งมีหลายประเทศร่วมลงนามในความตกลงอาเซียนว่าด้วยมลพิษจากหมอกควันข้ามแดน โดยมีวัตถุประสงค์ในการลดมลหมอกพิษในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้