สำหรับการผลิต IMO ในเชิงพาณิชย์ อุตสาหกรรมอาหารใช้แป้งที่แปรรูปจากธัญพืช เช่น ข้าวสาลี, ข้าวบาร์เลย์, ถั่วลันเตา, ถั่วแดง, ถั่วเลนทิล, ข้าวโอ๊ต, มันสำปะหลัง, ข้าว, มันฝรั่ง และอื่น ๆ แหล่งที่มาที่หลากหลายนี้อาจเป็นประโยชน์ต่อผู้บริโภคที่มีอาการภูมิแพ้หรือภูมิไวเกินกับธัญพืชบางชนิด กระบวนการผลิตจะควบคุมระดับของการเกิดพอลิเมอร์ (degree of polymerization, dp) และพันธะ α(1,6) เพื่อให้มั่นใจในคุณภาพที่สม่ำเสมอจากแหล่งวัตถุดิบแป้งต่าง ๆ แป้งจะถูกแปลงครั้งแรกโดยวิธีการไฮโดรไลซิสด้วยเอนไซม์อย่างง่ายได้เป็นน้ำเชื่อมมอลโตสที่มีไดแซ็กคาไรด์ ไตรแซ็กคาไรด์ และโอลิโกแซ็กคาไรด์ (กลูโคส 2, 3 หน่วย หรือมากกว่า) ปริมาณสูง ซึ่งมีพันธะไกลโคซิดิก α(1,4) ที่สามารถย่อยได้ง่ายในลำไส้มนุษย์ พันธะไกลโคซิดิก α(1,4) เหล่านี้ถูกแปลงเพิ่มเติมเป็นพันธะไกลโคซิดิก α(1,6) ที่ทนต่อการย่อย ซึ่งสร้างพันธะแบบ "ไอโซ" ระหว่างโมเลกุลที่มีกลูโคสกึ่งหนึ่งและก่อรูปเป็นไอโซมอลโตโอลิโกแซ็กคาไรด์ (IMO)

โอลิโกแซ็กคาไรด์ส่วนใหญ่ที่พบใน IMO ประกอบด้วยหน่วยโมโนแซ็กคาไรด์ (กลูโคส) สามถึงหกหน่วยที่เชื่อมโยงกัน อย่างไรก็ตาม ไดแซ็กคาไรด์และพอลิแซ็กคาไรด์ที่ยาวกว่า (มากถึงเก้าหน่วยกลูโคส) ก็มีอยู่เช่นกัน ส่วนของไดแซ็กคาไรด์ใน IMO ประกอบด้วยไอโซมอลโตสที่พันธะกับ α(1,6) เป็นหลัก ในขณะที่มอลโตไตรโอส พาโนส และไอโซมอลโตไตรโอสประกอบขึ้นเป็นส่วนไตรแซ็กคาไรด์ ส่วนของผสมของไอโซมอลโตเตตราโอส, ไอโซมอลโตเพนทาโอส, มอลโตเฮกซาโอส, มอลโตเฮปตาโอส และโอลิโกเมอร์จำนวนเล็กน้อยที่มีระดับโพลีเมอไรเซชันดีกรี 8 หรือมากกว่า ประกอบรวมเป็นโอลิโกเมอร์ส่วนที่เหลือใน IMO โดยโอลิโกเมอร์ที่ยาวกว่ามีพันธะ α(1,6) ไม่ถึง 100% ซึ่งสัดส่วนของพันธะ α(1,4) และ α(1,6) จะมีความผันแปรต่าง ๆ กัน