ค้างคาวคุณกิตติอาศัยในถ้ำตามผาหินปูนไกลจากปากถ้ำ มีประมาณ 10-15 ตัวในแต่ละถ้ำย่อย เฉลี่ยกลุ่มหนึ่งมีประมาณ 100 ตัว สูงสุด 500 ตัว เกาะนอนตามผนังสูงหรือเพดานถ้ำ แยกจากตัวอื่นๆ[9] พบว่ามีการอพยพย้ายถ้ำระหว่างฤดูกาลด้วยเช่นกัน[9]

ค้างคาวคุณกิตติมีช่วงหากินสั้นๆประมาณ 30 นาทีในตอนค่ำและ 20 นาทีในรุ่งเช้า ทำให้ง่ายต่อการโดนรบกวนจากฝนหรืออากาศเย็น[9] ค้างคาวจะออกหาอาหารในบริเวณไร่มันสำปะหลังและนุ่น หรือบริเวณเรือนยอดกอไผ่และต้นสักในระยะไม่เกิน 1 กิโลเมตรจากถ้ำที่อาศัย[2][9] ในกระเพาะของตัวอย่างค้างคาวตัวอย่างที่จับได้ประกอบไปด้วยแมงมุมและแมลงผสมกับสิ่งที่คาดว่าเป็นใบไม้ คาดว่าเป็นเหยื่อที่จับได้ระหว่างทำการบิน[9] อาหารหลักของค้างคาวนั้นประกอบไปด้วยแมลงวัน (วงศ์ Chloropidae วงศ์ Agromyzidae และ วงศ์ Anthomyiidae), แตนและแมลงในอันดับโซคอพเทอรา (psocoptera) [9]

ในฤดูแล้งของทุกปี (ประมาณเดือนเมษายน) ค้างคาวจะตกลูกครั้งละ 1 ตัว ลูกจะอาศัยเกาะอกแม่จนกระทั่งสามารถหากินได้ด้วยตัวเอง ในช่วงหากินแม่ค้างคาวจะทิ้งลูกเกาะไว้ในถ้ำ[5][9][8]