มีหลายวิธีในการปรุงไข่ตุ๋นเกาหลี สามารถใช้วิธีนึ่ง ต้มสองชั้น หรือต้มในหม้อที่ตั้งบนเตาโดยใช้ความร้อนต่ำมาก บางคนนำชามเข้าเตาไมโครเวฟเพื่อให้สุกเร็วขึ้น

ไข่จะถูกกรองและตีเข้ากับน้ำจนส่วนผสมเข้ากันเป็นเนื้อครีม บางครั้งใช้น้ำซุป สาหร่ายทะเลและ/หรือน้ำซุปปลาแอนโชวีแทนน้ำเพื่อให้ได้รสชาติที่เข้มข้นขึ้น ส่วนผสมที่เลือกใส่ ได้แก่ เห็ด ถั่วลันเตา หัวหอม ซูกินีเกาหลี แคร์รอท และผักอื่น ๆ จากนั้นปรุงรสด้วยแซอูจ็อด (กุ้งเค็ม) มย็องนันจ็อด (ไข่ปลาพอลลอคเค็ม) หรือเกลือ และพริกไทยดำบดก็ได้ ก่อนเสิร์ฟจะโรยหน้าด้วยต้นหอมหรือตั้งโอ๋สับ โคชุดการู (พริกป่น) หรือ ซิลโกชู (พริกแดงแห้งขูดฝอย) และเมล็ดงาคั่ว