งานวิจัยแพทย์บางส่วนเสนอว่า กรดไขมันโอเมกา-6 ในระดับสูงเกินที่ได้จากน้ำมันของเมล็ดพืชเมื่อเทียบกับกรดไขมันโอเมกา-3 อาจเพิ่มโอกาสเป็นโรคต่าง ๆ[17][18][19]

อาหารชาวตะวันตกปัจจุบันมีอัตราส่วนกรดไขมันโอเมกา-6 ต่อกรดไขมันโอเมกา-3 มากกว่า 10 โดยบางทีสูงถึง 30และมีค่าเฉลี่ยระหว่าง 15-16.7[16]เชื่อว่า มนุษย์ได้วิวัฒนาการกับการมีกรดไขมันในอัตราส่วน 1 ต่อ 1 และอัตราส่วนที่ดีสุดเชื่อว่า อยู่ที่ 4 หรือน้อยกว่านั้น[16]แม้จะมีนักเขียนบางพวกที่เสนออัตราต่ำจนถึง 1[20]อัตราส่วนกรดไขมันโอเมกา-6 ต่อกรดไขมันโอเมกา-3 ระหว่าง 2-3 ช่วยลดการอักเสบในคนไข้ที่มีข้ออักเสบรูมาทอยด์[16]อัตราส่วนที่ 5 มีผลดีต่อคนไข้โรคหืด แต่อัตราส่วนที่ 10 มีผลเสีย[16]อัตราส่วนที่ 2.5 ช่วยลดการงอกขยายเซลล์ที่ไส้ตรงสำหรับคนไข้มะเร็งลำไส้ใหญ่และไส้ตรง เทียบกับอัตราส่วนที่ 4 ซึ่งไม่มีผล[16]กรดไขมันโอเมกา-6 เกินที่ได้จากน้ำมันพืชขวางประโยชน์ทางสุขภาพของกรดไขมันโอเมกา-3 ส่วนหนึ่งก็เพราะแย่งเอนไซม์ที่เป็นตัวจำกัดอัตราในกระบวนการ (rate-limiting enzyme)การได้อัตราส่วนกรดไขมันโอเมกา-6 ต่อกรดไขมันโอเมกา-3 สูงในอาหารเปลี่ยนสภาวะทางสรีรภาพให้ก่อโรคหลายอย่างมากขึ้น คือ ส่งเสริมลิ่มเลือด (prothrombotic) ส่งเสริมการอักเสบ (proinflammatory) และส่งเสริมการตีบ (proconstrictive)[21]

การผลิตไอโคซานอยด์จากกรดไขมันโอเมกา-6 มากเกินมีสหสัมพันธ์กับข้ออักเสบ การอักเสบ และมะเร็งยาหลายอย่างที่ใช้รักษาหรือควบคุมปัญหาเหล่านี้ระงับฤทธิ์ของเอนไซม์ COX-2 ซึ่งอำนวยให้เกิดการอักเสบดังที่กล่าวมาก่อน[22]ขั้นตอนหลายขั้นในการสร้างและการออกฤทธิ์ของโพรสตาแกลนดินจากกรดอะราคิโดนิกที่เป็นกรดไขมันโอเมกา-6 จะเป็นไปได้เร็วกว่าขั้นตอนการสร้างและการออกฤทธิ์ของฮอร์โมนโอเมกา-3 ที่ได้จาก eicosapentaenoic acid ที่เป็นกรดไขมันโอเมกา-3[23]

ยา COX-1 inhibitor และ COX-2 inhibitor ที่ใช้รักษาการอักเสบและการเจ็บปวด ทำงานโดยยับยั้งเอนไซม์ COX ไม่ให้เปลี่ยนกรดอะคิโดนิกให้เป็นสารประกอบก่ออักเสบ[24]ส่วนยา LOX inhibitor ที่มักใช้รักษาโรคหืดทำงานโดยป้องกันเอนไซม์ LOX ไม่ให้เปลี่ยนกรดอะคิโดนิกให้เป็นไอโคซานอยด์คือ leukotriene[25][26]ยาที่ใช้รักษาระยะครึ้มใจของโรคอารมณ์สองขั้วหลายอย่างทำงานโดยมีเป้าหมายเป็นกระบวนการที่เปลี่ยนกรดอะคิโดนิกเป็นลำดับ (arachidonic acid cascade) ในสมอง[27]

การบริโภคเป็นจำนวนมากซึ่งกรดไขมันไม่อิ่มตัวมีพันธะคู่หลายคู่ (PUFA) ที่ออกซิไดซ์แล้ว ดังที่พบในน้ำมันพืชโดยมาก อาจเพิ่มโอกาสให้หญิงหลังวัยหมดระดูเกิดมะเร็งเต้านม[28]ผลเช่นเดียวกันก็พบกับมะเร็งต่อมลูกหมากด้วยแม้หลักฐานจะมาจากงานศึกษาในหนู[29]ส่วนงานศึกษาอีกงานหนึ่งแสดงนัยว่า "กรดไขมันไม่อิ่มตัวมีพันธะคู่หลายคู่โดยรวมสัมพันธ์ในเชิงลบกับความเสี่ยงมะเร็งเต้านม แต่กรดไขมันแต่ละอย่างก็ดูจะไม่เหมือนกัน ... กรดอนุพันธุ์แบบ 20:2 ของกรดลิโนเลอิกสัมพันธ์อย่างผกผันกับความเสี่ยงมะเร็งเต้านม"[30]