เมื่อกาลเวลาผ่านไป จำนวนยีนทั้งหมดในแหล่งหรือ ยีนพูล (Gene pool) ภายในราชวงศ์ปกครองมีจำนวนลดลง จากการเสกสมรสภายในเครือญาติเนื่องจากจำนวนคู่สมรสที่เหมาะสมมีจำนวนจำกัด (ก่อนที่สายสัมพันธ์ของราชวงศ์ต่าง ๆ ในยุโรปจะข้องเกี่ยวเป็นเครือญาติกันทั้งหมด) ส่งผลให้เชื้อพระวงศ์หลายพระองค์สืบราชสันตติวงศ์มาจากบรรพบุรุษพระองค์เดียวกันผ่านสายราชวงศ์ต่าง ๆ เช่น เชื้อพระวงศ์ยุโรปหลายพระองค์ที่สืบราชสันตติวงศ์จากพระราชินีนาถวิกตอเรียแห่งสหราชอาณาจักร หรือ พระเจ้าคริสเตียนที่ 9 แห่งเดนมาร์ก[94] รวมถึงราชวงศ์ฮับส์บูร์กที่ได้ชื่อว่านิยมการเสกสมรสในสายโลหิตเดียวกัน จนนำไปตั้งเป็นชื่อของความผิดปกติที่พบได้บ่อยภายในเครือญาติอย่างภาวะคางยื่น (Prognathism) ว่า ริมฝีปากฮับส์บูร์ก (Habsburg lip) แม้จะไม่มีหลักฐานทางพันธุกรรมมายืนยันข้อสันนิษฐานดังกล่าวก็ตาม ราชวงศ์วงที่มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกันอย่างราชวงศ์ฮับส์บูร์ก ราชวงศ์บูร์บง ราชวงศ์บรากันซา และราชวงศ์วิตเตลส์บาค[n 11] ก็มักจะจัดการเสกสมรสในหมู่พระญาติชั้นที่หนึ่งบ่อยครัง หรือในหมู่พระญาติชั้นรองระหว่างพระปิตุลา (ลุง) กับพระภาคิไนย (หลานอา) เป็นครั้งคราว[95][96]

ตัวอย่างการเสกสมรสที่ผิดประเพณีและผลกระทบที่ตามมา เช่น

• ผู้ปกครองทุกพระองค์ในราชวงศ์ทอเลมีตั้งแต่พระเจ้าทอเลมีที่ 2 เป็นต้นมา เสกสมรสกับพระเชษฐา พระอนุชา พระเชษฐภคินี หรือพระขนิษฐาของพระองค์เองทั้งสิ้น เพื่อรักษา "ความบริสุทธิ์" ของสายพระโลหิต และเพื่อดำรงไว้ซึ่งสายการสืบราชสันตติวงศ์ในหมู่พระญาติ กรณีที่เป็นที่รู้จักมากที่สุดคือกรณีของคลีโอพัตราที่ 7 (หรือ คลีโอพัตราที่ 6) ที่เสกสมรสกับพระเจ้าทอเลมีที่ 13 ธีออส ฟิโลปาตอร์ พระอนุชาของพระองค์ และทรงปกครองอียิปต์โบราณร่วมกันหลังการสวรรคตของพระราชบิดา[97]
• ฌ็องที่ 5 แห่งอาร์มาญัก ที่ทรงคบชู้กับพระขนิษฐาของตน ซึ่งนับว่าเป็นกรณีที่พบเห็นได้ยาก[98] แต่หลังจากนั้นกลับทอดทิ้งบุตรของตนไปและเสกสมรสใหม่อีกครั้ง ทั้งนี้ไม่มีหลักฐานใดที่แสดงว่าการสมรสกับพระขนิษฐาของตนเกิดขึ้นด้วยเหตุผลการเสกสมรสต่างราชวงศ์ หากแต่ด้วยเหตุผลส่วนพระองค์[98]
• หนึ่งในตัวอย่างที่โด่งดังที่สุดของลักษณะทางพันธุกรรมอันเกิดจากการเสกสมรสในหมู่ราชวงศ์เดียวกันคือ ภาวะคางยื่นของราชวงศ์ฮับส์บูร์ก หรือ ฮับสบูร์กาอุนทาลิพเพอ (Habsburger Unter Lippe; ริมฝีปากฮับส์บูร์ก หรือขากรรไกรฮับส์บูร์ก) ซึ่งปรากฏในหมู่พระญาติและเชื้อพระวงศ์ฮับส์บูร์กหลายพระองค์ตลอดช่วงหกศตวรรษ[99]