ค้างคาวคุณกิตติพบในถ้ำหินปูนริมแม่น้ำในป่าดิบแล้งและป่าเบญจพรรณ[2] ในประเทศไทยพบค้างคาวคุณกิตติจำกัดอยู่ในพื้นที่ของจังหวัดกาญจนบุรี ในแถบลุ่มน้ำของแม่น้ำแควน้อย[2][7] ในอุทยานแห่งชาติไทรโยคพบการกระจายตัวของค้างคาวมากที่สุด จากการสำรวจถ้ำในเขตจังหวัดกาญจนบุรี พบค้างคาวกิตติจำนวน 35 ถ้ำ ซึ่งส่วนใหญ่กระจายอยู่ในเขตอำเภอไทรโยคมากถึง 23 ถ้ำ ที่เหลือพบในเขตอำเภอทองผาภูมิ ท่าม่วง และอำเภอเมือง[8] ขณะที่ประชากรค้างค้าวนอกเหนือจากในอุทยานแล้วอยู่ในสภาวะที่เสี่ยงต่อการถูกคุกคาม[2]

ในปี พ.ศ. 2544 มีการพบค้างคาวคุณกิตติในประเทศพม่า ใน 9 แห่งด้วยกัน ในแถบเทือกเขาหินปูนบริเวณแม่น้ำสาละวิน แม่น้ำอัตทะรัน (Ataran), และแม่น้ำคเยง (Gyaing) ของรัฐกะเหรี่ยงและรัฐมอญ[7] ค้างคาวที่พบในประเทศไทยและประเทศพม่ามีรูปร่างลักษณะภายนอกเหมือนกันแต่พบความแตกต่างกันในเรื่องของการใช้คลื่นเสียงในการนำทางหรือกำหนดทิศทาง[7] ซึ่งเรายังไม่รู้สาเหตุว่าทำไมประชากรของทั้งสองประเทศจึงมีการวิวัฒนาการแยกจากกันไป[7]