ศ.ดร.แจเร็ด ไดมอนด์กล่าวในหนังสือ ปืน เชื้อโรค และเหล็กกล้า ของเขาถึงความโน้มเอียงสากลที่กลุ่มชนผู้พัฒนาการเกษตรและสัตว์เลี้ยง จะกลายเป็นกลุ่มประชากรขนาดใหญ่แล้วย้ายถิ่นฐานไปในที่อื่น ๆเขาเล่าเรื่องการย้ายถิ่นฐานของกลุ่มมนุษย์พร้อมกับพืชเลี้ยง ที่ได้ติดตาม เข้าแทนที่ และฆ่ามนุษย์นักล่า-เก็บพืชผลในพื้นที่ที่มาอยู่ก่อน[7]:112คือ หลังจากที่มนุษย์ได้อยู่เป็นสังคมนักล่า-เก็บพืชผลเป็นล้าน ๆ ปี ต่อไปไม่นานอีกในอนาคต ก็จะไม่มีสังคมเช่นนั้นเหลืออีกต่อไป[7]:86

การคัดเลือกสัตว์โดยอาศัยลักษณะปรากฏที่ต้องการ อาจจะทำให้สัตว์ไม่เหมาะกับสภาวะแวดล้อมตามธรรมชาติผลที่เกิดกับสัตว์ที่นำมาเลี้ยงก็คือ การลดขนาด สีขาวสลับดำ (piebald) หน้าที่สั้นลงโดยมีฟันที่เล็กและน้อยลง เขาที่ลดขนาดและความคม กล้ามเนื้อที่ไม่แข็งแรง ความหลากหลายทางพันธุกรรมที่ลดลงนอกจากนั้นแล้ว สัตว์เลี้ยงยังมีปัญหาอื่น ๆ รวมทั้งข้อไม่ดี, การหลอมรวมกันที่เกิดขึ้นช้าของกระดูกส่วนเอพิไฟซิสและ Diaphys, ขนที่เปลี่ยนไป การสะสมไขมันมากกว่า สมองเล็กลง รูปแบบพฤติกรรมที่ลดความซับซ้อน ระยะการเติบโตที่ยาวนานกว่า และมีโรคมากกว่าความเปลี่ยนแปลงเช่นนี้มีหลักฐานจากการสังเกตการณ์โดยตรงในหนูในคริสต์ศตวรรษที่ 19 จากหลักฐานโบราณคดี และหลักฐานที่ให้โดยนักปรับปรุงพันธุ์สัตว์ในคริสต์ศตวรรษที่ 20[75]งานศึกษาปี 2014 เสนอว่า ภายใต้การคัดเลือกของมนุษย์ ความเชื่องในสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมและสัตว์ปีกเป็นผลของพัฒนาการที่ช้าลงของ neural crest ซึ่งมีผลลดระดับการตอบสนองด้วยความกลัว-ความสะดุ้ง (fear-startle response) เนื่องจากโรคจำพวก neurocristopathy ระดับอ่อน ๆ ที่มีผลเป็นกลุ่มอาการปรับตัวเป็นสัตว์เลี้ยง (domestication syndrome)แต่ว่า ทฤษฎีนี้ไม่สามารถอธิบายหางม้วนหรืออาการปรับตัวเป็นไม้เลี้ยงของพืช[21]

ผลข้างเคียงอีกอย่างหนึ่งของการปรับสัตว์นำมาเลี้ยงก็คือโรคที่มนุษย์ติดจากสัตว์ยกตัวอย่างเช่น วัวควายได้ให้โรคเหล่านี้กับมนุษย์คือโรคไวรัสวงศ์ Poxviridae ต่าง ๆ (เช่น cowpox), โรคหัด และวัณโรคส่วนหมูและเป็ดทำให้เกิดโรคไข้หวัดใหญ่ต่าง ๆและม้าทำให้เกิดโรคหวัดจาก rhinovirusมนุษย์มีโรคแบบเดียวกับสุนัขมากกว่า 60 โรค[ต้องการอ้างอิง].และมีปรสิตจำนวนมากที่มาจากสัตว์เลี้ยง[7][ต้องการหน้า]การปรับสัตว์นำมาเลี้ยงมีผลเป็นประชากรมนุษย์ที่หนาแน่นยิ่งขึ้น ทำให้เกิดภาวะที่เหมาะสมสำหรับโรคที่จะสืบพันธุ์ แปรพันธุ์ กระจาย แล้วในที่สุดก็จะกลายเป็นโรคในมนุษย์[ต้องการอ้างอิง]

มีการศึกษาผลลบของการปรับนำพืชสัตว์มาเลี้ยงอย่างอื่น ๆยกตัวอย่างเช่น มีนักเขียนผู้หนึ่งที่กล่าวว่า

ยิ่งกว่านั้น นักเขียนพวก anarcho-primitivist (ลัทธิอนาธิปไตยที่วิพากษ์วิจารณ์กำเนิดและพัฒนาการของอารยธรรม) กล่าวถึงการปรับตัวนำมาเลี้ยงว่า เป็นกระบวนการที่กลุ่มมนุษย์ที่เคยเป็นชนร่อนเร่ เปลี่ยนไปเป็นกลุ่มมนุษย์ที่อยู่ประจำที่หรืออยู่เป็นหลักแหล่งโดยอาศัยเกษตรกรรมและสัตวบาลและกระบวนการเช่นนี้จำต้องมีความสัมพันธ์แบบเผด็จการกับทั้งผืนแผ่นดินและพืชสัตว์ที่นำมาเลี้ยงเทียบกับสภาวะในป่า ที่สิ่งมีชีวิตทุกอย่างต้องทั้งแชร์และแข่งขันกันเพื่อทรัพยากรธรรมชาติ การปรับนำพืชสัตว์มาเลี้ยงทำลายความสมดุลเช่นนี้คือ พื้นแผ่นดินที่มีการปรับภาวะทุกอย่าง (เช่น ที่เลี้ยงสัตว์ ไร่นา และพืชกรรมสวนกับการทำสวนแม้จะอยู่ในระดับที่ต่ำกว่า) จะยุติการใช้ทรัพยากรธรรมชาติร่วมกันคือ เมื่อก่อน "นี่เป็นของทุกคน" แต่เดี๋ยวนี้กลายเป็น "นี่ของฉัน"นักเขียนลัทธินี้กล่าวว่า การมีลิขสิทธิ์ความเป็นเจ้าของเช่นนี้ เป็นมูลฐานของการแบ่งชนชั้นวรรณะเมื่อทรัพย์สมบัติและอำนาจเพิ่มพูนขึ้นซึ่งมักจะเป็นกระบวนการที่ทำลาย ทำให้เป็นทาส หรือกลืนชนวัฒนธรรมล้าหลังอื่น ๆ ที่ไม่ได้ผ่านการเปลี่ยนแปลงเช่นนี้[77]

การปนเปื้อนทางพันธุกรรม

"Genetic pollution" (การปนเปื้อนทางพันธุกรรม) เป็นคำที่สร้างความโต้เถียงกันที่หมายถึงการแลกเปลี่ยนยีนจากสัตว์เลี้ยงไปสู่สัตว์ป่าอย่างไม่มีการควบคุม เช่นเหตุการณ์ปี 1983 ในประเทศอิตาลีที่รายงานในสื่อ คือ หมาป่าที่มีจำนวนน้อยกว่า ได้ผสมพันธุ์กับสุนัขเลี้ยง ทำให้มีลักษณะอาการเหมือนกับสุนัขเลี้ยงเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ ซึ่งอาจจะทำให้สัตว์ที่มีลักษณะเหมือนหมาป่าในที่สุดจะหมดไป[78][79]และการแลกเปลี่ยนยีนเช่นนี้ที่ไม่พึงประสงค์ตามผู้พิทักษ์และกลุ่มพิทักษ์รักษาธรรมชาติ เช่น กรีนพีซ TRAFFIC และ GeneWatch UK