กลไกลของอาการหยุดยายังระบุไม่ได้อย่างชัดเจน[1][3]สมมติฐานหัวแถวก็คือ หลังจากที่หยุดยา จะมีความบกพร่องของสารสื่อประสาทอย่างหนึ่งหรือมากกว่านั้นชั่วคราวในสมอง ซึ่งเป็นสารที่จำเป็นในการควบคุมอารมณ์ เช่น เซโรโทนิน โดพามีน นอร์เอพิเนฟริน และกรดแกมมาอะมิโนบิวทีริก และเนื่องจากว่าระบบสื่อประสาทเป็นระบบที่พึ่งกันและกัน การทำงานบกพร่องในระบบหนึ่งก็จะมีผลต่อระบบอื่น ๆ ด้วย[1][9]